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- PDB-3l7z: Crystal structure of the S. solfataricus archaeal exosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l7z
タイトルCrystal structure of the S. solfataricus archaeal exosome
要素
  • Probable exosome complex RNA-binding protein 1
  • Probable exosome complex exonuclease 1
  • Probable exosome complex exonuclease 2
キーワードhydrolase/RNA binding protein / Exosome / asymmetry / RNA processing / RNA degradation / conformation flexibility / thermal motion / hydrolase-RNA binding protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA catabolic process ...CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / gene expression / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Exosome RNA binding protein RRP4 N-terminal domain / Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / GHMP Kinase, N-terminal domain / : ...: / Exosome RNA binding protein RRP4 N-terminal domain / Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / : / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Lu, C. / Ding, F. / Ke, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the S. solfataricus archaeal exosome reveals conformational flexibility in the RNA-binding ring.
著者: Lu, C. / Ding, F. / Ke, A.
履歴
登録2009年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable exosome complex exonuclease 2
B: Probable exosome complex exonuclease 1
C: Probable exosome complex RNA-binding protein 1
D: Probable exosome complex exonuclease 2
E: Probable exosome complex exonuclease 1
F: Probable exosome complex RNA-binding protein 1
G: Probable exosome complex exonuclease 2
H: Probable exosome complex exonuclease 1
I: Probable exosome complex RNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,37512
ポリマ－255,0879
非ポリマー2883
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31120 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area81970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.122, 145.484, 97.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Probable exosome complex exonuclease 2


分子量: 29803.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: C20_023, Rrp41/42/4, SSO0732 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Probable exosome complex exonuclease 1


分子量: 27195.432 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO0735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: タンパク質 Probable exosome complex RNA-binding protein 1


分子量: 28030.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: C20_026, SSO0736 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UXC4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 200 mM Mg(Ac)2, and 25 mM (NH4)2SO4), pH 8.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.41→50 Å / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Χ2: 1.549 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.111.90.47427751.222172.8
3.11-3.2320.3632030.339183.7
3.23-3.382.20.32433130.413185.9
3.38-3.562.30.45133463.987187.3
3.56-3.782.60.334941.339189.8
3.78-4.072.90.35535754.55193.5
4.07-4.483.40.15137550.839197.3
4.48-5.133.50.13637221.159196.5
5.13-6.463.60.12438040.805198.2
6.46-504.10.07438851.218198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 34.87 / SU ML: 0.347 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.705 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 7505 10.1 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.266 74262 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 197.14 Å2 / Biso mean: 56.59 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-1.47 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16378 0 15 0 16393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02216701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.99322659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.52352113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.39724.678667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.658152966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7941599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2210.22668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8951.510620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.756217204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9136081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3234.55455
LS精密化 シェル解像度: 2.413→2.475 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 332 -
Rwork0.371 3051 -
all-3383 -
obs--58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0298-0.38080.16681.0343-0.26470.53550.0787-0.0101-0.13770.0342-0.0974-0.01490.0446-0.12310.0187-0.0091-0.0850.0007-0.01420.01210.014118.7597-14.688714.128
20.99340.36480.12630.9860.49740.33690.1178-0.16510.08380.0937-0.22320.19560.0498-0.00590.1054-0.0595-0.08940.05320.0418-0.0136-0.00069.64764.306428.7766
33.54021.47860.17872.4817-0.37490.30290.1583-0.16420.2090.0862-0.16940.3973-0.25770.02050.01110.02280.0198-0.0476-0.10490.03730.051614.687636.057220.7018
40.84170.0506-0.74571.24640.69981.3604-0.0475-0.08790.01240.22670.1882-0.26630.21110.1553-0.1407-0.04770.049-0.1202-0.0248-0.02660.066966.1425-4.140924.7637
51.332-0.30470.58130.72220.16150.97670.0020.0136-0.17830.09540.0033-0.1540.0383-0.0819-0.0053-0.0513-0.0161-0.0135-0.0945-0.02170.08850.9561-14.83127.4732
61.3532-0.4485-0.05820.9694-0.03560.3217-0.01240.1387-0.0167-0.141-0.07840.0434-0.0893-0.0050.0909-0.03670.0079-0.049-0.0731-0.00840.024433.63283.8535-15.1205
71.19820.82740.42341.87860.11851.20450.1861-0.23090.14530.2041-0.25920.08960.2024-0.22460.07310.0244-0.13810.05010.0936-0.0441-0.152129.775315.278650.6905
81.11150.1745-0.05420.585-0.40792.88280.1082-0.06510.00030.08550.0085-0.0845-0.03140.1253-0.11670.0501-0.0872-0.0273-0.0165-0.0175-0.111955.244818.552545.9247
91.8787-0.2018-0.50230.935-0.71140.77560.56030.27450.26380.0113-0.26140.0051-0.07760.3673-0.29890.0741-0.07250.0747-0.07410.0822-0.148365.485834.125518.9593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 271
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6F10 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 270
8X-RAY DIFFRACTION8H5 - 238
9X-RAY DIFFRACTION9I8 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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