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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lc6 | ||||||
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タイトル | The alternative conformation structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase from E. Coli | ||||||
![]() | Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HYDROLASE / KINASE PHOSPHATASE / ATP-BINDING / GLYOXYLATE BYPASS / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN PHOSPHATASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glyoxylate cycle / AMP binding / phosphoprotein phosphatase activity / tricarboxylic acid cycle / glucose metabolic process / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity ...[isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glyoxylate cycle / AMP binding / phosphoprotein phosphatase activity / tricarboxylic acid cycle / glucose metabolic process / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zheng, J. / Jia, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase. 著者: Zheng, J. / Jia, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67823.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: B5Z0A8, UniProt: Q8X607*PLUS, [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-AMP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 6.8 詳細: 12% PEG 8000, 0.001M calcium chloride, 0.2M magnesium chloride, 0.1M MES 15% Glycerol, 0.002M DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→10 Å / Num. obs: 27965 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.16 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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