PDB-3lpe: Crystal structure of Spt4/5NGN heterodimer complex from Methanoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lpe

タイトル

Crystal structure of Spt4/5NGN heterodimer complex from Methanococcus jannaschii

要素

DNA-directed RNA polymerase subunit E''
Putative transcription antitermination protein nusG

キーワード

TRANSFERASE / Transcription Regulation / Spt4 / Spt5 / NusG / Archaea / evolution / DNA-directed RNA polymerase / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Transcription / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / structural constituent of ribosome / ribosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hirtreiter, A. / Damsma, G.E. / Cheung, A.C.M. / Klose, D. / Grohmann, D. / Vojnic, E. / Martin, A.C.R. / Cramer, P. / Werner, F.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Spt4/5 stimulates transcription elongation through the RNA polymerase clamp coiled-coil motif.
著者: Hirtreiter, A. / Damsma, G.E. / Cheung, A.C. / Klose, D. / Grohmann, D. / Vojnic, E. / Martin, A.C. / Cramer, P. / Werner, F.

履歴

登録	2010年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lpe.cif.gz	226.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lpe.ent.gz	184.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lpe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3lpe_validation.pdf.gz	478.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lpe_full_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示
XML形式データ	3lpe_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	3lpe_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ryqS 3ewgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e85-d 3suf-3 5gtg-5 5ete-d 2wob-1 3k77-6 3no8-2 1u43-d 3suf-1 3srr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative transcription antitermination protein nusG

B: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

C: Putative transcription antitermination protein nusG

D: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

E: Putative transcription antitermination protein nusG

F: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

G: Putative transcription antitermination protein nusG

H: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

ヘテロ分子

66.4 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative transcription antitermination protein nusG

B: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative transcription antitermination protein nusG

D: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Putative transcription antitermination protein nusG

F: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Putative transcription antitermination protein nusG

H: DNA-directed RNA polymerase subunit E''

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.360, 63.970, 83.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq -1:82 )
2	1	1	chain C and (resseq -1:82 )
3	1	1	chain E and (resseq -1:82 )
4	1	1	chain G and (resseq -1:82 )
1	1	2	chain B and (resseq 1:59 )
2	1	2	chain D and (resseq 1:59 )
3	1	2	chain F and (resseq 1:59 )
4	1	2	chain H and (resseq 1:59 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative transcription antitermination protein nusG / Transcription elongation factor SPT5 NGN 分子量: 9935.523 Da / 分子数: 4 / 断片: NGN Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0372 / プラスミド: pGEX-2TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (Rosetta 2) Novagen / 参照: UniProt: Q57818
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit E'' / Transcription elongation factor SPT4 分子量: 6587.811 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: rpoE2, MJ0396 / プラスミド: pGEX-2TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (Rosetta 2) Novagen / 参照: UniProt: Q57839, DNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20-30% PEG 400, 50mM MES pH 5.5-7.0, 30mg/mL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 88 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月21日
放射	モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.4 Å / Num. all: 47050 / Num. obs: 47050 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.046
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RYQ, 3EWG

1ryq

3ewg

解像度: 1.9→44.355 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2549	2353	5 %	RANDOM
R_work	0.2076	-	-	-
all	0.21	47050	-	-
obs	0.21	47043	92.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.114 Å² / k_sol: 0.315 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.136 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0308 Å²	0 Å²	0.1528 Å²
2-	-	-6.1929 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.2237 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.355 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4392	0	4	349	4745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	5996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.217	1712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	712
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	756

