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- PDB-3lfj: Crystal structure of manxB from Thermoanaerobacter tengcongensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lfj
タイトルCrystal structure of manxB from Thermoanaerobacter tengcongensis
要素Phosphotransferase system, mannose/fructose/N-acetylgalactosamine-specific component IIB
キーワードTRANSFERASE / manxB PTS
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphotransferase system, mannose/fructose/N-acetylgalactosamine-specific component IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.556 Å
データ登録者Fu, T.M. / Su, X.-D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of manxA and manxB from Thermoanaerobacter tengcongensis
著者: Fu, T.M. / Su, X.-D.
履歴
登録2010年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotransferase system, mannose/fructose/N-acetylgalactosamine-specific component IIB
B: Phosphotransferase system, mannose/fructose/N-acetylgalactosamine-specific component IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3252
ポリマ－42,3252
非ポリマー00
水6,593366
1
A: Phosphotransferase system, mannose/fructose/N-acetylgalactosamine-specific component IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1631
ポリマ－21,1631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphotransferase system, mannose/fructose/N-acetylgalactosamine-specific component IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1631
ポリマ－21,1631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.300, 81.300, 170.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Phosphotransferase system, mannose/fructose/N-acetylgalactosamine-specific component IIB / manxB


分子量: 21162.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4T / 遺伝子: manxB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RD54
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% iso-propanol, 0.1M Na Citrate pH 5.6, 15% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 60091 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 21.21 Å2 / Rsym value: 0.075
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 10.2 % / Num. unique all: 6075 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1nrz

1nrz


解像度: 1.556→33.085 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / FOM work R set: 0.878 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 3031 5.05 %
Rwork0.1888 57048 -
obs0.1897 60079 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.047 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 70.02 Å2 / Biso mean: 24.54 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.368 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.368 Å20 Å2
3----0.736 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.556→33.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 0 366 2971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7891019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.556-1.58030.23561310.21442641X-RAY DIFFRACTION100
1.5803-1.60620.22181530.20192615X-RAY DIFFRACTION100
1.6062-1.63390.22251470.2032576X-RAY DIFFRACTION100
1.6339-1.66360.23161330.19962637X-RAY DIFFRACTION100
1.6636-1.69560.23581180.18962603X-RAY DIFFRACTION100
1.6956-1.73020.20851390.19522616X-RAY DIFFRACTION100
1.7302-1.76780.23551410.19442614X-RAY DIFFRACTION100
1.7678-1.8090.21251470.19012580X-RAY DIFFRACTION100
1.809-1.85420.20181490.18382620X-RAY DIFFRACTION100
1.8542-1.90430.2131480.18832586X-RAY DIFFRACTION100
1.9043-1.96040.20581450.18972598X-RAY DIFFRACTION100
1.9604-2.02360.21181320.19072597X-RAY DIFFRACTION100
2.0236-2.09590.20591240.18942622X-RAY DIFFRACTION100
2.0959-2.17980.20211540.17972599X-RAY DIFFRACTION100
2.1798-2.2790.20451320.17422620X-RAY DIFFRACTION100
2.279-2.39920.20331420.18752607X-RAY DIFFRACTION100
2.3992-2.54940.21391440.17912625X-RAY DIFFRACTION100
2.5494-2.74620.19421360.18942595X-RAY DIFFRACTION100
2.7462-3.02240.20841360.18132603X-RAY DIFFRACTION100
3.0224-3.45930.18531450.17852582X-RAY DIFFRACTION100
3.4593-4.35680.17711400.15592546X-RAY DIFFRACTION97
4.3568-33.09230.1547950.17192366X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.2069 Å / Origin y: 13.6842 Å / Origin z: -15.9123 Å
111213212223313233
T0.1268 Å20.003 Å2-0.0062 Å2-0.1208 Å2-0.0034 Å2--0.1456 Å2
L0.092 °20.0591 °2-0.0577 °2-0.0021 °2-0.0343 °2--0.7125 °2
S-0.0129 Å °-0.0081 Å °0.0083 Å °-0.0039 Å °-0.0068 Å °0.0065 Å °0.0281 Å °0.0091 Å °0.0192 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 165
2X-RAY DIFFRACTION1allB-1 - 164
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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