[日本語] English
万見
- PDB-3lob: Crystal Structure of Flock House Virus calcium mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lob
タイトルCrystal Structure of Flock House Virus calcium mutant
要素
  • Coat protein beta
  • Coat protein gamma
  • RNA (5'-R(*UP*UP*U*AP*UP*CP*UP*(P))-3')
キーワードVIRUS / Flock House Virus / RNA / beta-barrel / jellyroll / Aspartyl protease / Capsid protein / Hydrolase / Protease / Virion / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


nodavirus endopeptidase / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase A6, nodavirus coat protein / Peptidase A6 family / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Flock house virus (ウイルス)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Johnson, J.E. / Banerjee, M. / Speir, J.A. / Huang, R.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structure and function of a genetically engineered mimic of a nonenveloped virus entry intermediate.
著者: Banerjee, M. / Speir, J.A. / Kwan, M.H. / Huang, R. / Aryanpur, P.P. / Bothner, B. / Johnson, J.E.
履歴
登録2010年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: database_2 / entity_poly ...database_2 / entity_poly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coat protein beta
B: Coat protein beta
C: Coat protein beta
D: Coat protein gamma
E: Coat protein gamma
F: Coat protein gamma
R: RNA (5'-R(*UP*UP*U*AP*UP*CP*UP*(P))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,25412
ポリマ－133,7747
非ポリマー4805
水00
1
A: Coat protein beta
B: Coat protein beta
C: Coat protein beta
D: Coat protein gamma
E: Coat protein gamma
F: Coat protein gamma
R: RNA (5'-R(*UP*UP*U*AP*UP*CP*UP*(P))-3')
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,055,257720
ポリマ－8,026,439420
非ポリマー28,819300
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein beta
B: Coat protein beta
C: Coat protein beta
D: Coat protein gamma
E: Coat protein gamma
F: Coat protein gamma
R: RNA (5'-R(*UP*UP*U*AP*UP*CP*UP*(P))-3')
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 671 kDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)671,27160
ポリマ－668,87035
非ポリマー2,40225
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein beta
B: Coat protein beta
C: Coat protein beta
D: Coat protein gamma
E: Coat protein gamma
F: Coat protein gamma
R: RNA (5'-R(*UP*UP*U*AP*UP*CP*UP*(P))-3')
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 806 kDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)805,52672
ポリマ－802,64442
非ポリマー2,88230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein beta
B: Coat protein beta
C: Coat protein beta
D: Coat protein gamma
E: Coat protein gamma
F: Coat protein gamma
R: RNA (5'-R(*UP*UP*U*AP*UP*CP*UP*(P))-3')
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 8.06 MDa, 420 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,055,257720
ポリマ－8,026,439420
非ポリマー28,819300
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)477.088, 404.929, 476.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.51689463, -0.4191281, 0.74642586), (0.81763078, 0.5, -0.28544685), (-0.25357414, 0.75784671, 0.60113936)-33.01818, -60.52054, 76.78796
3generate(-0.26478627, 0.13946726, 0.95416828), (0.90382629, -0.30901699, 0.29598401), (0.33613429, 0.94077488, -0.04423072)32.59727, -139.69637, 85.4555
4generate(-0.26478627, 0.90382629, 0.33613429), (0.13946726, -0.30901699, 0.94077489), (0.95416828, 0.295984, -0.04423072)106.16804, -128.10919, 14.02437
5generate(0.51689463, 0.81763078, -0.25357414), (-0.41912811, 0.5, 0.75784671), (0.74642586, -0.28544685, 0.60113936)86.02182, -41.77209, -38.79004
