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万見
- PDB-3lg2: A Ykr043C/ fructose-1,6-bisphosphate product complex following li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lg2
タイトルA Ykr043C/ fructose-1,6-bisphosphate product complex following ligand soaking
要素Uncharacterized protein YKR043C
キーワードHYDROLASE / metal-independent / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


sedoheptulose-bisphosphatase / sedoheptulose-bisphosphatase activity / ribose phosphate biosynthetic process / oxidoreductase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Singer, A. / Xu, X. / Cui, H. / Dong, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure and activity of the metal-independent fructose-1,6-bisphosphatase YK23 from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Kuznetsova, E. / Xu, L. / Singer, A. / Brown, G. / Dong, A. / Flick, R. / Cui, H. / Cuff, M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2010年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YKR043C
B: Uncharacterized protein YKR043C
C: Uncharacterized protein YKR043C
D: Uncharacterized protein YKR043C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,67612
ポリマ－134,9164
非ポリマー7608
水724
1
A: Uncharacterized protein YKR043C
B: Uncharacterized protein YKR043C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8386
ポリマ－67,4582
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein YKR043C
D: Uncharacterized protein YKR043C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8386
ポリマ－67,4582
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.302, 83.385, 104.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 302
2112B1 - 302
3112C1 - 302
4112D1 - 302

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein YKR043C


分子量: 33728.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: YKR043C / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36136, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M tri-Lithium Citrate, 15%PEG3350, 8%MPD with 0.03 mg/ml trypsin in the protein. Soak with 0.1M tri-Lithium Citrate, 15%PEG3350, 8%MPD and 100 mM Fructose-1,6-bisphosphate for 2 hours, ...詳細: 0.1M tri-Lithium Citrate, 15%PEG3350, 8%MPD with 0.03 mg/ml trypsin in the protein. Soak with 0.1M tri-Lithium Citrate, 15%PEG3350, 8%MPD and 100 mM Fructose-1,6-bisphosphate for 2 hours, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: VariMax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 48678 / Num. obs: 44466 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F3K molecule A

3f3k


解像度: 2.6→43.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 27.974 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2698 2008 5.1 %RANDOM
Rwork0.22003 ---
obs0.22258 37178 91.17 %-
all-39186 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.978 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.02 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8688 0 40 4 8732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0218916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.95712088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29351072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53523.504468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.846151520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg171588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.24243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.26012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1076tight positional0.050.05
2B1076tight positional0.050.05
3C1076tight positional0.050.05
4D1076tight positional0.050.05
1A1106medium positional1.110.5
2B1106medium positional1.110.5
3C1106medium positional1.090.5
4D1106medium positional1.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 160 -
Rwork0.337 2780 -
obs--93.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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