PDB-3l7k: Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N + CDPG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l7k

タイトル

Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N + CDPG (15 minute soak)

要素

Teichoic acid biosynthesis protein F

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / GT-B fold / monotopic membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Strynadka, N.C.J. / Lovering, A.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the bacterial teichoic acid polymerase TagF provides insights into membrane association and catalysis.
著者: Lovering, A.L. / Lin, L.Y. / Sewell, E.W. / Spreter, T. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2009年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l7k.cif.gz	711.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l7k.ent.gz	587 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l7k_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l7k_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3l7k_validation.xml.gz	63.6 KB	表示
CIF形式データ	3l7k_validation.cif.gz	84.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l7iSC 3l7jC 3l7lC 3l7mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l7l-d 3l7i-d 3l7j-d 3l7m-d 6kdy-d 6epz-d 6eq8-d 4uoo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Teichoic acid biosynthesis protein F

B: Teichoic acid biosynthesis protein F

C: Teichoic acid biosynthesis protein F

D: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

351 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Teichoic acid biosynthesis protein F

B: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Teichoic acid biosynthesis protein F

D: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	222.040, 222.040, 100.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Teichoic acid biosynthesis protein F 分子量: 87011.102 Da / 分子数: 4 / 断片: TagF / 変異: H444N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: RP62A / 遺伝子: SERP1960, tagF / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HLM5

#1: タンパク質

Teichoic acid biosynthesis protein F

分子量: 87011.102 Da / 分子数: 4 / 断片: TagF / 変異: H444N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: RP62A / 遺伝子: SERP1960, tagF / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HLM5

-
非ポリマー , 6種, 40分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA 分子量: 292.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₈
#5: 化合物	ChemComp-C2G / [CYTIDINE-5'-PHOSPHATE] GLYCERYLPHOSPHORIC ACID ESTER / CYTIDINE 5'-DIPHOSPHOGLYCEROL / シチジン二りん酸グリセロ-ル分子量: 477.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁N₃O₁₃P₂
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日
放射	モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 353235 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 353235 / R_sym value: 0.62 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3L7I

3l7i

解像度: 3.1→19.857 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2518	2285	4.99 %	random
R_work	0.1896	-	-	-
obs	0.1927	45754	99.32 %	-
all	-	353235	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.631 Å² / k_sol: 0.267 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.857 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13709	0	126	8	13843

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	19129
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.391	5273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1944
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2451

