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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3llk | ||||||
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タイトル | Sulfhydryl Oxidase Fragment of Human QSOX1 | ||||||
![]() | Sulfhydryl oxidase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / sulfhydryl oxidase / disulfide / flavin adenine dinucleotide / Alternative splicing / FAD / Flavoprotein / Glycoprotein / Golgi apparatus / Membrane / Polymorphism / Secreted / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / intercellular bridge / negative regulation of macroautophagy / protein disulfide isomerase activity / FAD binding / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / specific granule lumen ...flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / intercellular bridge / negative regulation of macroautophagy / protein disulfide isomerase activity / FAD binding / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / specific granule lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein folding / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alon, A. / Fass, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: QSOX contains a pseudo-dimer of functional and degenerate sulfhydryl oxidase domains. 著者: Alon, A. / Heckler, E.J. / Thorpe, C. / Fass, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29791.412 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 286-546 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FLC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.1 M citric acid, 10-15% ethanol, pH 5.3-5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 5.3-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 56156 / Num. obs: 55492 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5560 / Rsym value: 0.553 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3LLI 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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