PDB-3l9b: Crystal Structure of Rat Otoferlin C2A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l9b

タイトル

Crystal Structure of Rat Otoferlin C2A

要素

Otoferlin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

Otoferlin / C2-domain / beta-sheets /

Cell membrane (細胞膜) /

Synaptic vesicle (シナプス小胞) /

Hearing (聴覚) /

Membrane (生体膜) /

Synapse (シナプス) /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

AP-2 adaptor complex binding / plasma membrane organization / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / basal part of cell / synaptic vesicle priming / cochlea development / synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone membrane / cell projection / sensory perception of sound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Helfmann, S. / Neumann, P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of the C2A domain of otoferlin reveals an unconventional top loop region.
著者: Helfmann, S. / Neumann, P. / Tittmann, K. / Moser, T. / Ficner, R. / Reisinger, E.

履歴

登録	2010年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l9b.cif.gz	70.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l9b.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dsyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6d3n-d 5tck-1 2yz1-2 5h4z-1 4kg9-d 6in2-d 5u2j-1 6btz-2 5nu5-2 5u2j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Otoferlin

ヘテロ分子

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.300, 100.300, 30.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-125- MG
2	1	A-242- HOH
3	1	A-248- HOH

#1: タンパク質	Otoferlin / / Fer-1-like protein 2 分子量: 16412.512 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fer1l2, Otof / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ERC5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月13日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 10992 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.01 % / B_iso Wilson estimate: 31.179 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15.03
反射シェル	解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 2.93 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 4473 / Num. unique all: 4473 / Num. unique obs: 1522 / R_sym value: 0.577 / % possible all: 99.3

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 57.08 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.6 Å	24.83 Å
Translation	2.6 Å	24.83 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DSY

1dsy

解像度: 1.95→24.937 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.829 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Refinement in phenix.refine using automatic procedure to determine the weights between X-ray target and stereochemistry/ADP restraints, mask optimisation

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	551	5.01 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
all	0.3451	-	-	-
obs	0.183	10990	98.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.363 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.32 Å² / B_iso mean: 32.871 Å² / B_iso min: 12.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.227 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.227 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.454 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.29 Å	0.26 Å
Luzzati d res low	-	8 Å
Luzzati sigma a	0.27 Å	1.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1015	0	1	143	1159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1059
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	1434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	167
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.992	392

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-2.146	0.3	138	0.236	2598	2736	99
2.146-2.457	0.254	135	0.203	2576	2711	99
2.457-3.094	0.252	138	0.183	2615	2753	99
3.094-24.939	0.196	140	0.159	2650	2790	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.4466 Å / Origin y: -3.1639 Å / Origin z: -1.4974 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1643 Å²	-0.0174 Å²	-0.0434 Å²	-	0.1096 Å²	0.0088 Å²	-	-	0.1526 Å²
L	2.0604 °²	0.8731 °²	-0.4101 °²	-	1.5969 °²	0.0373 °²	-	-	1.6557 °²
S	-0.0395 Å °	0.0495 Å °	0.1597 Å °	-0.1033 Å °	-0.0182 Å °	0.1978 Å °	-0.2324 Å °	0.0137 Å °	0.0604 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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