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- PDB-5aju: Crystal structure of ligand-free phosphoribohydroxylase lonely gu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aju
タイトルCrystal structure of ligand-free phosphoribohydroxylase lonely guy from Claviceps purpurea in complex with phosphoribose
要素PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY
キーワードHYDROLASE / CYTOKININ / ROSSMAN FOLD / PROTEIN LONELY GUY / CLAVICEPS PURPUREA / LYSINE DECARBOXYLASE / PHOSPHORIBOHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / cytokinin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase LOG / LOG family / Possible lysine decarboxylase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / Rossmann fold nucleotide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種CLAVICEPS PURPUREA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dzurova, L. / Savino, S. / Forneris, F.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: The Three-Dimensional Structure of "Lonely Guy" from Claviceps Purpurea Provides Insights Into the Phosphoribohydrolase Function of Rossmann Fold-Containing Lysine Decarboxylase-Like Proteins.
著者: Dzurova, L. / Forneris, F. / Savino, S. / Galuszka, P. / Vrabka, J. / Frebort, I.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4983
ポリマ－29,1721
非ポリマー3262
水362
1
A: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY
ヘテロ分子

A: PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9966
ポリマ－58,3442
非ポリマー6524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-38.4 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.970, 78.970, 144.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1242-

SO4

21A-2002-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHORIBOHYDROLASE LONELY GUY


分子量: 29171.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CLAVICEPS PURPUREA (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1VUY5
#2: 糖 ChemComp-RP5 / 5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 5-O-phosphono-beta-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
b-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100MM AMMONIUM TARTRATE, 100MM POTASSIUM SULFATE, 23% PEG3350, 17% GLYCEROL, 3% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.15 Å / Num. obs: 8286 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AJT

5ajt


解像度: 2.5→41.15 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 404 4.9 %
Rwork0.2144 --
obs0.2159 8240 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 19 2 1657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6282293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.793618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5004-2.86210.40571210.33972539X-RAY DIFFRACTION99
2.8621-3.60560.30381420.2812586X-RAY DIFFRACTION100
3.6056-41.15590.19461410.172711X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75250.7615-0.98231.0267-1.14231.3308-0.05560.3541-0.2945-0.32290.0008-0.19350.81090.143700.90420.10640.01420.5355-0.07770.6638-1.3762-20.3047-26.6678
20.72170.5468-0.89060.9104-0.40321.1993-0.1818-0.1079-0.22420.2218-0.0329-0.00670.60.0241-0.00210.80540.15620.05140.42790.00290.6079-3.6911-21.6517-17.9217
31.96140.6005-1.28320.7468-0.99331.51840.3074-0.56470.08650.212-0.4473-0.2161-0.1994-0.1811-0.00440.98630.17120.03130.52990.05360.6018-8.085-17.7009-9.5331
40.44930.4947-0.18811.1368-1.02671.2269-0.05120.0005-0.10570.022-0.0529-0.28940.17050.0230.00010.49490.0495-0.06040.5264-0.00530.57924.5616-8.2498-24.1222
50.01030.01-0.02040.1865-0.24610.2617-0.223-0.2467-0.276-0.21440.0251-0.50440.23470.16280.00030.46690.1075-0.00760.73080.02250.58839.82741.759-32.9128
61.31560.2247-1.0693-0.0107-0.20010.8525-0.45340.0906-0.23630.31640.1376-0.14-0.01240.16920.00030.76310.2484-0.07390.7231-0.00250.882618.2561-10.4357-29.0676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 24 THROUGH 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 56 THROUGH 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 95 THROUGH 140 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 141 THROUGH 186 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 187 THROUGH 209 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 210 THROUGH 240 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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