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- PDB-3l8i: Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8i
タイトルCrystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity
要素Programmed cell death protein 10
キーワードPROTEIN BINDING / cerebral cavernous malformation / FAT domain / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of intracellular protein transport / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells ...intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / Golgi reassembly / endothelium development / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of intracellular protein transport / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of cells / positive regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of angiogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / angiogenesis / protein stabilization / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1950 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1950 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 - #70 / Programmed cell death protein 10 / Programmed cell death protein 10, C-terminal / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, X. / Zhang, R. / Zhang, H. / He, Y. / Ji, W. / Min, W. / Boggon, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity.
著者: Li, X. / Zhang, R. / Zhang, H. / He, Y. / Ji, W. / Min, W. / Boggon, T.J.
履歴
登録2009年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 10
B: Programmed cell death protein 10
C: Programmed cell death protein 10
D: Programmed cell death protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7234
ポリマ－99,7234
非ポリマー00
水1,26170
1
A: Programmed cell death protein 10
B: Programmed cell death protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8622
ポリマ－49,8622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
2
C: Programmed cell death protein 10
D: Programmed cell death protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8622
ポリマ－49,8622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22810 Å2
手法PISA
3
A: Programmed cell death protein 10
B: Programmed cell death protein 10

C: Programmed cell death protein 10
D: Programmed cell death protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7234
ポリマ－99,7234
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area10750 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area41600 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area42240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.083, 116.008, 123.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Programmed cell death protein 10 / TF-1 cell apoptosis-related protein 15 / Cerebral cavernous malformations 3 protein


分子量: 24930.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD10, CCM3, TFAR15 / プラスミド: modified pET-32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9BUL8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M potassium fluoride, 13% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9551 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9551 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 32150 / Num. obs: 31805 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3069 / Rsym value: 0.661

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 28.888 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.859 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28841 1600 5.1 %RANDOM
Rwork0.22932 ---
obs0.23232 30022 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.45 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---1.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6655 0 0 70 6725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1061.9719087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8085810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.6225.046329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.794151351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3471541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4171.54082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80126640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20632674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9884.52447
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 101 -
Rwork0.302 2168 -
obs--97.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7908-0.2169-0.90235.26550.13587.6218-0.03560.3504-0.4168-0.0104-0.0619-0.1130.07660.48470.09750.01850.0198-0.02190.17830.02610.1713-10.14845.075-36.9522
27.45272.2548-1.81443.0884-1.44617.4281-0.26370.5965-1.0302-0.20020.0873-0.27060.60320.15360.17640.08560.06240.03090.1792-0.03050.374-22.95080.7727-38.1812
37.26610.6886-0.98675.218-1.16651.06980.1101-0.4641-0.58510.4069-0.1213-0.170.09710.00880.01120.1443-0.0377-0.09510.20040.0640.20282.80396.9987-26.9167
47.8432-1.50290.91794.61561.25269.467-0.0927-0.6755-0.51960.22920.05590.10020.215-0.57670.03680.0662-0.0211-0.02440.15530.03780.217217.9213.6926-25.9071
51.2845-0.0448-0.29840.336-0.00780.4022-0.0726-0.0177-0.08240.00540.0454-0.08570.17550.07160.02720.4940.029-0.01870.46450.00940.5394-1.9089.1716-32.1548
62.7375-2.72081.40443.5088-4.052811.68-0.1746-0.57770.09430.2780.2334-0.0322-0.16570.3936-0.05880.2183-0.0756-0.12620.3541-0.07530.1859-29.41745.7586-10.0846
75.19680.23881.86876.6401-4.49559.0788-0.08190.83810.4253-0.93580.27660.5169-0.1192-0.4233-0.19470.41210.0567-0.07630.24030.17730.3186-11.946829.6184-52.2938
85.41511.9379-0.4957.14942.561710.6711-0.28880.8912-0.663-0.20620.4334-0.19161.4994-0.5809-0.14460.2612-0.1456-0.00780.3012-0.0860.148524.9917-5.8458-53.4451
93.4892-0.16480.59367.43411.28849.51840.2454-0.49580.37211.00570.32430.0584-1.1210.5364-0.56970.5212-0.12420.18190.1316-0.09430.31767.049633.8455-24.4372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5C - D300 - 369
6X-RAY DIFFRACTION6A70 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7B70 - 210
8X-RAY DIFFRACTION8C70 - 210
9X-RAY DIFFRACTION9D70 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る