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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3le1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apoHPr monomer from Thermoanaerobacter tengcongensis | ||||||
要素 | Phosphotransferase system, HPr-related proteinsPEP group translocation | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HPr PTS phosphotransfer / Kinase (キナーゼ) / Phosphotransferase system | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.513 Å | ||||||
データ登録者 | Fu, T.M. / Su, X.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Dimerization of HPr by reversible domain swapping. 著者: Fu, T.M. / Su, X.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3le1.cif.gz | 78.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3le1.ent.gz | 59.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3le1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3le1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3le1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9620.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) 株: MB4T / 遺伝子: FruB, TTE1820 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R910 #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 400, 0.1M Na Acetate pH4.6, 0.1M Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9002 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9002 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.489 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. all: 21874 / Num. obs: 21853 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.072 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique all: 1060 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.513→22.042 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.795 Å2 / ksol: 0.418 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.781 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.513→22.042 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.9221 Å / Origin y: 8.0754 Å / Origin z: 10.6194 Å
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精密化 TLSグループ |
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