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万見
- PDB-3lrb: Structure of E. coli AdiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lrb
タイトルStructure of E. coli AdiC
要素Arginine/agmatine antiporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter / antiporter / AdiC / Amino-acid transport / Antiport / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性: / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / antiporter activity / amino acid transport / identical protein binding / plasma membrane / Arginine/agmatine antiporter
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Gao, X. / Lu, F. / Zhou, L. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure and mechanism of an amino acid antiporter
著者: Gao, X. / Lu, F. / Zhou, L. / Dang, S. / Sun, L. / Li, X. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年2月23日ID: 3H5M
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine/agmatine antiporter
B: Arginine/agmatine antiporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7392
ポリマ－93,7392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.810, 108.300, 138.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASNASNchain A and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )AA6 - 2526 - 252
12THRTHRPROPROchain A and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )AA273 - 435273 - 435
21ASPASPASNASNchain B and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )BB6 - 2526 - 252
22THRTHRPROPROchain B and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )BB273 - 435273 - 435

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要素

#1: タンパク質 Arginine/agmatine antiporter


分子量: 46869.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: adiC, Z5717, ECs5097 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60063

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.4% NG, 0.1mM Tris, 22% (w/v) PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K , temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.61→50 Å / Num. obs: 16598 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 152.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル解像度: 3.61→3.75 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.61→49.323 Å / SU ML: 0.58 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.94 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3184 873 5.28 %Thin Shell
Rwork0.2952 ---
obs0.2965 16519 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 188.562 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.767 Å20 Å2-0 Å2
2--14.205 Å20 Å2
3----38.972 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.61→49.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6072 0 0 0 6072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0316508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8578806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.5653670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0991036
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111028
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3036X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
12B3036X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.607-3.83290.41912790.3962411X-RAY DIFFRACTION99
3.8329-4.128700.31272697X-RAY DIFFRACTION100
4.1287-4.54390.30942660.25772446X-RAY DIFFRACTION100
4.5439-5.200800.23632769X-RAY DIFFRACTION100
5.2008-6.55010.40782010.30822570X-RAY DIFFRACTION100
6.5501-49.32740.22181270.26182753X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88550.1386-0.4433-1.2986-0.2971.9485-0.192-0.043-0.56680.0708-0.2510.05850.46310.42970.29811.2827-0.1804-0.08411.2452-0.09281.298486.270260.4805-1.3537
20.4676-0.6706-0.7050.45620.24191.0224-0.17190.0972-0.71720.1758-0.1683-0.32640.4933-0.29520.26731.1683-0.222-0.13831.1479-0.1051.28456.889242.394620.3353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA6 - 435
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB6 - 435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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