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- PDB-3lg3: 1.4A Crystal Structure of Isocitrate Lyase from Yersinia pestis CO92 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lg3
タイトル1.4A Crystal Structure of Isocitrate Lyase from Yersinia pestis CO92
要素Isocitrate lyase
キーワードLYASE / Isocitrate Lyase / Conserved / CD / Proteomics evidence (Cytoplasmid or periplasmic) / Drug target functions / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / ICL/PEPM domain / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sharma, S.S. / Brunzelle, J.S. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.4A Crystal Structure of Isocitrate Lyase from Yersinia pestis CO92
著者: Sharma, S.S. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2010年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3732
ポリマ－96,3732
非ポリマー00
水21,1321173
1
A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase

A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,7464
ポリマ－192,7464
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area28470 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area54560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.163, 115.133, 174.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-954-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate lyase


分子量: 48186.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: aceA, y0016, YPO3725, YP_3087 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codonplus(de3) Ril
参照: UniProt: Q7CLE1, UniProt: A0A2S9PCG6*PLUS, isocitrate lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M LiCitrate, PEG3350 20%, 10mm iso Citric acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日 / 詳細: Be Lenes
放射モノクロメーター: Single Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 185843 / Num. obs: 185843 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique all: 9150 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
CRANK位相決定
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.4_115)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→24.558 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1653 9030 5.02 %RANDOM
Rwork0.1311 ---
obs0.1329 179982 96.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.003 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 0 1173 7625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9139374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3622459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066997
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.44690.23178200.157515575X-RAY DIFFRACTION89
1.4469-1.50480.20878700.135916228X-RAY DIFFRACTION92
1.5048-1.57330.17378840.114416699X-RAY DIFFRACTION95
1.5733-1.65620.17778930.114416976X-RAY DIFFRACTION96
1.6562-1.760.16139230.111617149X-RAY DIFFRACTION97
1.76-1.89580.15689500.116417342X-RAY DIFFRACTION98
1.8958-2.08650.1599070.121817588X-RAY DIFFRACTION99
2.0865-2.38820.14669190.12317699X-RAY DIFFRACTION100
2.3882-3.0080.16079090.135217805X-RAY DIFFRACTION100
3.008-24.56140.1559550.137817891X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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