PDB-3ld9: Crystal structure of thymidylate kinase from Ehrlichia chaffeensi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ld9

タイトル

Crystal structure of thymidylate kinase from Ehrlichia chaffeensis at 2.15A resolution

要素

Thymidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald Biostructures / Ehrlichia chaffeensis / thymidylate kinase / ALS collaborative crystallography / ATP-binding / Kinase / Nucleotide biosynthesis / Nucleotide-binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dTMP kinase / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTMP kinase activity / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Ehrlichia chaffeensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of thymidylate kinase from Ehrlichia chaffeensis.
著者: Leibly, D.J. / Abendroth, J. / Bryan, C.M. / Sankaran, B. / Kelley, A. / Barrett, L.K. / Stewart, L. / Van Voorhis, W.C.

履歴

登録	2010年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ld9.cif.gz	303.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ld9.ent.gz	248.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ld9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ld9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ld9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pbrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ld2-d 6n2b-d 1xle-d 3ofk-d 6o1y-d 4gnx-1 5gvw-1 5hzy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EhchA.01616.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate kinase

B: Thymidylate kinase

C: Thymidylate kinase

D: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.170, 144.820, 146.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	6	A	A	-2 - 53	19 - 74
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	6	B	B	-2 - 53	19 - 74
3	1	PRO	PRO	PHE	PHE	6	C	C	-2 - 53	19 - 74
4	1	PRO	PRO	PHE	PHE	6	D	D	-2 - 53	19 - 74
1	2	ASP	ASP	GLN	GLN	4	A	A	59 - 200	80 - 221
2	2	ASP	ASP	GLN	GLN	4	B	B	59 - 200	80 - 221
3	2	ASP	ASP	GLN	GLN	4	C	C	59 - 200	80 - 221
4	2	ASP	ASP	GLN	GLN	4	D	D	59 - 200	80 - 221

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 25513.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ehrlichia chaffeensis (バクテリア) 株: ARKANSAS / 遺伝子: tmk, ECH_0229 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GHN3, dTMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MD PACT SCREEN G8: 100MM BIS-TRIS-PROPANE PH 7.5, 200MM NA-SULPHATE, 20% PEG 3350; EHCHA.01616.A AT 25.5MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9744 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日 / 詳細: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9774	1
2	0.9744	1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 46727 / Num. obs: 46708 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.84

反射シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PBR MODIFIED WITH CCP4 PROGRAM CHAINSAW

2pbr

解像度: 2.15→46.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.683 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2322	2354	5 %	RANDOM
R_work	0.18656	-	-	-
obs	0.18883	44279	99.97 %	-
all	-	46727	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.523 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5700	0	28	301	6029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5917
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.96	8021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	9541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.192	5	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.035	24.25	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.267	15	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.633	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.71	1.5	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.208	1.5	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.295	2	5859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.112	3	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.36	4.5	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1420	medium positional	0.37	0.5
2	B	1420	medium positional	0.35	0.5
3	C	1420	medium positional	0.41	0.5
4	D	1420	medium positional	0.38	0.5
1	A	658	loose positional	0.34	5
2	B	658	loose positional	0.41	5
3	C	658	loose positional	0.77	5
4	D	658	loose positional	0.42	5
1	A	1420	medium thermal	0.76	2
2	B	1420	medium thermal	0.76	2
3	C	1420	medium thermal	0.87	2
4	D	1420	medium thermal	0.88	2
1	A	658	loose thermal	0.76	10
2	B	658	loose thermal	0.75	10
3	C	658	loose thermal	0.78	10
4	D	658	loose thermal	0.83	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	175	-
R_work	0.205	3227	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.742	0.6103	-0.1595	3.1705	-0.8562	0.7372	-0.1223	0.0726	-0.0281	-0.5656	0.1186	-0.2367	-0.1035	-0.0197	0.0038	0.2309	-0.0299	0.0722	0.0654	-0.0344	0.0834	38.311	9.4955	105.5522
2	0.8212	0.0927	-0.0097	2.9523	0.4802	0.9947	-0.0625	0.0223	-0.0736	0.1067	0.0234	0.0407	0.1359	-0.0981	0.0391	0.0266	-0.0159	0.0244	0.0525	-0.0404	0.0893	26.9225	-21.4252	119.5174
3	1.001	0.5532	-0.0143	3.424	-0.9541	2.5655	0.0924	-0.1571	-0.2398	0.4891	-0.1441	-0.3416	0.4534	0.2384	0.0517	0.2428	0.0318	-0.0928	0.1117	0.0233	0.1438	37.5456	-1.9476	146.5811
4	0.9801	-0.1916	-0.1568	2.0897	0.3265	1.0217	0.0256	0.0891	0.0602	-0.0306	-0.0436	0.0683	-0.101	-0.0898	0.0181	0.0138	0.0042	-0.012	0.086	-0.0248	0.0707	26.8646	28.9106	133.5254

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

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関連情報:EMDBヘッダ

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