温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 17% PEG 3000, 100 mM Tris-Hcl pH 8.0, 150 mM NaCl, vapor diffusion, temperature 298K
-
データ収集
回折
ID
平均測定温度 (K)
Crystal-ID
1
100
1
2
100
1
放射光源
由来
サイト
ビームライン
ID
波長 (Å)
シンクロトロン
SSRL
BL7-1
1
0.9795
シンクロトロン
SSRL
BL9-2
2
0.9795
検出器
タイプ
ID
検出器
日付
ADSC QUANTUM 315r
1
CCD
2007年11月15日
MARmosaic 325
2
CCD
2007年11月15日
放射
ID
プロトコル
単色(M)・ラウエ(L)
散乱光タイプ
Wavelength-ID
1
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
2
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.7→38.019 Å / Num. obs: 16489 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
Diffraction-ID: 1,2
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Num. measured all
Num. unique all
Rsym value
% possible all
1.7-1.79
7
0.726
1.1
16442
2356
0.726
99.8
1.79-1.9
7.1
0.434
1.8
15828
2241
0.434
99.7
1.9-2.03
7.1
0.252
3.1
14821
2097
0.252
99.7
2.03-2.19
7
0.154
4.9
13833
1974
0.154
99.8
2.19-2.4
7
0.106
7.1
12788
1827
0.106
99.9
2.4-2.69
7
0.071
10.1
11635
1662
0.071
99.8
2.69-3.1
6.9
0.053
12.3
10220
1478
0.053
99.8
3.1-3.8
6.7
0.036
15.5
8560
1270
0.036
99.7
3.8-5.38
6.5
0.033
16.5
6494
997
0.033
99.8
5.38-38.02
6.1
0.032
17.7
3578
587
0.032
98.2
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度
最低解像度
Rotation
1.92 Å
38.02 Å
Translation
1.92 Å
38.02 Å
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
MOSFLM
データ削減
SCALA
3.2.5
データスケーリング
MOLREP
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.005
データ抽出
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→37.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 4.045 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / SU Rfree: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF THE TLS MOTION DETERMINATION SERVER.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.226
835
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.178
-
-
-
obs
0.18
16487
99.51 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK