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万見
- PDB-1mu4: CRYSTAL STRUCTURE AT 1.8 ANGSTROMS OF THE BACILLUS SUBTILIS CATAB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mu4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AT 1.8 ANGSTROMS OF THE BACILLUS SUBTILIS CATABOLITE REPRESSION HISTIDINE CONTAINING PROTEIN (CRH)
要素HPr-like protein crh
キーワードTRANSPORT PROTEIN / OPEN-FACED B-SANDWICH / PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / SWAPPING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HPr-like protein Crh
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Juy, M.R. / Haser, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Dimerization of Crh by reversible 3D Domain Swapping Induces Structural Adjustments to its monomeric homologue HPR
著者: Juy, M.R. / Penin, F. / Favier, A. / Galinier, A. / Montserret, R. / Haser, R. / Deutscher, J. / Bockmann, A.
#1: ジャーナル: J.MOL.MICROBIOL.BIOTECHNOL. / 年: 2001
タイトル: Evidence for a Dimerisation State of the Bacillus Subtilis Catabolite Repression Hpr-Like Protein, Crh
著者: Penin, F. / Favier, A. / Montserret, R. / Brutscher, B. / Deutscher, J. / Marion, D. / Galinier, D.
履歴
登録2002年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HPr-like protein crh
B: HPr-like protein crh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4445
ポリマ－19,1562
非ポリマー2883
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
2
A: HPr-like protein crh
B: HPr-like protein crh
ヘテロ分子

A: HPr-like protein crh
B: HPr-like protein crh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,88810
ポリマ－38,3124
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_756-x+2,y,-z+11
Buried area11430 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.850, 68.850, 119.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 HPr-like protein crh / Catabolite repression HPr


分子量: 9577.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06976
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, peg 1000,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1reservoir
32 %(v/v)PEG10001reservoir
420 mM1reservoirpH6.5NH4HCO3
520 mM1dropNH4HCO3

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月8日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.85 Å / Num. all: 27502 / Num. obs: 27502 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2112 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 27478
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1MO1

1mo1


解像度: 1.8→29.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1664964.41 / Data cutoff high rms absF: 1664964.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 1342 4.9 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.196 27478 --
obs0.179 27441 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.8 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 15 122 1467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.912.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 218 4.9 %
Rwork0.214 4274 -
obs-4274 100 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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