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- PDB-3l9v: Crystal Structure of Salmonella enterica serovar Typhimurium SrgA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9v
タイトルCrystal Structure of Salmonella enterica serovar Typhimurium SrgA
要素Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin-fold / SrgA / thiol-disulfide oxidoreductase / Isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thioredoxin-like superfamily ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Heras, B. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Guncar, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterization of three DsbA paralogues from Salmonella enterica serovar typhimurium
著者: Heras, B. / Totsika, M. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Guncar, G. / Achard, M.E.S. / Wells, T.J. / Argente, M.P. / McEwan, A.G. / Schembri, M.A.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
B: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
C: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
D: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
E: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7049
ポリマ－107,4025
非ポリマー1,3024
水11,259625
1
A: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8512
ポリマ－21,4801
非ポリマー3701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4801
ポリマ－21,4801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1293
ポリマ－21,4801
非ポリマー6492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4801
ポリマ－21,4801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7632
ポリマ－21,4801
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.445, 80.441, 104.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin / Thiol:disulfide interchange protein dsbA-like / ORF1 / pefB / pefA / pefC / pefD / ORF5 / ORF6 / ...Thiol:disulfide interchange protein dsbA-like / ORF1 / pefB / pefA / pefC / pefD / ORF5 / ORF6 / pefI / ORF7 / ORF8 / ORF9 / rck / ORF11 / 's / 13900 base-pairs / SdiA-regulated gene / putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin


分子量: 21480.438 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 32-217 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SL1344 / 遺伝子: PSLT011, srgA / プラスミド: pETLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)/plyss / 参照: UniProt: Q04815*PLUS, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#3: 化合物 ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE ENTITY 100% MATCHES WITH DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT Q04612 (ORF3_HEVMY), UNP ...THE SEQUENCE OF THE ENTITY 100% MATCHES WITH DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT Q04612 (ORF3_HEVMY), UNP RESIDUES 32-217, BUT HAS THE DIFFERENT STRAIN OF SOURCE. THE N-TERMINAL RESIDUES SER-ASN-ALA BELONG TO EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.45M sodium malonate, 0.5% (w/v) Jeffamine ED-2001, 100mM HEPES pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956661 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double Si with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956661 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 67898 / Num. obs: 67898 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 38.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.63 / Num. unique all: 3314 / Χ2: 1.1 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-IceGUI interface to EPICS controlデータ収集
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.151→36.477 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.799 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3433 5.06 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.2153 67898 --
obs0.215 67882 98.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.446 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 183.54 Å2 / Biso mean: 48.594 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.232 Å20 Å21.424 Å2
2--1.99 Å2-0 Å2
3----4.222 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.151→36.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7170 0 88 625 7883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06910233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071092
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3772781
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.151-2.2280.3443260.2556262658896
2.228-2.3170.2923310.2386414674597
2.317-2.4230.2993300.2386377670798
2.423-2.550.3093340.2326398673298
2.55-2.710.2983840.2266400678498
2.71-2.9190.2753200.2256484680498
2.919-3.2130.2693770.2216456683399
3.213-3.6770.2513430.1916492683599
3.677-4.6320.2143220.1716586690899
4.632-36.4820.2513660.2186580694698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2791-0.2470.54310.1671-0.38430.79180.38650.2413-0.3934-0.7253-0.0693-0.26481.3497-0.2719-0.00020.89190.16480.05540.59150.17940.54610.1665.7471-4.5108
20.95680.3220.56180.282-0.41861.8730.36691.15840.3525-0.0703-0.2309-0.30380.06380.38650.00830.76620.18530.07190.86810.13330.487213.145573.0693-9.3377
31.86-2.33821.44153.4704-2.50452.03290.98281.01681.1454-1.0712-0.1847-0.63210.72190.52060.36540.55730.13460.14531.36640.01990.978520.511277.1625-16.5566
4-0.00210.00510.00340.02620.0049-0.0025-0.75750.89380.13390.51660.36460.7372-0.9373-0.36520.00221.49380.3346-0.03340.62750.07370.283312.673581.1419-14.4283
54.70213.61892.13783.34092.71753.56990.2672-0.0775-0.418-0.9401-1.2384-0.0570.1818-0.0106-0.74070.86350.29240.06830.5350.16590.41334.216182.6916-19.8984
62.3003-4.3246-1.01318.45711.83820.4585-0.08720.3471-0.1531-1.5647-0.4030.3541-0.18590.817-0.1790.51570.1120.08090.7890.32530.17415.81882.7466-24.3635
70.1137-0.1179-0.00660.11030.0012-0.007-0.97950.39220.368-0.87760.1118-0.35891.16981.2327-0.00141.6490.6284-0.09611.3850.16550.465916.289875.1101-30.5547
80.99370.04311.53030.72290.76322.84180.13470.70170.122-0.5254-0.27590.29050.27740.83870.03280.69410.29930.00730.83550.08870.552911.64662.6011-8.8392
90.0132-0.03940.00750.12450.0230.0291-0.82610.63090.62740.2236-0.21861.21960.35080.6422-0.00011.3327-0.4816-0.14171.03740.25380.69283.331874.323510.1403
100.1999-0.31750.01530.3057-0.045-0.00450.19231.03340.24390.3007-1.06090.0302-0.48450.51830.00030.6642-0.0166-0.04130.48590.04610.56613.631773.03948.2789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain E and resid 5:30)E5 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2(chain E and resid 31:77)E31 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3(chain E and resid 78:82)E78 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4(chain E and resid 83:88)E83 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 89:106)E89 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6(chain E and resid 107:114)E107 - 114
7X-RAY DIFFRACTION7(chain E and resid 115:125)E115 - 125
8X-RAY DIFFRACTION8(chain E and resid 126:160)E126 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9(chain E and resid 161:166)E161 - 166
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 167:185)E167 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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