[日本語] English
万見
- PDB-3lma: Crystal structure of the stage V sporulation protein AD (SpoVAD) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lma
タイトルCrystal structure of the stage V sporulation protein AD (SpoVAD) from Bacillus licheniformis. Northeast Structural Genomics Consortium Target BiR6.
要素Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Stage V sporulation protein AD / Stage V sporulation AD / Stage V sporulation AD superfamily / Stage V sporulation protein AD (SpoVAD) / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.993 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Ashok, S. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Patel, D.J. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Vorobiev, S. / Ashok, S. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Patel, D.J. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the stage V sporulation protein AD (SpoVAD) from Bacillus licheniformis.
著者: Vorobiev, S. / Ashok, S. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Patel, D.J. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)
B: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)
C: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)
D: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,7054
ポリマ－150,7054
非ポリマー00
水10,575587
1
A: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)
D: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3532
ポリマ－75,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
2
B: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)
C: Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3532
ポリマ－75,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.957, 83.059, 103.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細dimmer according to aggregation screening

-
要素

#1: タンパク質
Stage V sporulation protein AD (SpoVAD)


分子量: 37676.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: DSM 13 / ATCC 14580 / 遺伝子: BL00782, BLi02491, spoVAD / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q65HU8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: icrobatch crystallization under paraffin oil / pH: 7.5
詳細: 40% PEG 1000, 0.1M ammonium phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, icrobatch crystallization under paraffin oil, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.993→50 Å / Num. all: 145826 / Num. obs: 142035 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique all: 14586 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
SHELXDE位相決定
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.993→38.939 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2109 3683 5.03 %RANDOM
Rwork0.1681 ---
obs0.1703 73163 98.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.18 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.993→38.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9375 0 0 587 9962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37812881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5653438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9928-2.0190.27081320.19292315X-RAY DIFFRACTION87
2.019-2.04660.22621430.1722659X-RAY DIFFRACTION99
2.0466-2.07590.23491280.16322698X-RAY DIFFRACTION99
2.0759-2.10690.231220.16972689X-RAY DIFFRACTION99
2.1069-2.13980.24281290.16332647X-RAY DIFFRACTION99
2.1398-2.17490.20851330.16572688X-RAY DIFFRACTION99
2.1749-2.21240.2241570.16922622X-RAY DIFFRACTION99
2.2124-2.25260.25571260.17072697X-RAY DIFFRACTION99
2.2526-2.29590.23311380.18342643X-RAY DIFFRACTION99
2.2959-2.34280.21761490.1652659X-RAY DIFFRACTION99
2.3428-2.39370.23471450.17512671X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.44940.21871280.17882703X-RAY DIFFRACTION100
2.4494-2.51060.2561580.182696X-RAY DIFFRACTION100
2.5106-2.57850.2451450.17052658X-RAY DIFFRACTION100
2.5785-2.65430.20931370.16862702X-RAY DIFFRACTION100
2.6543-2.740.21981460.16992669X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.83790.23011460.17892727X-RAY DIFFRACTION100
2.8379-2.95150.2231500.1762707X-RAY DIFFRACTION100
2.9515-3.08580.22751220.18212725X-RAY DIFFRACTION100
3.0858-3.24840.23131480.16992693X-RAY DIFFRACTION100
3.2484-3.45180.19021480.16372674X-RAY DIFFRACTION100
3.4518-3.71810.18831650.15862684X-RAY DIFFRACTION100
3.7181-4.09190.17751610.1492696X-RAY DIFFRACTION100
4.0919-4.68320.16141480.13052689X-RAY DIFFRACTION99
4.6832-5.8970.16311360.15322746X-RAY DIFFRACTION100
5.897-38.94690.20941430.1782723X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.08280.04450.01830.01490.0464-0.0161-0.1229-0.2322-0.0276-0.0149-0.021-0.05750.0645-0.0938-0-0.1962-0.2865-0.0772-0.3634-0.1163-0.021220.198344.538940.2786
20.13690.0642-0.00770.00590.00420.0191-0.12120.0034-0.02370.07850.06420.09060.03520.12460-0.10610.0785-0.06860.0590.0407-0.0692
30.11480.00690.0384-0.00320.00770.0528-0.02830.0407-0.05540.0211-0.0070.00870.0321-0.0654-00.0522-0.00430.0234-0.02420.00890.0348
40.13410.08780.00760.03080.02180.0398-0.0304-0.05010.0157-0.0049-0.0114-0.02580.01580.0177-00.0599-0.0016-0.00620.0759-0.01620.0732
精密化 TLSグループSelection details: chain D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る