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	3	E	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
1	4	G	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
2	1	B	458	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	458	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
2	3	F	458	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
2	4	H	458	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9388	0.3434	115	0.307	2189	77
1.9388-1.9809	0.3549	137	0.2948	2599	92
1.9809-2.027	0.3406	141	0.284	2674	93
2.027-2.0777	0.3238	139	0.2576	2636	93
2.0777-2.1339	0.2994	140	0.242	2660	94
2.1339-2.1967	0.2635	138	0.2256	2623	93
2.1967-2.2676	0.2951	140	0.217	2663	94
2.2676-2.3486	0.2676	142	0.2211	2691	95
2.3486-2.4426	0.2596	141	0.2095	2695	95
2.4426-2.5538	0.2569	142	0.213	2685	94
2.5538-2.6884	0.2968	139	0.2338	2644	93
2.6884-2.8568	0.2923	138	0.2279	2620	93
2.8568-3.0774	0.2414	140	0.2238	2674	93
3.0774-3.387	0.2585	139	0.2031	2622	92
3.387-3.8768	0.2199	137	0.1731	2614	92
3.8768-4.8834	0.2046	140	0.149	2662	92
4.8834-44.3671	0.1929	145	0.1622	2739	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.148	-0.7595	-0.7026	2.4447	-2.8115	1.8369	0.1328	0.2779	-0.399	-0.2418	-0.2595	0.4715	0.8916	-0.5464	-0.0026	0.313	0.0212	0.002	0.289	-0.0338	0.2922	-6.682	-16.186	31.6236
2	1.0321	0.2065	0.8753	0.6454	-0.223	0.1016	-0.0596	-0.2652	0.3414	0.5649	-0.1347	-0.3409	-0.3313	0.2516	0.0038	0.2916	-0.0107	-0.0525	0.234	-0.0371	0.2312	-1.4624	-5.4252	39.9858
3	0.6029	0.745	-0.1524	0.414	0.2869	0.9154	-0.1221	0.2352	-0.2654	-0.6987	0.0116	0.0591	0.1049	0.1177	0.0002	0.4718	0.0178	-0.0107	0.2751	-0.0231	0.2917	-4.3018	-9.7845	25.6577
4	0.1574	1.2291	1.1772	2.2583	-0.2529	1.6012	-0.1078	-0.207	-0.2076	-0.4732	-0.0049	-0.2643	0.3564	0.1713	-0.0007	0.2527	0.0441	0.092	0.1967	0.0644	0.2298	2.1429	-5.1554	33.0036
5	0.3001	-0.23	0.8875	0.4873	0.8102	-0.7473	0.2948	-1.2659	0.2682	1.6732	-0.9106	-1.0288	-0.5883	1.082	0.0058	0.4916	-0.0554	-0.0072	0.4569	0.0546	0.3216	4.7104	-11.389	46.4353
6	0.3384	0.1778	0.0708	1.002	0.3408	1.0695	-0.0704	-0.1709	0.1459	-0.1269	0.1393	-0.1785	0.1275	-0.0246	0.0007	0.2717	-0.025	-0.0146	0.2175	-0.0025	0.1976	-11.672	-18.7854	51.872
7	1.359	0.2384	0.9036	1.1712	-0.1537	2.7399	0.1258	-0.1119	0.2709	0.1136	-0.0474	0.2392	-0.1329	-0.1819	-0.0009	0.2634	-0.0253	0.0287	0.1942	-0.0128	0.2653	-14.4003	-18.5013	52.0535
8	0.5585	0.1813	-0.063	0.7748	-0.4247	0.8727	-0.1138	-0.1431	-0.499	-0.1631	-0.0535	-0.4953	0.4747	0.2774	-0.0015	0.3423	0.0043	0.0509	0.2256	0.0299	0.3219	-1.0537	-21.2992	39.4229
9	2.7586	0.0494	-0.8777	1.5125	-1.1375	0.9802	-0.0389	-0.0222	0.2177	0.3113	-0.0442	-0.4049	0.3236	0.2485	0.0016	0.2967	-0.0304	0.0001	0.2061	0.0226	0.2979	-7.9989	-17.9462	48.7253
10	2.116	0.673	2.3349	2.3828	-0.7129	1.4539	-0.4553	0.1772	-0.6842	0.0485	0.0976	-0.2211	0.6188	0.7353	-0.0005	0.2376	0.041	0.0852	0.3655	-0.0444	0.3855	8.0162	-22.6405	70.7881
11	1.6635	-1.4546	1.5888	2.4172	1.2232	0.5709	-0.3265	-0.5822	0.8609	0.1147	0.1509	0.4176	-0.0299	0.083	0.0088	0.2356	0.0405	0.0471	0.3162	-0.0545	0.3023	-0.4606	-16.2417	77.9003
12	0.1196	0.3676	-0.0389	-0.0859	0.0318	0.0081	0.2752	0.7751	0.2543	-1.0901	-0.2537	1.0916	-0.7908	-0.5762	0.002	0.2805	0.0412	0.0523	0.4122	-0.0164	0.3522	3.2125	-15.8643	64.4508
13	3.6039	-1.5257	0.8575	0.7006	-0.6239	2.1128	-0.0629	0.1609	0.138	-0.2256	-0.0141	-0.0299	0.0558	0.2913	-0.0004	0.2155	0.0011	0.0234	0.2624	0.0009	0.2022	-2.1629	-17.3276	70.1926
14	0.9892	-0.9099	0.0958	0.3699	0.2204	-0.2734	-0.8603	-1.8622	0.4943	1.2094	0.7866	2.0667	-0.8596	-0.6773	0.0485	0.6497	0.1521	-0.0149	0.6742	-0.2115	0.4467	3.6152	-10.5947	86.1698
15	1.5372	0.4185	0.1854	0.3847	-0.3529	1.1164	-0.6661	-1.128	-0.5598	0.4194	0.2644	-0.1259	0.481	-0.0264	0.0034	0.5151	0.3328	0.1121	0.666	0.068	0.3327	11.1098	-29.2001	91.2372