6generate(-0.16848945, 0.98570346), (-1), (0.98570346, 0.16848945)17.71353, -14.94262
7generate(-0.33704019, 0.81763078, 0.46678026), (-0.81763078, -0.5, 0.28544685), (0.46678026, -0.28544685, 0.83704019)98.96691, 60.52054, -34.55079
8generate(0.37594243, 0.90382629, -0.20436566), (-0.90382629, 0.30901699, -0.29598401), (-0.20436566, 0.295984, 0.93307457)96.45501, 139.69637, 31.58698
9generate(0.98514067, 0.13946726, -0.10023346), (-0.13946726, 0.30901699, -0.94077489), (-0.10023346, 0.94077488, 0.32387633)13.6492, 128.10919, 92.07055
10generate(0.64866326, -0.4191281, 0.63526971), (0.41912811, -0.5, -0.75784671), (0.63526971, 0.75784671, -0.14866326)-35.01571, 41.77209, 63.31368
11generate(-1), (1), (-1)231.156, 238.08
12generate(-0.51689463, 0.4191281, -0.74642586), (0.81763078, 0.5, -0.28544685), (0.25357414, -0.75784671, -0.60113936)264.17418, -60.52054, 161.29204
13generate(0.26478627, -0.13946726, -0.95416828), (0.90382629, -0.30901699, 0.29598401), (-0.33613429, -0.94077488, 0.04423072)198.55873, -139.69637, 152.62451
14generate(0.26478627, -0.90382629, -0.33613429), (0.13946726, -0.30901699, 0.94077489), (-0.95416828, -0.295984, 0.04423072)124.98796, -128.10919, 224.05564
15generate(-0.51689463, -0.81763078, 0.25357414), (-0.41912811, 0.5, 0.75784671), (-0.74642586, 0.28544685, -0.60113936)145.13418, -41.77209, 276.87004
16generate(0.16848945, -0.98570346), (-1), (-0.98570346, -0.16848945)213.44247, 253.02262
17generate(0.33704019, -0.81763078, -0.46678026), (-0.81763078, -0.5, 0.28544685), (-0.46678026, 0.28544685, -0.83704019)132.18909, 60.52054, 272.6308
18generate(-0.37594243, -0.90382629, 0.20436566), (-0.90382629, 0.30901699, -0.29598401), (0.20436566, -0.295984, -0.93307457)134.70098, 139.69637, 206.49303
19generate(-0.98514067, -0.13946726, 0.10023346), (-0.13946726, 0.30901699, -0.94077489), (0.10023346, -0.94077488, -0.32387633)217.5068, 128.10919, 146.00946
20generate(-0.64866326, 0.4191281, -0.63526971), (0.41912811, -0.5, -0.75784671), (-0.63526971, -0.75784671, 0.14866326)266.17171, 41.77209, 174.76633
21generate(0.49285173, 0.64479088, 0.58424472), (0.76435903, -0.64479088), (-0.41575528, 0.76435903, -0.49285173)-10.93331, -11.58718, 225.76124
22generate(0.63380393, 0.55859537, 0.53503625), (0.55859537, -0.80901699, 0.18292818), (0.53503625, 0.18292817, -0.82478694)-21.36651, -86.33711, 155.38422
23generate(0.64866326, 0.4191281, 0.63526971), (-0.41912811, -0.5, 0.75784671), (0.63526971, -0.75784671, -0.14866326)-35.01571, -41.77209, 63.31368
24generate(0.51689463, 0.4191281, 0.74642586), (-0.81763078, 0.5, 0.28544685), (-0.25357414, -0.75784671, 0.60113936)-33.01818, 60.52054, 76.78796
25generate(0.42059781, 0.55859537, 0.71489069), (-0.08619551, 0.80901699, -0.58143085), (-0.9031433, 0.18292817, 0.38841919)-18.13444, 79.17583, 177.18608
26generate(0.49285173, -0.64479088, 0.58424472), (-0.76435903, 0.64479088), (-0.41575528, -0.76435903, -0.49285173)-10.93331, 11.58718, 225.76124
27generate(-0.42059781, -0.08619551, 0.9031433), (-0.55859537, 0.80901699, -0.18292818), (-0.71489069, -0.58143085, -0.38841919)56.67967, 86.33711, 247.90306
28generate(-0.51689463, 0.81763078, 0.25357414), (0.41912811, 0.5, -0.75784671), (-0.74642586, -0.28544685, -0.60113936)145.13418, 41.77209, 276.87004
29generate(0.33704019, 0.81763078, -0.46678026), (0.81763078, -0.5, -0.28544685), (-0.46678026, -0.28544685, -0.83704019)132.18909, -60.52054, 272.6308
