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- PDB-3le5: Crystal structure of HPr dimer from Thermoanaerobacter tengcongensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3le5
タイトルCrystal structure of HPr dimer from Thermoanaerobacter tengcongensis
要素Phosphotransferase system, HPr-related proteins
キーワードTRANSFERASE / PTS HPr phosphotransfer / Kinase / Phosphotransferase system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fu, T.M. / Su, X.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Dimerization of HPr by reversible domain swapping
著者: Fu, T.M. / Su, X.D.
履歴
登録2010年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotransferase system, HPr-related proteins
B: Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3822
ポリマ－21,3822
非ポリマー00
水1,69394
1
A: Phosphotransferase system, HPr-related proteins

A: Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3822
ポリマ－21,3822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area8430 Å2
手法PISA
2
B: Phosphotransferase system, HPr-related proteins

B: Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3822
ポリマ－21,3822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area8280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.090, 76.090, 92.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-161-

HOH

21B-97-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量: 10691.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4T / 遺伝子: FruB, TTE1820 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R910
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M MgCl2, 0.1M HEPES pH7.5, 30% PEG MME550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,k,-l / Fraction: 0.507
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 17800 / Num. obs: 17747 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.045
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.4 % / Num. unique all: 1762 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MU4

1mu4


解像度: 2→38.045 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 900 5.08 %
Rwork0.2151 --
obs0.2171 17720 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 109.64 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.068 Å20 Å2-0 Å2
2--0.068 Å20 Å2
3----0.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1290 0 0 94 1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9311749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.133475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.08030.3537930.35941892X-RAY DIFFRACTION98
2.0803-2.1750.40261070.35771841X-RAY DIFFRACTION98
2.175-2.28960.3132930.3611884X-RAY DIFFRACTION98
2.2896-2.43310.3918930.37811884X-RAY DIFFRACTION98
2.4331-2.62090.45781170.34571852X-RAY DIFFRACTION98
2.6209-2.88450.431990.33371840X-RAY DIFFRACTION98
2.8845-3.30170.27241010.25771890X-RAY DIFFRACTION98
3.3017-4.1590.1772980.16431883X-RAY DIFFRACTION98
4.159-38.05190.184980.12811855X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.4182 Å / Origin y: 18.9745 Å / Origin z: 22.5664 Å
111213212223313233
T0.3889 Å20.0104 Å2-0.0069 Å2-0.3729 Å2-0.0156 Å2--0.3879 Å2
L0.0632 °2-0.0086 °2-0.0286 °2-0.0563 °2-0.2299 °2--0.0323 °2
S0.0605 Å °0.0003 Å °-0.0155 Å °-0.0168 Å °-0.0146 Å °0.0327 Å °-0.0238 Å °0.0984 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 87
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 87
3X-RAY DIFFRACTION1allA97 - 164
4X-RAY DIFFRACTION1allB97 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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