16	1.6455	1.2561	0.2839	1.1932	1.4517	0.0872	-0.5955	-1.1458	-0.3861	0.7491	0.3849	0.1419	0.101	0.1799	0.0027	0.4162	0.3664	0.1751	0.7782	0.1777	0.2621	10.56	-27.0596	90.625
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24	1.15	-0.9391	-0.109	0.7018	-1.1784	1.6883	0.0078	0.1158	0.1584	0.1724	0.0665	0.0783	-0.0407	0.0857	0.0001	0.2872	0.0211	-0.0087	0.2306	-0.0108	0.2468	-29.0731	6.5164	91.0379
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26	1.9359	0.3981	-1.4851	1.5514	0.1665	2.1503	-0.1802	-0.0313	-0.0614	-0.0419	-0.1965	0.4407	0.3243	-0.3493	-0.0006	0.2597	0.0259	0.0116	0.2549	-0.0799	0.3543	-29.174	-4.7499	80.272
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34	0.5867	0.8077	-0.4111	0.2516	0.1462	1.0272	1.0164	1.298	0.0093	-2.1165	-0.7738	0.1354	0.1713	0.4242	0.0001	0.7611	0.4195	-0.1032	0.7287	-0.1231	0.4766	-45.5885	-12.7114	26.1553
35	1.3452	-0.029	0.2615	0.8562	-0.3936	0.8427	0.1752	0.3169	1.2504	-0.355	-0.4637	-0.3848	-0.5891	-0.0806	-0	0.4066	0.1098	-0.0039	0.3738	0.0301	0.5998	-34.1119	-10.1745	39.3083
36	1.1524	1.3385	-0.1827	1.6261	-1.1273	0.3278	1.0729	1.2396	0.2599	-1.5449	-1.404	-0.4651	-0.2232	-1.0976	0.0138	0.5839	0.4429	0.0492	0.7153	-0.0043	0.6297	-40.8049	-15.5772	29.5628

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:36)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 37:46)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 47:61)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 62:74)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 75:82)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:9)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 10:30)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 31:47)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 48:59)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 22:36)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 37:48)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 49:54)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 55:74)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 75:82)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 1:14)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 15:33)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 34:47)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 48:59)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain E and resid 23:33)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain E and resid 34:43)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 44:59)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain E and resid 60:73)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain E and resid 74:82)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain F and resid 1:19)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain F and resid 20:27)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain F and resid 28:51)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain F and resid 52:59)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain G and resid 23:29)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain G and resid 30:47)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain G and resid 48:60)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain G and resid 61:73)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain G and resid 74:82)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain H and resid 1:14)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain H and resid 15:29)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain H and resid 30:49)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain H and resid 50:59)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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