PDB-3llv: The Crystal Structure of the NAD(P)-binding domain of an Exopolyp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3llv

タイトル

The Crystal Structure of the NAD(P)-binding domain of an Exopolyphosphatase-related protein from Archaeoglobus fulgidus to 1.7A

要素

Exopolyphosphatase-related protein

キーワード

NAD(P) binding protein / NAD(P)-binding / Rossmann / Exopolyphosphatase-related / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium ion transport / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Chang, C. / Weger, A. / Hendricks, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the NAD(P)-binding domain of an Exopolyphosphatase-related protein from Archaeoglobus fulgidus to 1.7A
著者: Stein, A.J. / Chang, C. / Weger, A. / Hendricks, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3llv.cif.gz	41.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3llv.ent.gz	29.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3llv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3llv_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3llv_full_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示
XML形式データ	3llv_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	3llv_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3llv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3llv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ryf-2 4xid-1 3nru-11 3v33-1 9ant-1 2ecd-d 4xic-2 4m92-d 1plo-d 5jlx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC62008.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Exopolyphosphatase-related protein

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Exopolyphosphatase-related protein

ヘテロ分子

A: Exopolyphosphatase-related protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.994, 39.994, 295.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-150- HOH

#1: タンパク質	Exopolyphosphatase-related protein 分子量: 15563.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_2029 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28250
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG MME 5000, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 19804 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.475 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	6.2	0.43	1898	0.835	1	99.8
1.66-1.72	6.2	0.3	1905	0.858	1	99.5
1.72-1.8	6.2	0.215	1907	0.899	1	99.8
1.8-1.9	6.1	0.166	1944	0.983	1	99.7
1.9-2.02	6.2	0.117	1931	1.038	1	99.7
2.02-2.17	6.2	0.082	1957	1.18	1	99.6
2.17-2.39	6.2	0.071	1977	1.343	1	99.8
2.39-2.74	6.2	0.071	2011	1.904	1	99.9
2.74-3.45	6	0.062	2075	2.597	1	100
3.45-50	5.8	0.047	2199	2.94	1	94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.7→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.829 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	849	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.212	16627	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	988	0	5	59	1052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.996	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.106	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.243	25.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.114	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.146	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.621	1.5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.046	2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.019	3	358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.232	4.5	317

