PDB-3lg7: Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_S0_1EZ3A_002_C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lg7

タイトル

Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_S0_1EZ3A_002_C

要素

4E10_S0_1EZ3A_002_C (T246)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / EPITOPE-SCAFFOLD

機能・相同性

Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

ARTIFICIAL GENE (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Holmes, M.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope.
著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...

履歴

登録	2010年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lg7.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lg7.ent.gz	73.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lg7_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lg7_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	3lg7_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	3lg7_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lefC 3lf6C 3lf9C 3lh2C 3lhpC 1ez3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m9m-d 7joy-d 3snc-1 1l7c-4 5b6o-d 7lzu-d 7m03-d 7lzx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4E10_S0_1EZ3A_002_C (T246)

B: 4E10_S0_1EZ3A_002_C (T246)

C: 4E10_S0_1EZ3A_002_C (T246)

ヘテロ分子

50.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.600, 94.870, 108.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	4E10_S0_1EZ3A_002_C (T246) 分子量: 16412.529 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The epitope-scaffold is based on THE NEURONAL T-SNARE SYNTAXIN-1A (PDB ID 1EZ3) 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate, bis Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 107 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月9日 / 詳細: Rigaku Varimax HF
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→28.82 Å / Num. all: 33220 / Num. obs: 33220 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.53 % / B_iso Wilson estimate: 66.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.78 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3180 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computationally-derived model of the epitope-scaffold, based on 1EZ3

1ez3

解像度: 2.5→28.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 18.258 / SU ML: 0.208 / Isotropic thermal model: Isotropic with 15 TLS groups / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30121	1672	5 %	RANDOM
R_work	0.25702	-	-	-
obs	0.25923	33123	99.39 %	-
all	-	33123	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3096	0	55	94	3245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.189	1.961	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.73	3	5620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.952	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.867	24.271	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.272	15	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.723	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.3	754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.3	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.5	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.5	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.3	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.357	0.3	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.683	2	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.222	2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.667	3	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.96	4	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.297	6	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	112	-
R_work	0.286	2216	-
obs	-	-	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.7811	13.8851	-4.3887	18.4859	-4.9828	2.3218	0.2203	0.1972	0.6605	0.2515	0.1246	0.8438	-0.1365	-0.325	-0.3449	0.3226	0.0108	-0.0048	0.336	-0.0782	0.2033	3.222	1.979	-24.94
2	3.6799	7.6265	-0.4966	18.7453	-2.3753	0.6834	0.3231	-0.1013	-0.113	1.0353	-0.1944	-0.476	0.0225	-0.0966	-0.1287	0.431	-0.0167	0.0532	0.2847	-0.0386	0.1805	10.097	5.67	-19.683
3	41.8274	10.2455	38.0586	8.4029	4.834	38.0478	0.5802	0.3909	-2.3607	1.7918	-0.6031	-1.5197	1.4344	-0.4058	0.0229	0.5869	-0.0293	-0.0037	0.0791	0.2844	0.408	0.869	-23.48	-16.562
4	15.4359	16.8115	-4.6354	19.9485	-5.5925	2.1586	-0.1568	0.3251	-0.4773	-0.0289	0.3713	-0.6112	-0.0655	-0.2375	-0.2145	0.3436	0.0087	-0.0058	0.2503	-0.0638	0.2267	7.555	-8.567	-26.309
5	18.0313	0.9125	-5.6277	15.5378	-7.2052	9.9095	0.084	0.7298	1.2407	-0.1145	0.651	0.193	-0.4789	0.0207	-0.7349	0.363	-0.0895	0.0764	0.2884	-0.1899	0.1638	26.629	12.46	-34.198
6	16.1822	5.1219	-13.2821	1.9711	-4.5436	12.7854	0.0555	-0.8599	-0.7057	0.5064	-0.2115	-0.0391	-0.1932	0.7457	0.1559	0.3276	0.0726	0.0567	0.323	0.0684	0.2304	-4.071	18.639	0.963
7	6.6298	1.9615	-0.276	1.8748	-1.2123	3.2465	-0.0093	0.0854	-0.1713	0.0678	-0.0926	-0.2813	-0.1131	0.2131	0.102	0.2915	0.0249	-0.0166	0.2825	0.0106	0.2382	16.9	23.303	-15.466
8	39.7874	5.0481	-14.4183	2.1839	-1.949	8.7413	-0.682	0.7958	-2.4929	0.0278	-0.1016	0.1961	0.5396	-0.7843	0.7836	0.2936	-0.019	0.1336	0.2644	-0.0501	0.399	-9.44	11.446	-6.244
9	16.6131	5.411	-13.7311	2.4252	-4.6016	11.5776	0.1415	0.4717	0.3117	0.0509	0.1342	0.244	-0.258	-0.5805	-0.2756	0.2892	0.0362	0.0186	0.3865	0.0294	0.2877	-12.452	21.178	-5.828
10	6.5245	0.3627	-3.4703	6.1738	0.9738	11.7941	0.7962	0.1049	0.2654	0.0454	-0.407	-0.138	-1.3219	0.2613	-0.3892	0.3334	0.032	0.0394	0.2407	0.0435	0.2148	10.928	30.329	-26.892
11	5.8924	6.5403	-8.0825	12.5015	-16.244	24.1197	0.0141	-0.2319	-0.5634	-0.3646	-0.368	0.066	0.2049	-1.0889	0.354	0.3223	-0.0688	-0.0571	0.2159	0.1158	0.269	14.262	-4.711	7.434
12	1.5312	0.1143	0.3214	3.3621	-3.3364	9.8648	-0.0479	0.5736	-0.429	-0.3863	-0.1607	-0.4238	0.2794	0.0313	0.2085	0.2845	0.0659	0.0121	0.2731	0.0112	0.3231	20.698	9.692	-12.199
13	7.6671	-0.5625	-0.0542	15.3412	-10.2963	18.9248	0.2166	-0.5536	0.0857	0.7489	1.0022	1.2928	-0.8704	-2.4248	-1.2188	0.1929	-0.012	0.1091	0.5183	0.064	0.2075	7.881	1.817	16.659
14	6.3821	8.3354	-6.3592	14.8261	-19.0447	35.6109	0.1226	-0.5002	-0.1513	0.4138	-0.5208	-0.3125	-0.8372	0.5754	0.3982	0.2764	-0.0252	-0.0098	0.3114	0.0805	0.2585	18.611	3.128	13.998
15	0.9382	2.7017	-0.7991	13.1017	-5.7831	7.1455	-0.0786	-0.0296	0.1367	0.0752	-0.2336	-0.584	-0.1531	0.4859	0.3122	0.2234	-0.003	-0.0444	0.3723	0.098	0.2364	27.23	21.235	-8.725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	88 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	114 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 31
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	32 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	57 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	83 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	114 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 26
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	27 - 64
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	65 - 86
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	87 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	109 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)