PDB-3lr6: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lr6

タイトル

Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay

要素

Major ampullate spidroin 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / dragline spider silk / self-assembly / pH-dependence / NT D40N mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Euprosthenops australis (クモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Askarieh, G. / Hedhammar, H. / Nordling, K. / Saenz, A. / Casals, C. / Rising, A. / Johansson, J. / Knight, S.D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay.
著者: Askarieh, G. / Hedhammar, M. / Nordling, K. / Saenz, A. / Casals, C. / Rising, A. / Johansson, J. / Knight, S.D.

履歴

登録	2010年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb3lr6.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3lr6_full_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示
XML形式データ	3lr6_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lr2C 3lr8C 3lrdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hd9-d 3hgn-d 2btc-d 5ms3-d 5qhg-d 3h7o-1 4cf7-2 4p92-d 4y7u-d 4qkb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major ampullate spidroin 1

B: Major ampullate spidroin 1

ヘテロ分子

28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.670, 68.670, 97.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-178- HOH

#1: タンパク質	Major ampullate spidroin 1 分子量: 14182.729 Da / 分子数: 2 / 変異: D40N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Euprosthenops australis (クモ) / 遺伝子: MaSp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05H60
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulphate, PEG 400, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
3	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	ESRF	ID14-2	1
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	2
シンクロトロン	ESRF	ID23-2	3

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.2→59.44 Å / Num. obs: 12619 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1538

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→59.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 12.908 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24794	664	5 %	RANDOM
R_work	0.20737	-	-	-
obs	0.20929	12619	95.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	0.31 Å²	0 Å²
2-	-	0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1852	0	10	62	1924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.94	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.872	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.936	26.986	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.142	15	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.885	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.865	1.5	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.449	2	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.09	3	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.793	4.5	540

