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- PDB-3l9u: Crystal Structure of Salmonella enterica serovar Typhimurium DsbL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9u
タイトルCrystal Structure of Salmonella enterica serovar Typhimurium DsbL
要素Disulfide isomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin-fold / DsbL / thiol-disulfide oxidoreductase / Isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / isomerase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulfide interchange protein DsbL / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein DsbL / Thiol:disulfide interchange protein DsbL
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.568 Å
データ登録者Heras, B. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Guncar, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterization of three DsbA paralogues from Salmonella enterica serovar typhimurium
著者: Heras, B. / Totsika, M. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Guncar, G. / Achard, M.E.S. / Wells, T.J. / Argente, M.P. / McEwan, A.G. / Schembri, M.A.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disulfide isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2261
ポリマ－22,2261
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.582, 46.593, 60.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-288-

HOH

21A-298-

HOH

31A-300-

HOH

41A-427-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Disulfide isomerase / Thiol:disulfide interchange protein DsbL


分子量: 22226.443 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-223 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: dsbL, STM3193 / プラスミド: pETLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)/plyss
参照: UniProt: E1WHY0, UniProt: Q8ZLZ0*PLUS, protein disulfide-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 % / Mosaicity: 0.418 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 2.6-3.4 M sodium malonate pH 7.0 -7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.956667 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956667 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.568→50 Å / Num. all: 34491 / Num. obs: 34491 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 4.12 / Num. unique all: 1693 / Χ2: 0.92 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-IceGUI interface to EPICS controlデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C7M

3c7m


解像度: 1.568→28.404 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.903 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1745 5.07 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.152 34491 --
obs0.152 34443 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.469 Å2 / ksol: 0.413 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 58.83 Å2 / Biso mean: 19.668 Å2 / Biso min: 7.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.903 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.867 Å20 Å2
3----5.036 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.568→28.404 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1553 0 0 299 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9442245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.42603
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.568-1.6240.2171550.13932053360320599
1.624-1.6890.1651800.131321133913211100
1.689-1.7660.1941740.129323334073233100
1.766-1.8590.1751700.126323234023232100
1.859-1.9760.1621760.125322534013225100
1.976-2.1280.1761850.126326334483263100
2.128-2.3420.1641530.133328434373284100
2.342-2.6810.1921800.16327234523272100
2.681-3.3770.2091960.159331035063310100
3.377-28.4090.1561760.14834633639346399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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