30generate(0.96109776, -0.08619551, -0.2624146), (0.08619551, -0.80901699, 0.58143085), (-0.2624146, -0.58143085, -0.77011476)35.73408, -79.17583, 241.04382
31generate(-0.49285173, 0.64479088, -0.58424472), (-0.76435903, 0.64479088), (0.41575528, 0.76435903, 0.49285173)242.08931, 11.58718, 12.31877
32generate(0.42059781, 0.08619551, -0.9031433), (-0.55859537, 0.80901699, -0.18292818), (0.71489069, 0.58143085, 0.38841919)174.47633, 86.33711, -9.82305
33generate(0.51689463, -0.81763078, -0.25357414), (0.41912811, 0.5, -0.75784671), (0.74642586, 0.28544685, 0.60113936)86.02182, 41.77209, -38.79004
34generate(-0.33704019, -0.81763078, 0.46678026), (0.81763078, -0.5, -0.28544685), (0.46678026, 0.28544685, 0.83704019)98.96691, -60.52054, -34.55079
35generate(-0.96109776, 0.08619551, 0.2624146), (0.08619551, -0.80901699, 0.58143085), (0.2624146, 0.58143085, 0.77011476)195.42192, -79.17583, -2.96381
36generate(-0.49285173, -0.64479088, -0.58424472), (0.76435903, -0.64479088), (0.41575528, -0.76435903, 0.49285173)242.08931, -11.58718, 12.31877
37generate(-0.63380393, -0.55859537, -0.53503625), (0.55859537, -0.80901699, 0.18292818), (-0.53503625, -0.18292817, 0.82478694)252.52251, -86.33711, 82.69578
38generate(-0.64866326, -0.4191281, -0.63526971), (-0.41912811, -0.5, 0.75784671), (-0.63526971, 0.75784671, 0.14866326)266.17171, -41.77209, 174.76633
39generate(-0.51689463, -0.4191281, -0.74642586), (-0.81763078, 0.5, 0.28544685), (0.25357414, 0.75784671, -0.60113936)264.17418, 60.52054, 161.29204
40generate(-0.42059781, -0.55859537, -0.71489069), (-0.08619551, 0.80901699, -0.58143085), (0.9031433, -0.18292817, -0.38841919)249.29044, 79.17583, 60.89393
41generate(0.49285173, 0.76435903, -0.41575528), (0.64479088, 0.76435903), (0.58424472, -0.64479088, -0.49285173)108.10669, -165.51294, 110.18324
42generate(0.98514067, -0.13946726, -0.10023346), (0.13946726, 0.30901699, 0.94077489), (-0.10023346, -0.94077488, 0.32387633)13.6492, -128.10919, 92.07055
43generate(0.42059781, -0.55859537, 0.71489069), (0.08619551, 0.80901699, 0.58143085), (-0.9031433, -0.18292817, 0.38841919)-18.13444, -79.17583, 177.18608
44generate(-0.42059781, 0.08619551, 0.9031433), (0.55859537, 0.80901699, 0.18292818), (-0.71489069, 0.58143085, -0.38841919)56.67967, -86.33711, 247.90306
45generate(-0.37594243, 0.90382629, 0.20436566), (0.90382629, 0.30901699, 0.29598401), (0.20436566, 0.295984, -0.93307457)134.70098, -139.69637, 206.49303
46generate(-0.49285173, -0.76435903, 0.41575528), (0.64479088, 0.76435903), (-0.58424472, 0.64479088, 0.49285173)123.04931, -165.51294, 127.89677
47generate(-0.98514067, 0.13946726, 0.10023346), (0.13946726, 0.30901699, 0.94077489), (0.10023346, 0.94077488, -0.32387633)217.5068, -128.10919, 146.00946
48generate(-0.42059781, 0.55859537, -0.71489069), (0.08619551, 0.80901699, 0.58143085), (0.9031433, 0.18292817, -0.38841919)249.29044, -79.17583, 60.89393
49generate(0.42059781, -0.08619551, -0.9031433), (0.55859537, 0.80901699, 0.18292818), (0.71489069, -0.58143085, 0.38841919)174.47633, -86.33711, -9.82305
50generate(0.37594243, -0.90382629, -0.20436566), (0.90382629, 0.30901699, 0.29598401), (-0.20436566, -0.295984, 0.93307457)96.45501, -139.69637, 31.58698
51generate(-0.49285173, 0.76435903, 0.41575528), (-0.64479088, -0.76435903), (-0.58424472, -0.64479088, 0.49285173)123.04931, 165.51294, 127.89677
52generate(0.26478627, 0.90382629, -0.33613429), (-0.13946726, -0.30901699, -0.94077489), (-0.95416828, 0.295984, 0.04423072)124.98796, 128.10919, 224.05564
