PDB-3lmj: Structure of human anti HIV 21c Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lmj

タイトル

Structure of human anti HIV 21c Fab

要素

Heavy chain of anti HIV Fab from human 21c antibody
Light chain of anti HIV Fab from human 21c antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Diskin, R. / Marcovecchio, P.M. / Bjorkman, P.J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of a clade C HIV-1 gp120 bound to CD4 and CD4-induced antibody reveals anti-CD4 polyreactivity.
著者: Diskin, R. / Marcovecchio, P.M. / Bjorkman, P.J.

履歴

登録	2010年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lmj.cif.gz	99.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lmj.ent.gz	77 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lqaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ldy-2 6obd-2 7jwq-2 5v6m-d 2r1w-d 6peh-1 2hwz-d 5a16-1 5v6l-2 4jo3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain of anti HIV Fab from human 21c antibody

L: Light chain of anti HIV Fab from human 21c antibody

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.103, 98.103, 220.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: 抗体	Heavy chain of anti HIV Fab from human 21c antibody 分子量: 24619.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293
#2: 抗体	Light chain of anti HIV Fab from human 21c antibody 分子量: 22815.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 70% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40.8 Å / Num. all: 32564 / Num. obs: 32467 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→40.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.691 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21858	1648	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19262	-	-	-
obs	0.19397	30814	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.919 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.87 Å²	-0.43 Å²	0 Å²
2-	-	-0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3262	0	16	181	3459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.961	4586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.916	3	5414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.936	5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.074	24.914	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.7	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.064	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.226	1.5	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.345	1.5	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.207	2	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.412	3	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.112	4.5	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.259 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	111	-
R_work	0.33	2126	-
obs	-	-	95.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5749	2.2072	-1.821	5.5208	-3.0305	7.6248	0.5924	0.5663	0.9048	0.588	0.6126	0.8018	-1.1299	-2.4763	-1.2049	0.2238	0.3844	0.2795	0.9413	0.4333	0.3776	3.1566	-30.6065	-6.9597
2	5.132	2.9421	-3.5771	4.5265	-2.2732	6.3393	0.0762	1.2943	0.8487	-0.4401	0.9061	0.687	-0.2819	-1.8066	-0.9823	0.1824	0.0625	0.031	0.7838	0.3359	0.2427	6.9908	-32.2482	-17.4503
3	4.8548	4.7866	-3.3172	9.2577	-3.4553	5.5326	0.1827	0.7007	0.7398	-0.2497	0.6197	0.508	-0.4829	-1.001	-0.8024	0.1756	0.1025	0.1049	0.4186	0.1687	0.2102	11.6062	-30.8825	-12.1729
4	2.0155	0.588	-1.4004	0.8218	0.0135	2.3822	0.1999	0.1469	0.1808	0.018	0.0751	-0.039	-0.1599	-0.2762	-0.275	0.1572	0.0504	0.0631	0.2124	0.0248	0.1464	13.4323	-36.145	3.9473
5	2.5425	0.8191	0.9118	0.8352	0.6196	3.8083	0.0066	-0.1655	0.1429	0.0668	-0.1418	-0.0692	-0.1906	0.0329	0.1352	0.173	-0.0383	0.0166	0.2414	0.022	0.1075	12.3371	-39.7491	16.3351
6	0.405	0.8543	-0.4805	2.9958	0.2219	3.9644	0.1938	-0.1451	-0.1076	0.2252	-0.1354	-0.2424	-0.0023	0.3227	-0.0584	0.2462	-0.0556	-0.0206	0.3212	0.0152	0.1628	33.9708	-32.6549	-12.0512
7	3.1797	0.8291	-1.4041	3.1395	-1.4887	6.2098	0.1006	0.1074	0.1709	0.1178	0.0987	0.3766	-0.3692	-0.2174	-0.1993	0.1769	-0.0066	0.041	0.18	0.0189	0.1315	23.9643	-27.8984	-15.458
8	2.1125	0.8945	-0.336	2.7559	-1.6813	4.0185	0.1439	-0.1022	0.2302	0.3796	-0.0319	0.1499	-0.6625	0.0075	-0.1119	0.3	-0.0361	0.0586	0.1754	-0.0089	0.0979	28.5596	-23.9897	-11.5619
9	3.5378	1.5446	0.2067	3.466	-1.2685	4.1995	0.2588	-0.0273	-0.1032	0.0658	-0.0275	0.1021	0.1611	-0.0418	-0.2313	0.1572	-0.0155	0.0374	0.1681	0.0068	0.1034	26.6582	-34.0517	-11.5742
10	7.6056	3.6334	-3.5054	4.0325	-3.1289	4.8441	0.2264	-0.5092	-0.2659	0.4331	-0.3717	-0.0738	-0.3598	0.5341	0.1453	0.156	-0.0371	-0.0007	0.2689	0.102	0.1147	22.1788	-48.4929	19.267
11	4.0555	3.0103	-1.9805	5.0879	-3.6061	5.0115	-0.0683	-0.0991	-0.5705	0.0264	-0.2442	-0.3747	0.1611	0.4786	0.3124	0.1129	0.012	0.021	0.2526	0.0876	0.1814	23.7872	-52.9398	14.6507
12	16.9206	8.9612	-11.6114	8.7258	-8.3568	14.5149	0.3914	-1.7302	-1.1407	0.5237	-1.179	-1.0484	-0.0213	1.4523	0.7875	0.0865	-0.0208	-0.0625	0.4961	0.3754	0.3771	27.4607	-56.7207	22.8673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	31 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	87 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	105 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	148 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	1 - 22
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	23 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	45 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	L	94 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	112 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	L	145 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	189 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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