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	41	-
R_work	0.251	698	-
obs	-	-	73.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	30.7822	-7.7957	2.634	9.1144	10.0735	16.382	-0.1636	0.1791	1.1195	-0.2803	0.3954	0.3544	-0.399	-0.7503	-0.2317	0.1293	-0.0328	0.0151	0.092	0.0301	0.0913	20.1198	-9.6916	22.5488
2	0.5906	-1.6828	0.2797	8.069	-2.7035	1.2426	-0.0341	-0.0461	0.0451	-0.0271	0.0039	-0.2442	-0.0042	-0.0522	0.0302	0.081	-0.0233	-0.0108	0.1455	0.0029	0.0279	26.6886	-17.5795	22.9208
3	10.7705	-2.933	3.4403	33.8074	2.0433	18.635	0.407	-0.2846	-0.3337	0.4765	-0.8003	-0.9676	-0.8061	0.1436	0.3934	0.071	-0.0022	-0.011	0.0605	0.0031	0.0849	27.7532	-30.4895	28.9664
4	1.1893	2.4708	-0.3936	6.0044	0.6274	2.527	-0.051	0.021	-0.1894	-0.2092	0.0747	-0.3071	0.0991	0.1543	-0.0236	0.0551	0.0127	0.0281	0.1243	0.01	0.0619	28.6076	-34.2589	19.6861
5	0.9065	0.8815	-1.0338	24.3195	-3.8354	1.5203	-0.0347	0.137	-0.0652	-0.4463	-0.1289	-0.3466	0.2081	0.4287	0.1636	0.1092	-0.0076	0.0224	0.1024	0.0117	0.068	31.7731	-15.2584	13.4883
6	0.3185	1.6695	-0.795	15.3637	-3.71	2.0156	0.0435	-0.0431	0.0393	-0.0073	-0.128	0.0553	-0.0202	-0.0679	0.0844	0.0791	0.0016	-0.0268	0.1422	-0.0045	0.0733	21.2032	-19.5852	14.2515
7	8.0106	-2.6436	-3.8317	7.634	-1.6461	3.0857	0.1067	0.4089	-0.378	-0.2918	0.007	0.3621	0.6537	-0.4668	-0.1137	0.131	-0.0797	-0.0279	0.094	-0.0113	0.04	19.497	-40.4759	19.1443
8	0.5412	1.2362	0.3558	3.1699	1.2126	0.6955	-0.0606	0.0863	-0.0659	-0.1008	0.1834	-0.1547	0.0589	0.1016	-0.1228	0.0661	-0.0077	0.004	0.1304	0.0088	0.0514	17.9782	-23.7537	27.7259
9	12.3456	-6.0634	-3.1867	15.1518	11.6998	9.2597	-0.4464	-0.1302	0.4469	-0.4688	0.3923	-0.1772	-0.1791	0.0116	0.0542	0.0242	-0.0745	0.0663	0.1293	0.0432	0.0619	12.0688	-28.2206	19.1643
10	29.2566	-1.706	-2.128	30.8738	30.9576	31.0477	-0.7575	1.404	-0.5974	-1.3043	-0.0539	1.4517	0.7837	-1.227	0.8114	0.1424	-0.143	0.0306	0.1094	-0.0453	0.0461	11.3713	-35.0297	13.3671
11	24.6247	7.0305	9.3333	11.7751	5.6556	24.5884	0.0874	0.2868	-1.5818	-0.2152	-0.2098	-0.0075	1.8678	0.1943	0.1224	0.2451	0.0194	0.0794	0.1068	-0.0193	0.1565	23.1429	-37.6298	-0.398
12	6.1359	-7.2141	0.3732	8.7221	0.4492	3.3023	-0.154	-0.0664	0.0122	-0.1607	-0.0048	-0.179	-0.1592	0.1792	0.1589	0.0942	-0.0735	-0.0002	0.1155	-0.0004	0.0479	26.0894	-27.133	-1.8214
13	34.7822	-9.1483	-15.1199	18.539	-5.7446	19.7356	0.1453	2.0836	1.9679	-0.5315	-0.1267	-0.4124	-1.2869	-0.0482	-0.0186	0.15	-0.0057	-0.003	0.095	0.0158	0.1028	17.0966	-16.93	-5.9964
14	32.8566	5.3519	6.0642	12.1679	6.8307	8.1047	-0.8938	-0.8835	1.2471	-0.9837	0.4052	0.1435	-0.923	-0.4625	0.4886	0.1901	0.1192	-0.1095	0.0306	0.0561	-0.0578	14.2268	-10.6347	0.3257
15	2.2636	-1.9537	-0.499	2.833	-0.1397	0.6268	-0.0155	-0.063	0.044	-0.0418	-0.0042	-0.1427	-0.1273	0.064	0.0198	0.1054	-0.0134	0.0049	0.1182	-0.0058	0.0324	29.9535	-25.1743	6.3432
16	6.0237	-8.5305	0.4644	12.5272	0.2221	1.7684	-0.1131	-0.0373	0.0353	0.0234	-0.146	0.0581	-0.0544	-0.142	0.2591	0.0762	0.0129	-0.01	0.1911	0.0203	0.0411	17.359	-21.8344	7.189
17	12.2731	13.2178	10.0069	14.2789	9.9469	23.9434	0.0128	-0.4082	0.4727	-0.003	0.0822	0.8382	-0.6563	-0.622	-0.095	0.0553	0.2636	-0.03	0.2099	-0.114	0.1043	6.6307	-12.8211	4.5398
18	8.4237	-6.5508	-2.251	8.2804	4.2137	2.5058	-0.0653	0.4229	-0.1892	-0.1716	0.0745	0.027	-0.2141	-0.4086	-0.0092	0.0988	0.001	-0.0477	0.1635	-0.0077	0.0419	13.7749	-24.6444	-4.0507
19	2.7091	-2.8394	-3.5257	4.6912	5.7248	10.2919	-0.362	-0.1036	-0.1797	0.4862	0.0273	0.3585	0.9691	-0.2825	0.3347	0.0288	-0.06	-0.0113	0.1471	0.0219	0.0567	12.091	-28.9666	3.4937
20	37.003	25.4252	18.4327	52.9434	2.4733	13.9897	-0.1212	-3.8304	2.3351	3.2874	-1.8748	-0.7198	-1.863	-2.3247	1.9959	0.5273	0.0735	-0.1499	0.491	-0.2101	0.3133	9.5874	-15.3258	19.8336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	31 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	46 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	60 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	82 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	92 - 118
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	119 - 124
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	125 - 130
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	5 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	11 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	24 - 30
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	31 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	40 - 69
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	70 - 82
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	83 - 92
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	93 - 107
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	108 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	129 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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