PDB-3lpm: Crystal structure of putative methyltransferase small domain prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lpm

タイトル

Crystal structure of putative methyltransferase small domain protein from Listeria monocytogenes

要素

Putative methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / methyltransferase / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative methyltransferase small domain protein from Listeria monocytogenes
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lpm.cif.gz	98.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lpm.ent.gz	80.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lpm_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lpm_full_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示
XML形式データ	3lpm_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3lpm_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5vsr-d 4o4u-3 2f42-1 3ktw-2 4die-2 1b8f-d 2ysw-2 5l9f-d 5ygu-d 4x7z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-13835a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative methyltransferase

B: Putative methyltransferase

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.250, 76.277, 143.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative methyltransferase 分子量: 29822.957 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 8-257 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: Clip81459, Clip80459 / 遺伝子: CAC98380.1, Lm4b_00166 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: C1KXY4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative methyltransferase

分子量: 29822.957 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 8-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: Clip81459, Clip80459 / 遺伝子: CAC98380.1, Lm4b_00166 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: C1KXY4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 10% PEG 8000,0.1 M CHESS, 0.2 M NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 16.19 / 数: 210775 / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.28 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 57676 / % possible obs: 97.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.51	50	99.6	1	0.029	1.522	3.9
5.17	6.51	100	1	0.041	1.431	3.7
4.52	5.17	100	1	0.04	1.472	3.8
4.1	4.52	100	1	0.056	2.081	3.8
3.81	4.1	100	1	0.067	1.748	3.8
3.58	3.81	99.9	1	0.074	1.471	3.8
3.41	3.58	100	1	0.084	1.182	3.8
3.26	3.41	100	1	0.115	1.117	3.8
3.13	3.26	100	1	0.157	1.052	3.8
3.02	3.13	100	1	0.2	1.069	3.7
2.93	3.02	100	1	0.284	1.434	3.7
2.85	2.93	99.9	1	0.35	1.1	3.7
2.77	2.85	100	1	0.364	1.028	3.7
2.7	2.77	99.9	1	0.478	1.06	3.6
2.64	2.7	99.8	1	0.575	1.09	3.6
2.59	2.64	98.9	1	0.657	1.074	3.5
2.53	2.59	95.7	1	0.753	1.07	3.4
2.49	2.53	90.9	1	0.772	1.12	3.3
2.44	2.49	87.9	1	0.797	1.028	3.3
2.4	2.44	82.7	1	0.895	1.066	3.2

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30634 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 1.276 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.44	3.2	0.895	2436	1.066	1	82.7
2.44-2.49	3.3	0.797	2605	1.028	1	87.9
2.49-2.53	3.3	0.772	2689	1.12	1	90.9
2.53-2.59	3.4	0.753	2793	1.07	1	95.7
2.59-2.64	3.5	0.657	2932	1.074	1	98.9
2.64-2.7	3.6	0.575	2958	1.09	1	99.8
2.7-2.77	3.6	0.478	2930	1.06	1	99.9
2.77-2.85	3.7	0.364	2963	1.028	1	100
2.85-2.93	3.7	0.35	2931	1.1	1	99.9
2.93-3.02	3.7	0.284	2941	1.434	1	100
3.02-3.13	3.7	0.2	2943	1.069	1	100
3.13-3.26	3.8	0.157	2981	1.052	1	100
3.26-3.41	3.8	0.115	2918	1.117	1	100
3.41-3.58	3.8	0.084	2958	1.182	1	100
3.58-3.81	3.8	0.074	2945	1.471	1	99.9
3.81-4.1	3.8	0.067	2947	1.748	1	100
4.1-4.52	3.8	0.056	2954	2.081	1	100
4.52-5.17	3.8	0.04	2947	1.472	1	100
5.17-6.51	3.7	0.041	2968	1.431	1	100
6.51-50	3.9	0.029	2937	1.522	1	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.249 / WR_factor R_work: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.77 / SU B: 20.584 / SU ML: 0.206 / SU R Cruickshank DPI: 0.266 / SU R_free: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	1543	5 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.217	30634	98.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.23 Å² / B_iso mean: 40.939 Å² / B_iso min: 13.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3540	0	0	128	3668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.399	2.011	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.943	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.552	23.758	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.632	15	705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.478	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.951	3.5	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.574	50	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.234	50	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.846	4.5	1237

LS精密化シェル

解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	78	-
R_work	0.342	1896	-
all	-	1974	-
obs	-	-	86.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0344	-0.4199	0.3145	1.8189	0.353	3.6721	-0.0657	-0.071	-0.034	-0.115	0.0083	0.3092	0.0557	-0.1834	0.0574	0.0349	-0.0228	-0.0194	0.0493	-0.0056	0.1497	55.327	27.6165	90.4094
2	1.2705	0.5121	0.2422	1.5491	-0.2678	3.5087	-0.0321	0.0794	-0.0589	0.2005	-0.012	-0.2705	0.1252	0.2041	0.0441	0.0511	0.0102	-0.0587	0.0292	-0.0202	0.1583	51.3153	23.7127	51.0902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	260 - 324
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	260 - 322

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)