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万見
- PDB-3llk: Sulfhydryl Oxidase Fragment of Human QSOX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3llk
タイトルSulfhydryl Oxidase Fragment of Human QSOX1
要素Sulfhydryl oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfhydryl oxidase / disulfide / flavin adenine dinucleotide / Alternative splicing / FAD / Flavoprotein / Glycoprotein / Golgi apparatus / Membrane / Polymorphism / Secreted / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / negative regulation of macroautophagy / protein disulfide isomerase activity / FAD binding / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / specific granule lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / negative regulation of macroautophagy / protein disulfide isomerase activity / FAD binding / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / specific granule lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
QSOX sulfhydryl oxidase domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily ...QSOX sulfhydryl oxidase domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / CITRATE ANION / Sulfhydryl oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Alon, A. / Fass, D.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: QSOX contains a pseudo-dimer of functional and degenerate sulfhydryl oxidase domains.
著者: Alon, A. / Heckler, E.J. / Thorpe, C. / Fass, D.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfhydryl oxidase 1
B: Sulfhydryl oxidase 1
C: Sulfhydryl oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9207
ポリマ－89,3743
非ポリマー2,5464
水8,143452
1
A: Sulfhydryl oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7663
ポリマ－29,7911
非ポリマー9752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sulfhydryl oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5772
ポリマ－29,7911
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sulfhydryl oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5772
ポリマ－29,7911
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.481, 161.573, 121.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Sulfhydryl oxidase 1 / hQSOX / Quiescin Q6


分子量: 29791.412 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 286-546 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QSCN6, QSOX1, UNQ2520/PRO6013 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: O00391, thiol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.1 M citric acid, 10-15% ethanol, pH 5.3-5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 5.3-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 56156 / Num. obs: 55492 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5560 / Rsym value: 0.553 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3LLI

3lli


解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2715 3928 -random
Rwork0.2372 ---
all-55971 --
obs-55254 98.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5845 0 172 452 6469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.006542
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.18448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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