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万見
- PDB-3laq: Structure-based engineering of species selectivity in the uPA-uPA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3laq
タイトルStructure-based engineering of species selectivity in the uPA-uPAR interaction
要素
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor
  • Urokinase-type plasminogen activator
キーワードHydrolase/Hydrolase Receptor / uPA / uPAR / ATF / suPAR / smuPAR / mATF / Disulfide bond / EGF-like domain / Hydrolase / Kringle / Plasminogen activation / Protease / Secreted / Serine protease / Zymogen / Cell membrane / Glycoprotein / GPI-anchor / Lipoprotein / Membrane / Receptor / Hydrolase-Hydrolase Receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Attachment of GPI anchor to uPAR / Dissolution of Fibrin Clot / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation ...Attachment of GPI anchor to uPAR / Dissolution of Fibrin Clot / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / smooth muscle cell migration / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / plasminogen activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / Neutrophil degranulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Laminin / Laminin / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase-type plasminogen activator / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Huang, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-based engineering of species selectivity in the interaction between urokinase and its receptor: implication for preclinical cancer therapy.
著者: Lin, L. / Gardsvoll, H. / Huai, Q. / Huang, M. / Ploug, M.
履歴
登録2010年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
B: Urokinase-type plasminogen activator
V: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,55014
ポリマ－90,3374
非ポリマー2,21210
水00
1
A: Urokinase-type plasminogen activator
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2757
ポリマ－45,1692
非ポリマー1,1065
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
2
B: Urokinase-type plasminogen activator
V: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2757
ポリマ－45,1692
非ポリマー1,1065
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.421, 137.248, 65.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type ...U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type plasminogen activator short chain A / Urokinase-type plasminogen activator chain B


分子量: 14997.969 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plau / プラスミド: pMT / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 株 (発現宿主): S2 cells / 参照: UniProt: P06869, u-plasminogen activator
#2: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / uPAR / U-PAR


分子量: 30170.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plaur / プラスミド: pMT / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 株 (発現宿主): S2 cells / 参照: UniProt: P35456
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 5-7 % (w/v) PEG 3350, 50 mM Bis-Tris at pH 5.5., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 17190 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.2→3.21 Å / % possible all: 54.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→44.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.771 / SU B: 70.075 / SU ML: 0.577 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.715 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.341 853 5.3 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.237 15297 93.3 %-
all-14272 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20 Å2-0.77 Å2
2---2.84 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5895 0 140 0 6035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0216203
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.81.9678419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.275758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.79423.741294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.30115984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2171552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5471.53803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1226108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73932400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0924.52311
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 48 -
Rwork0.256 760 -
obs--63.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41040.1777-0.31563.9989-0.55023.687-0.08790.1515-0.1565-0.37060.0181-0.23430.26970.11550.06980.1706-0.01460.05150.1635-0.08240.061821.322-3.06714.917
25.4312-0.76271.67685.4130.10417.04630.0236-0.64080.67190.60280.13420.269-0.6398-0.1852-0.15780.15850.0120.09830.0829-0.06860.14116.5641.98742.273
33.03150.76740.71123.3545-0.87332.31650.2566-0.0129-0.36420.205-0.185-0.39090.15740.263-0.07160.18150.102-0.02170.11170.00320.125437.16430.25832.406
43.2279-0.86020.12985.8826-3.92710.1037-0.1535-0.00560.4157-0.09460.29411.0512-0.7888-1.1924-0.14060.21750.0648-0.10620.1676-0.03420.35089.94437.36517.942
57.8211-1.1741-2.201911.06192.62075.0973-0.52670.08510.37430.21990.2665-1.2302-0.28051.33710.26020.7211-0.2960.32030.77760.01720.542541.2285.0533.956
65.5129-1.82222.041210.4136-0.16088.4932-0.2303-0.39840.02330.2414-0.31990.1398-1.26010.40780.55010.6272-0.107-0.20940.21540.0230.414548.40937.98352.253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 47
2X-RAY DIFFRACTION1U1 - 184
3X-RAY DIFFRACTION2A48 - 131
4X-RAY DIFFRACTION3B11 - 47
5X-RAY DIFFRACTION3V1 - 184
6X-RAY DIFFRACTION4B48 - 131
7X-RAY DIFFRACTION5U185 - 274
8X-RAY DIFFRACTION6V185 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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