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	66	-
R_work	0.263	1136	-
all	-	1202	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9198	3.3546	2.0359	7.7238	1.3313	4.9626	-0.0494	0.2123	-0.443	0.1395	0.1295	0.0219	0.9486	-0.0136	-0.0802	0.2891	0.044	0.0098	0.0765	-0.0403	0.1257	9.3065	11.9061	10.156
2	2.1139	1.2698	-1.4552	14.9821	-7.0251	28.7299	-0.4933	-0.1995	-0.1372	-0.0236	0.1814	-0.2678	1.391	1.7084	0.3119	0.4711	0.2892	0.0323	0.228	-0.0023	0.1174	13.2124	17.1304	21.2265
3	10.2585	4.1271	0.3341	6.8819	-2.5942	5.9917	-0.1084	-0.4497	-0.0624	-0.2035	0.2757	0.129	0.5758	-0.3776	-0.1673	0.4624	0.0613	0.034	0.1792	0.0288	0.2441	6.7551	10.951	20.6123
4	3.409	2.9232	-2.4741	2.9861	0.9103	21.5943	-0.0257	0.1942	0.0756	0.0503	0.1553	0.0834	1.374	-0.7389	-0.1296	0.6213	0.0051	-0.0251	0.1455	0.057	0.3512	5.1341	5.9465	15.8435
5	10.3367	3.6035	3.342	8.7568	2.6822	2.3111	-0.1758	-0.5107	0.2593	0.2344	0.1516	-0.6493	0.3251	0.3552	0.0241	0.2965	0.2431	-0.0726	0.3717	-0.067	0.2169	21.2383	14.9602	15.0502
6	10.5089	3.9303	-1.8431	18.2815	-3.7036	0.8649	-0.3901	-0.227	0.1706	1.0271	0.3239	-0.4101	-0.1255	-0.0138	0.0662	0.4683	0.2649	-0.0779	0.2734	-0.032	0.2187	21.2858	9.4098	19.501
7	7.3477	4.672	-2.1389	3.1895	-2.0218	4.5995	-0.3552	0.3384	0.0634	-0.2877	0.3635	0.2071	0.857	-0.0461	-0.0083	0.4045	0.2287	-0.0049	0.2594	0.0731	0.332	16.3614	6.7973	16.8702
8	3.1363	4.3825	-3.2408	6.8793	-4.2669	3.4546	-0.0235	-0.3683	-0.1045	0.2023	-0.0143	-0.461	0.1153	0.5986	0.0379	0.1683	0.1602	-0.0406	0.5108	-0.0949	0.244	21.0587	19.4131	7.4109
9	9.6627	-0.0551	-4.7703	4.1332	-0.3674	12.204	0.0472	0.2319	0.1136	-0.0989	0.0194	-0.0142	-0.0109	0.0125	-0.0665	0.0661	0.0233	0.0047	0.0989	-0.0408	0.1131	17.2444	17.8269	0.5543
10	52.7576	2.0388	-18.187	2.4141	-1.7341	6.9744	-1.1254	1.9865	-1.8016	-0.0595	0.3146	-0.1762	0.6719	-0.8249	0.8108	0.4381	-0.0906	0.0685	0.2576	-0.152	0.267	9.9734	11.3338	1.4755
11	5.6142	1.041	0.4275	3.2961	1.3149	6.1937	-0.1064	0.0924	-0.1201	0.2468	0.2064	0.0171	0.4112	0.2226	-0.1	0.0943	0.0396	0.0006	0.0269	-0.0219	0.0914	8.6336	19.735	12.645
12	9.3351	-1.8984	-2.4339	11.3098	3.5549	16.546	0.0602	-0.0836	0.5665	0.06	0.2353	-0.6464	-0.3699	0.7261	-0.2956	0.0846	0.0017	-0.014	0.1093	-0.0587	0.2031	15.2067	29.5395	13.1563
13	6.8634	-3.4415	0.2035	4.5621	0.9551	10.792	0.01	0.0858	0.3916	-0.0498	0.1087	-0.335	-0.3869	0.298	-0.1187	0.0596	-0.0097	0.0168	0.0755	-0.0179	0.1231	13.587	27.6171	5.8504
14	5.3958	1.9246	-1.5744	3.9328	-0.9702	2.742	0.0137	0.5006	-0.0607	-0.2098	0.0442	-0.0123	0.0161	-0.0264	-0.0579	0.0518	0.0145	-0.0008	0.1281	-0.0179	0.0686	9.5162	21.7367	-0.3461
15	1.8682	-0.2695	-0.8317	2.1085	2.5193	5.8141	-0.0156	0.0175	0.1986	0.1063	-0.0641	0.0517	-0.1073	-0.1927	0.0797	0.084	0.0369	0.0005	0.0294	-0.0195	0.0969	6.0458	25.5265	12.792
16	5.5939	-9.8867	-1.3042	18.244	-0.7741	12.8095	0.0153	-0.0788	0.1298	0.1344	0.2778	-0.1034	-0.6673	-0.487	-0.2931	0.1821	0.0587	-0.0214	0.0919	0.0094	0.3571	4.7518	36.1816	13.0507
17	7.8413	-0.2239	-0.9464	7.8345	0.4748	10.432	0.059	0.1522	0.3932	-0.3816	0.0091	0.1398	-0.8632	-0.243	-0.068	0.1362	0.0491	-0.0043	0.0797	0.0154	0.1542	5.5308	32.5668	6.872
18	0.6871	-0.6275	-1.7326	0.7155	2.8775	16.7072	0.0201	0.0601	-0.0031	-0.0207	-0.0549	0.0238	-0.281	-0.3225	0.0348	0.0969	0.0399	0.0163	0.0776	-0.0155	0.1353	2.1007	27.4609	16.3623
19	10.6491	2.3489	-3.6171	8.7561	2.3265	15.9007	0.0731	0.1916	0.0376	-0.3892	-0.0713	0.4711	-0.1246	-1.248	-0.0018	0.1075	0.0635	-0.0039	0.1578	-0.0121	0.1389	-3.196	27.2401	28.745
20	19.6476	0.0254	-8.4659	20.528	1.6143	12.8821	0.1008	-0.8299	-0.7584	0.7746	-0.2242	0.3218	0.9858	-0.3402	0.1233	0.2183	-0.0322	-0.0109	0.3269	0.0095	0.2225	-6.9201	23.2377	34.5605

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	26 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	33 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	41 - 47
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	48 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	54 - 59
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	60 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	65 - 71
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	72 - 79
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	80 - 84
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	85 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	91 - 96
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	97 - 105
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	106 - 110
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	111 - 115
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	116 - 127
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	128 - 132
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	133 - 138

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)