PDB-3ls1: Crystal Structure of Cyanobacterial PsbQ from Synechocystis sp. P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ls1

タイトル

Crystal Structure of Cyanobacterial PsbQ from Synechocystis sp. PCC 6803 complexed with Zn2+

要素

Sll1638 protein

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Four helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Jackson, S.A. / Fagerlund, R.D. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of PsbQ from Synechocystis sp. PCC 6803 at 1.8 A: Implications for Binding and Function in Cyanobacterial Photosystem II
著者: Jackson, S.A. / Fagerlund, R.D. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ls1.cif.gz	124 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ls1.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ls1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ls1_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ls1_full_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示
XML形式データ	3ls1_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	3ls1_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3ls1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3ls1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ls0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ncx-1 2624 5ziy-1 2xze-1 5m9e-1 2cpc-d 2vrz-d 5m9e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
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登録構造単位

A: Sll1638 protein

B: Sll1638 protein

ヘテロ分子

29.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Sll1638 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sll1638 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.771, 29.030, 99.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 17 - 149 / Label seq-ID: 1 - 133

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Sll1638 protein / PsbQ 分子量: 14608.493 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: sll1638 / プラスミド: pGEX-6-P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73048
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 % / Mosaicity: 0.69 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 1450, 0.1M MES-NaOH, pH 6.5, 0.05M ZINC CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月29日 / 詳細: 0.3 MM OSMIC VARIMAX
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→21.76 Å / Num. obs: 22914 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 3246 / % possible all: 97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LS0

3ls0

解像度: 1.85→21.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.219 / WR_factor R_work: 0.178 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.84 / SU B: 5.929 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / SU R_free: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	1175	5.1 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.181	22914	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 42.43 Å² / B_iso mean: 27.76 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0.24 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→21.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2070	0	4	241	2315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.01	1.981	2865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.046	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.451	25.556	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.276	15	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.584	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.182	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.162	1.5	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.871	2	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.36	3	772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.174	4.5	715
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
531	medium positional	0.54	0.5
492	loose positional	0.75	5
531	medium thermal	0.86	2
492	loose thermal	1.27	10

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	73	-
R_work	0.285	1521	-
all	-	1594	-
obs	-	-	95.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.2167	-6.896	14.6204	3.1267	-6.6627	15.3953	-0.0093	0.0905	-0.1995	0.0066	-0.0312	0.086	-0.1177	0.0423	0.0406	0.3039	-0.0051	-0.0467	0.0821	0.02	0.1141	64.942	-4.041	31.504
2	8.0653	1.3556	5.6261	0.452	1.7726	7.0068	0.8898	0.561	-2.5254	0.1252	0.2432	-0.2942	0.4933	0.9301	-1.1329	0.2141	-0.0347	-0.3791	0.6063	0.3821	1.3632	44.435	-13.759	24.246
3	3.273	-1.6144	3.132	1.7338	-1.3665	4.4307	0.0293	0.0222	-0.1988	-0.0579	0.0139	0.0695	-0.047	0.0715	-0.0433	0.192	-0.0207	-0.0355	0.0896	-0.0015	0.0627	21.033	-9.957	19.877
4	4.9075	-0.3713	1.0915	1.6931	-0.0091	4.0903	0.1163	0.3141	-0.0791	-0.1334	-0.0291	0.1763	-0.1489	-0.4076	-0.0873	0.1841	0.0371	-0.0711	0.1324	0.0055	0.0425	9.103	-0.512	10.533
5	6.6999	-0.9111	0.5464	3.0588	0.3511	4.7571	-0.1813	-0.2266	0.2502	0.1008	-0.0133	-0.1203	-0.2338	0.2089	0.1946	0.1878	-0.0078	-0.0612	0.0878	-0.0093	0.0323	26.411	-1.059	19.188
6	6.079	-2.8838	1.6572	3.2861	-1.5798	3.9833	-0.142	-0.2769	0.2016	-0.0038	-0.0019	-0.3877	-0.08	0.4554	0.1438	0.1913	-0.0302	-0.0324	0.1482	0.0053	0.061	31.813	-3.794	12.465
7	5.9473	0.6673	-0.3454	4.6444	2.9748	7.5523	0.0881	0.6802	0.3264	-0.4201	-0.0648	-0.0811	-0.5754	-0.7826	-0.0234	0.2727	0.0558	-0.0688	0.2298	0.0423	0.0535	12.811	2.216	1.429
8	2.5198	-0.6536	1.6295	2.3913	-1.6807	5.4188	-0.0809	0.0334	-0.3744	-0.2031	0.0544	-0.0751	0.287	0.0502	0.0264	0.2306	-0.008	-0.0037	0.0862	-0.0055	0.0866	25.349	-10.985	10.115
9	7.9135	5.4474	8.9039	3.8869	5.3815	14.144	0.1831	0.0527	-0.6155	0.1426	-0.0249	-0.5179	0.0026	0.4025	-0.1581	0.2558	0.0082	-0.0242	0.1013	-0.0043	0.1891	-14.732	-6.256	-29.008
10	8.1403	0.1911	-6.4035	4.0751	-3.8401	9.1438	-0.1331	0.1352	-0.3244	-0.106	0.0611	0.3618	0.1463	-0.771	0.0719	0.2331	-0.0104	-0.0831	0.4964	-0.1109	0.0998	7.007	-14.068	-23.11
11	3.8211	1.7188	3.1323	1.0363	1.2412	4.1195	-0.0204	0.1	-0.1963	-0.0239	0.0195	-0.1153	0.0381	0.0019	0.0008	0.2678	0.001	-0.0458	0.0958	-0.0127	0.0379	27.677	-8.349	-18.866
12	6.0085	-1.2613	1.652	1.4753	-0.9473	4.8559	0.0414	-0.2353	0.013	0.0474	-0.0311	-0.0241	-0.1958	0.4178	-0.0103	0.2389	-0.0352	-0.0585	0.1354	0.0046	0.0158	38.736	0.547	-11.685
13	13.7183	-0.2413	0.2914	6.1447	-2.5927	3.9213	-0.0727	0.4082	0.6656	-0.1984	0.0245	0.1688	-0.3834	-0.2058	0.0481	0.1809	0.0153	-0.0529	0.0986	0.019	0.0486	21.094	0.82	-18.48
14	7.1167	2.3345	1.9044	1.9315	0.8778	4.5317	-0.2549	-0.0867	0.0522	-0.3305	-0.092	0.3146	-0.1306	-0.8535	0.347	0.2598	0.0219	-0.1019	0.2704	-0.0632	0.1021	11.921	-4.86	-13.255
15	7.4922	1.693	1.4084	2.2483	-0.2555	4.0537	-0.0445	-0.3136	0.3458	0.1205	-0.0267	0.1356	-0.5704	0.2088	0.0713	0.3097	-0.0116	-0.0388	0.1045	-0.0267	0.0261	32.55	3.988	-4.248
16	7.8577	3.7565	3.81	2.9806	2.4324	5.5423	-0.028	-0.0364	-0.3699	0.0851	0.0227	-0.0897	0.2988	-0.18	0.0054	0.2703	0.0156	-0.0268	0.0915	-0.0052	0.0385	23.583	-9.423	-8.858

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	38 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	60 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	81 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	90 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	114 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	130 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	17 - 27
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	28 - 40
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	41 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	60 - 80
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	81 - 88
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	89 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	107 - 127
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	128 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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