PDB-3lfh: Crystal structure of manxA from Thermoanaerobacter tengcongensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lfh

タイトル

Crystal structure of manxA from Thermoanaerobacter tengcongensis

要素

Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

キーワード

TRANSFERASE / manxA / PTS

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.805 Å

データ登録者

Fu, T.M. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of manxA and manxB from Thermoanaerobacter tengcongensis
著者: Fu, T.M. / Su, X.-D.

履歴

登録	2010年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lfh.cif.gz	167 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lfh.ent.gz	132.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lfh_validation.pdf.gz	463.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lfh_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	3lfh_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	3lfh_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lfjC 1pdoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4aw5-d 6nsi-d 6in0-d 4tyi-d 5n9s-d 4y6l-2 1uu3-d 5x1s-d 7clh-d 5xkp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

B: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

C: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

D: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

E: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

F: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

97.2 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

B: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

D: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

F: Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.162, 106.018, 70.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA / manxA 分子量: 16205.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) 株: MB4T / 遺伝子: manxA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RD55
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA / manxA

分子量: 16205.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4T / 遺伝子: manxA / プラスミド: pET21b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RD55

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 45% PPG P400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 69004 / Num. obs: 68659 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.83 Å² / R_sym value: 0.093
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Num. unique all: 3450 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1pdo

1pdo

解像度: 1.805→40.945 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.846 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	3472	5.06 %
R_work	0.1815	65141	-
obs	0.1834	68613	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 71.762 Å² / k_sol: 0.365 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.84 Å² / B_iso mean: 37.123 Å² / B_iso min: 18.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.448 Å²	0 Å²	-8.856 Å²
2-	-	-0.127 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.575 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.805→40.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5992	0	0	418	6410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	8277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.571	2239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8051-1.8299	0.262	105	0.2148	2384	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8299-1.856	0.27	152	0.2186	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.856-1.8837	0.2876	130	0.2045	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8837-1.9132	0.2192	155	0.194	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9132-1.9445	0.2773	128	0.1841	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9445-1.9781	0.2528	151	0.1981	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9781-2.014	0.2546	144	0.192	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.014-2.0528	0.2157	134	0.1876	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0528-2.0947	0.227	127	0.1829	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0947-2.1402	0.2398	149	0.191	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1402-2.19	0.2518	142	0.1814	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.2447	0.2198	126	0.1802	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2447-2.3054	0.2196	136	0.1795	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3054-2.3733	0.2305	138	0.1857	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3733-2.4499	0.2709	152	0.1977	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4499-2.5374	0.2662	152	0.1933	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5374-2.639	0.2256	140	0.1829	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.639-2.7591	0.2582	130	0.1865	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7591-2.9045	0.2292	153	0.1964	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9045-3.0864	0.2075	122	0.1915	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0864-3.3246	0.2017	146	0.186	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3246-3.659	0.2233	158	0.1692	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.659-4.188	0.1841	130	0.1573	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
4.188-5.2747	0.1809	147	0.1516	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2747-40.9559	0.2038	125	0.1954	2444	X-RAY DIFFRACTION	91

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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