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1001-3.1672	0.3539	135	0.3258	2583	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1672-3.2406	0.3706	136	0.3032	2570	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2406-3.3213	0.313	140	0.2799	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3213-3.4106	0.2992	142	0.2639	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4106-3.5105	0.3084	142	0.2522	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5105-3.6231	0.3219	143	0.225	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6231-3.7518	0.2523	143	0.2105	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7518-3.9009	0.3049	141	0.1972	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9009-4.077	0.2509	143	0.1845	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.077-4.2899	0.2269	142	0.173	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2899-4.5556	0.2213	144	0.1571	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5556-4.9025	0.2103	143	0.1436	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9025-5.3869	0.2271	144	0.1473	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3869-6.146	0.2047	146	0.1515	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
6.146-7.6685	0.2429	149	0.1648	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6685-19.857	0.2008	152	0.1569	2907	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	2.1679	-1.1777	0.1601	0.2578	-0.3437	0.4125	-0.1653	0.1445	0.1721	0.0213	0.0252	-0.2064	-0.2426	-0.036	0.1256	0.8866	0.0035	-0.0589	0.8707	-0.1146	0.8065	-95.3795	80.7081	-14.5218
2		2.9386	0.4952	-0.0526	0.1801	0.8028	-1.5821	0.5582	-0.1078	0.2219	-0.0815	-1.5155	0.243	0.4769	1.3036	0.8856	1.3186	-0.1651	0.0135	2.5448	0.906	1.9733
3		2.1795	-0.6012	0.7197	2.226	-0.6315	2.0418	-0.1178	-0.3082	0.0915	0.3395	0.1607	-0.082	0.0511	-0.1386	-0.0617	0.876	0.0178	0.0401	0.8234	-0.0222	0.7046
4		1.5759	0.2308	0.0396	3.0626	0.0544	0.4219	-0.2164	-0.2576	-0.2491	-0.253	0.3156	0.1851	-0.2076	-0.0206	-0.028	0.8843	0.0535	-0.0608	0.8157	-0.0097	0.6987
5		6.5427	-2.5523	0.8764	8.4823	-3.8954	8.2386	0.5428	-0.4579	0.2773	-0.9773	-2.0841	-2.0785	0.1931	-0.7364	0.8287	1.3354	-0.0243	-0.0691	1.0557	-0.2141	1.272
6		0.6841	-0.5571	-0.2833	1.6696	-0.6055	-0.444	0.1029	-0.8524	-0.241	0.7822	0.2318	0.5719	0.1262	-0.7431	-0.1267	0.864	0.021	0.1093	1.111	-0.051	0.671
7		3.4258	1.9981	0.5316	1.9338	0.7726	1.2451	-0.1703	-0.1053	-0.2885	0.0095	0.0168	-0.3528	0.2277	0.0799	0.1413	0.7789	0.0177	0.0591	0.8509	-0.0397	0.9933
8		8.0015	-5.7409	-3.763	8.8638	-1.3113	2.3161	-1.0104	0.8129	-0.1382	1.5145	-0.5797	0.3207	-0.618	-0.9108	1.3541	1.3102	0.1833	-0.2131	1.705	0.1333	0.8659
9		2.9108	0.0927	-1.1138	1.2676	-0.8237	1.729	-0.0913	0.3252	0.0292	-0.1311	0.0456	-0.1683	0.0832	-0.1932	0.0725	0.8832	-0.0558	-0.0284	0.8957	-0.0644	0.7963
10		0.8161	0.5479	0.1287	5.0736	0.3848	0.511	0.8937	0.4397	1.3034	-0.6416	-0.7983	0.1154	-0.0454	0.0652	-0.166	1.002	-0.071	-0.0547	0.9902	-0.123	1.3926
11		1.901	-0.9987	0.6457	2.2872	0.5526	0.906	-0.5155	0.1869	0.2615	0.4159	0.4129	-0.0214	0.1343	0.165	0.1259	0.9622	-0.0711	0.034	0.8381	0.0023	0.7783
12		-0.1698	0.1292	0.1078	1.4852	0.1522	0.859	0.1018	0.5195	0.076	-0.4156	-0.0173	0.3643	0.0339	-0.5721	-0.0972	0.966	-0.08	-0.0855	1.188	0.07	0.8793
13		2.3296	-1.8792	-0.0451	1.4533	0.4035	0.9553	-0.2494	-0.0571	-0.1216	0.2577	0.0709	0.3725	0.3243	0.1417	0.137	0.9528	0.0272	0.0928	0.9695	0.097	0.9923
14		0.4621	0.0992	0.2661	1.1379	-1.2753	0.6611	-0.0331	-0.4352	0.0839	0.6726	0.3321	0.1621	-0.3914	0.2816	-0.1821	1.0417	0.0199	0.0659	1.0772	-0.1108	0.6613
15		3.8337	-0.5527	-0.9469	1.1365	-1.8176	0.5626	-0.2362	-0.458	-0.6584	-0.1564	0.328	0.1765	0.0519	-0.2015	-0.0416	1.0036	0.0215	-0.0077	1.0043	0.2067	0.8706
16		-4.6769	3.4294	-1.294	5.7481	-0.1588	6.2645	-0.3392	-0.2918	-0.8501	-0.3213	-0.7193	-1.2877	-0.7464	-0.6169	0.2905	1.6253	-0.147	0.2878	2.0019	0.1309	1.8577
17		3.2067	-0.5346	1.1447	2.8243	0.0631	-0.2797	-0.3164	-0.3859	0.366	-0.413	0.3345	-0.1782	0.2261	-0.0838	0.0283	1.0743	0.0275	0.1038	0.9325	0.1014	0.7456
18		1.3203	-0.0633	-0.1258	1.6271	0.834	-0.7691	0.2601	-0.5906	-0.0402	0.6099	0.0571	-0.4117	-0.1452	0.6525	-0.1334	1.0113	0.1765	-0.2198	1.4452	0.0333	0.8116
19		3.4566	1.3101	-0.1115	0.3207	-0.2849	0.6963	-0.2345	-0.0595	0.2483	-0.1034	0.0643	0.2639	-0.2936	0.0436	0.204	0.8587	-0.07	-0.1024	0.7727	0.0001	0.9749
20		1.3509	0.3107	0.3812	3.0464	-0.1864	1.1462	-0.3907	0.3648	0.0705	-0.6614	0.3235	0.4259	0.4935	0.4155	-0.0325	0.9742	0.0349	-0.0173	0.9929	-0.0606	0.8915
21		3.564	-0.7241	-0.0412	0.048	-0.4718	2.06	-0.7897	0.1697	0.7068	0.1794	0.2169	0.2579	-0.3967	-0.301	0.4964	1.0546	-0.1238	-0.1746	0.8719	0.0675	1.1841
22		5.2962	1.6443	1.9187	1.8633	3.4514	-1.9425	0.062	0.7117	1.1296	-3.4582	-0.5494	0.9535	-0.2682	1.7719	0.0741	1.6484	0.0745	0.0222	0.9749	0.2241	1.0643
23		3.49	-0.1518	2.3333	2.6225	-0.6892	0.8746	-0.3569	0.6898	-0.3349	-0.1783	0.261	-0.3082	-0.2038	0.315	0.1467	1.0383	-0.2047	0.0977	1.1533	0.023	0.9106
24		2.0254	-0.5529	-1.2246	1.8343	-0.5359	1.0716	0.1781	1.3706	0.0033	0.2135	-0.045	0.6981	0.1561	0.0073	-0.0844	1.0113	-0.1233	-0.198	1.1731	0.3604	0.9952

精密化 TLSグループ

Selection details: chain D and resid 712:724)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 40分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 6種, 40分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 40分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)