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- PDB-3lfr: The Crystal Structure of a CBS Domain from a Putative Metal Ion T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lfr
タイトルThe Crystal Structure of a CBS Domain from a Putative Metal Ion Transporter Bound to AMP from Pseudomonas syringae to 1.55A
要素putative Metal ion transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Metal-ion / CBS / AMP / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily ...: / N-terminal region of NMB0537 / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Ion transporter-like, CBS domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Magnesium and cobalt efflux protein CorC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Stein, A.J. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a CBS Domain from a Putative Metal Ion Transporter Bound to AMP from Pseudomonas syringae to 1.55A
著者: Stein, A.J. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative Metal ion transporter
B: putative Metal ion transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1864
ポリマ－30,4922
非ポリマー6942
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.150, 50.650, 51.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 putative Metal ion transporter


分子量: 15245.927 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 59-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
株: pv. tomato str. DC3000 / 遺伝子: PSPTO4807, PSPTO_4807 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87VX8
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Hepes PH 7.5, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 33409 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 7.265 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.55-1.613.10.65232993.45199.7
1.61-1.673.10.45933512.67399.7
1.67-1.753.10.34333383.33999.8
1.75-1.843.10.24333623.25899.9
1.84-1.953.10.1833253.8799.9
1.95-2.13.10.13133564.75699.6
2.1-2.323.10.11533577.27499.8
2.32-2.653.10.109337310.06799.6
2.65-3.3430.087336413.99599.5
3.34-503.10.073328420.48994.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.53→34.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.182 / SU B: 3.434 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1678 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 33130 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.13 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→34.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1953 0 46 172 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4812.0192790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3875261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42123.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.31115347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9011516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1291.51276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89122077
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0123762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5394.5707
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.41732038
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.534-1.5740.2811110.2031994250484.065
1.574-1.6170.2651060.1792216239596.952
1.617-1.6640.2371030.1662207234998.34
1.664-1.7150.2331090.1612149229898.259
1.715-1.7710.2181080.1642106224498.663
1.771-1.8330.1861100.1482042216999.216
1.833-1.9020.227920.1571979208499.376
1.902-1.9790.2321120.1661897201499.752
1.979-2.0670.205930.1711825192799.533
2.067-2.1670.206900.1681720182299.341
2.167-2.2840.226970.1611657175699.886
2.284-2.4220.226810.1761591167899.642
2.422-2.5880.254840.1931470156199.552
2.588-2.7950.228750.1931374145799.451
2.795-3.0590.259770.1871253134099.254
3.059-3.4170.189580.1741165122499.918
3.417-3.9390.155600.1571017108799.08
3.939-4.8090.185440.16284692196.634
4.809-6.7380.177400.2165772496.271
6.738-34.8410.248280.22328742773.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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