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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3loq | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a universal stress protein from Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 | ||||||
要素 | universal stress protein | ||||||
キーワード | structure genomics / unknown function / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Weger, A. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a universal stress protein from Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 著者: Tan, K. / Weger, A. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3loq.cif.gz | 221.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3loq.ent.gz | 186.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3loq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3loq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3loq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | experimentally unknown. The molecule is likely monomeric. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32759.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_1760 / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: O28514 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.71 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M Sodium Acetate trihydrate 3.0M NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→33.3 Å / Num. all: 38893 / Num. obs: 38893 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.37 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1897 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→33.24 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.973 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→33.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain B |