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- PDB-3loy: Crystal structure of a Copper-containing benzylamine oxidase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3loy
タイトルCrystal structure of a Copper-containing benzylamine oxidase from Hansenula Polymorpha
要素copper amine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / amine oxidase / TPQ
機能・相同性
機能・相同性情報


Copper amine oxidase, catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PHOSPHATE ION / L(+)-TARTARIC ACID / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pichia angusta (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Klema, V.J. / Johnson, B.J. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Kinetic and structural analysis of substrate specificity in two copper amine oxidases from Hansenula polymorpha.
著者: Chang, C.M. / Klema, V.J. / Johnson, B.J. / Mure, M. / Klinman, J.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2010年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: copper amine oxidase
B: copper amine oxidase
C: copper amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,16620
ポリマ－216,5673
非ポリマー1,59917
水57,5583195
1
A: copper amine oxidase
B: copper amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,48714
ポリマ－144,3782
非ポリマー1,10912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16670 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area41810 Å2
手法PISA
2
C: copper amine oxidase
ヘテロ分子

C: copper amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,35812
ポリマ－144,3782
非ポリマー98010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area15300 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area41560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)288.510, 91.065, 151.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1952-

HOH

21C-2738-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 copper amine oxidase


分子量: 72189.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: E7R5K2*PLUS, primary-amine oxidase

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非ポリマー , 5種, 3212分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.55M potassium sodium tartrate tetrahydrate in 0.10M phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 200161 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.382
反射 シェル解像度: 2→2.057 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 10684 / % possible all: 65.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OOV

2oov


解像度: 2→37.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.082 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: NO ELECTRON DENSITY FOR THE CARBOXYLIC HEAD GROUP OF ASP585 WAS SEEN DUE TO RADIATION DAMAGE, SO THIS RESIDUE HAS BEEN MODELED AS AN ALANINE IN ALL THREE PROTEIN CHAINS. HYDROGENS HAVE BEEN ...詳細: NO ELECTRON DENSITY FOR THE CARBOXYLIC HEAD GROUP OF ASP585 WAS SEEN DUE TO RADIATION DAMAGE, SO THIS RESIDUE HAS BEEN MODELED AS AN ALANINE IN ALL THREE PROTEIN CHAINS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19079 10514 5 %RANDOM
Rwork0.1447 ---
obs0.147 200161 90.4 %-
all-233058 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15243 0 94 3195 18532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02215825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1041.96121543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.49651916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89423.979754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.949152592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.72915101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2030.22339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02112209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1841.59564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.987215639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.48236261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2094.55894
LS精密化 シェル解像度: 2→2.057 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 539 -
Rwork0.219 11223 -
obs-10684 65.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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