53generate(0.96109776, 0.08619551, -0.2624146), (-0.08619551, -0.80901699, -0.58143085), (-0.2624146, 0.58143085, -0.77011476)35.73408, 79.17583, 241.04382
54generate(0.63380393, -0.55859537, 0.53503625), (-0.55859537, -0.80901699, -0.18292818), (0.53503625, -0.18292817, -0.82478694)-21.36651, 86.33711, 155.38422
55generate(-0.26478627, -0.13946726, 0.95416828), (-0.90382629, -0.30901699, -0.29598401), (0.33613429, -0.94077488, -0.04423072)32.59727, 139.69637, 85.4555
56generate(0.49285173, -0.76435903, -0.41575528), (-0.64479088, -0.76435903), (0.58424472, 0.64479088, -0.49285173)108.10669, 165.51294, 110.18324
57generate(-0.26478627, -0.90382629, 0.33613429), (-0.13946726, -0.30901699, -0.94077489), (0.95416828, -0.295984, -0.04423072)106.16804, 128.10919, 14.02437
58generate(-0.96109776, -0.08619551, 0.2624146), (-0.08619551, -0.80901699, -0.58143085), (0.2624146, -0.58143085, 0.77011476)195.42192, 79.17583, -2.96381
59generate(-0.63380393, 0.55859537, -0.53503625), (-0.55859537, -0.80901699, -0.18292818), (-0.53503625, 0.18292817, 0.82478694)252.52251, 86.33711, 82.69578
60generate(0.26478627, 0.13946726, -0.95416828), (-0.90382629, -0.30901699, -0.29598401), (-0.33613429, 0.94077488, 0.04423072)198.55873, 139.69637, 152.62451
詳細The biological unit is a virus capsid. The biological assembly can be generated by treating the contents of the asymmetric unit with the virus matrices uploaded in the "supplemental information" section.

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein beta / Coat protein beta / Nodavirus endopeptidase / Coat protein gamma


分子量: 39362.426 Da / 分子数: 3 / 変異: D161N, D221N, D249N, E251Q, E257Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flock house virus (ウイルス) / 遺伝子: alpha, Flock House Virus coat protein alpha / プラスミド: pBacPAK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12870, nodavirus endopeptidase
#2: タンパク質・ペプチド Coat protein gamma / Coat protein beta / Nodavirus endopeptidase / Coat protein gamma


分子量: 4399.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flock house virus (ウイルス) / 遺伝子: alpha, Flock House Virus coat protein alpha / プラスミド: pBacPAK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12870
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*U*AP*UP*CP*UP*(P))-3')


分子量: 2489.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 4.0, 4% PEG 8000 and 100 mM lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→40 Å / Num. all: 474211 / Num. obs: 372968 / % possible obs: 35.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 5.73
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / % possible all: 17.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
GLRF位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FHV wildtype structure

解像度: 3.6→40 Å / Isotropic thermal model: UNRESTRAINED GROUPS / 交差検証法: NOT USED / σ(F): 0
詳細: CROSS-VALIDATION NOT USED DUE TO 60-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.347 ---
obs0.347 327303 31.5 %-
all-327303 --
Rfree---NOT USED
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 135.4 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 182.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å20 Å270.32 Å2
2---56.17 Å20 Å2
3---57.83 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.13 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 1.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7138 136 25 0 7299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.76 Å /
Rfactor%反射
Rwork0.545 -
obs-16.7 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る