[日本語] English
万見
- PDB-3lcp: Crystal structure of the carbohydrate recognition domain of LMAN1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcp
タイトルCrystal structure of the carbohydrate recognition domain of LMAN1 in complex with MCFD2
要素
  • Multiple coagulation factor deficiency protein 2
  • Protein ERGIC-53
キーワードPROTEIN BINDING / ER-GOLGI TRANSPORT / GLYCOPROTEIN SORTING / DISEASE MUTATION / SECRETORY PATHWAY / PROTEIN TRANSPORT / COAGULATION FACTOR DEFICIENCY / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Lectin / Membrane / Polymorphism / Transmembrane / Transport / Calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / RHOC GTPase cycle / Golgi organization ...Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / RHOC GTPase cycle / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / D-mannose binding / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / sarcomere / ER to Golgi transport vesicle membrane / blood coagulation / unfolded protein binding / protein folding / protein transport / : / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Legume-like lectin / : / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Jelly Rolls - #200 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site ...: / Legume-like lectin / : / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Jelly Rolls - #200 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ERGIC-53 / Multiple coagulation factor deficiency protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wigren, E. / Bourhis, J.M. / Kursula, I. / Guy, J.E. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the LMAN1-CRD/MCFD2 transport receptor complex provides insight into combined deficiency of factor V and factor VIII.
著者: Wigren, E. / Bourhis, J.M. / Kursula, I. / Guy, J.E. / Lindqvist, Y.
履歴
登録2010年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein ERGIC-53
B: Protein ERGIC-53
C: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
D: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,51212
ポリマ－75,1914
非ポリマー3218
水1,964109
1
A: Protein ERGIC-53
C: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7566
ポリマ－37,5962
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
2
B: Protein ERGIC-53
D: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7566
ポリマ－37,5962
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.602, 58.602, 396.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F
14G
24H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 300
2111B1 - 300
1121C0 - 250
2121D0 - 250
1131E1 - 50
2131F1 - 50
1141G1 - 50
2141H1 - 50

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Protein ERGIC-53 / ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Lectin mannose-binding 1 / Gp58 / Intracellular ...ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Lectin mannose-binding 1 / Gp58 / Intracellular mannose-specific lectin MR60


分子量: 27094.150 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 32-277, Carbohydrate Recognition Domain
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ERGIC53, F5F8D, LMAN1, LMAN1 (AMINO ACIDS 32-277)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: P49257
#2: タンパク質 Multiple coagulation factor deficiency protein 2 / Neural stem cell-derived neuronal survival protein


分子量: 10501.501 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 58-146, 2 EF-hand domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCFD2, MCFD2 (AMINO ACIDS 58-146), SDNSF / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q8NI22
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 205 PEG6000, 0.1 M Ammonium Chloride 0.1 M Hepes, pH 7., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.732
11-H-K, K, -L20.268
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 28026 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.301

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R1Z

1r1z


解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 7.983 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24726 1426 5.1 %RANDOM
Rwork0.19626 ---
obs0.19878 26465 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.544 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.43 Å20 Å20 Å2
2--6.43 Å20 Å2
3----12.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4771 0 8 109 4888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.9336643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5245599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09324.942259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.87915766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6441522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7941.52995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45824798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18931903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4844.51845
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1839TIGHT POSITIONAL0.120.05
1A1839TIGHT THERMAL0.130.5
2C542TIGHT POSITIONAL0.10.05
2C542TIGHT THERMAL0.120.5
3A18TIGHT POSITIONAL0.110.05
3A18TIGHT THERMAL0.220.5
4C4TIGHT POSITIONAL0.040.05
4C4TIGHT THERMAL0.190.5
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.511 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 87 -
Rwork0.261 1672 -
obs--85.6 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る