PDB-3l7j: Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l7j

タイトル

Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N variant

要素

Teichoic acid biosynthesis protein F

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / GT-B / monotopic membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Strynadka, N.C.J. / Lovering, A.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the bacterial teichoic acid polymerase TagF provides insights into membrane association and catalysis.
著者: Lovering, A.L. / Lin, L.Y. / Sewell, E.W. / Spreter, T. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2009年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3l7iSC 3l7kC 3l7lC 3l7mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l7l-d 3l7i-d 3l7m-d 3l7k-d 4uoo-d 6eq8-d 6kdy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Teichoic acid biosynthesis protein F

B: Teichoic acid biosynthesis protein F

C: Teichoic acid biosynthesis protein F

D: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

350 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Teichoic acid biosynthesis protein F

B: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Teichoic acid biosynthesis protein F

D: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	223.600, 223.600, 100.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Teichoic acid biosynthesis protein F 分子量: 87011.102 Da / 分子数: 4 / 断片: TagF / 変異: H444N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: RP62A / 遺伝子: SERP1960, tagF / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HLM5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日
放射	モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→50 Å / Num. obs: 450040 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.81→3 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.581 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3L7I

3l7i

解像度: 2.81→19.796 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2458	3046	5 %	random
R_work	0.1974	-	-	-
obs	0.1998	60921	97.89 %	-
all	-	450040	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.541 Å² / k_sol: 0.266 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.81→19.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13878	0	72	20	13970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	14268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.224	19284
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.139	5264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1964
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2482

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.81-2.8538	0.3695	116	0.3526	2217	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8538-2.9004	0.3524	122	0.3352	2306	X-RAY DIFFRACTION	87
2.9004-2.9503	0.3953	127	0.3348	2427	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9503-3.0038	0.3546	131	0.3112	2477	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0038-3.0613	0.3468	136	0.303	2589	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0613-3.1236	0.3571	139	0.2961	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1236-3.1912	0.3469	140	0.2662	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1912-3.2651	0.3304	141	0.2591	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2651-3.3464	0.2733	140	0.2538	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3464-3.4364	0.3236	139	0.2347	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4364-3.537	0.254	140	0.2244	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.537-3.6505	0.2637	140	0.2096	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6505-3.7801	0.2522	142	0.1983	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7801-3.9303	0.25	141	0.1909	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9303-4.1077	0.2153	140	0.1643	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1077-4.3221	0.2163	143	0.154	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3221-4.5898	0.1723	142	0.1439	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5898-4.9391	0.2252	142	0.1406	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9391-5.4268	0.197	143	0.1456	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4268-6.1909	0.2111	144	0.1509	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1909-7.7222	0.1949	147	0.1735	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7222-19.7967	0.2057	151	0.1618	2879	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	1.865	-0.9662	-0.176	0.8376	-0.0246	0.9457	-0.1279	0.1494	0.1236	0.1611	-0.0103	-0.3308	-0.2341	0.0362	0.1206	0.6842	-0.0221	-0.0642	0.6412	-0.0931	0.672	-65.5603	82.874	-3.0523
2		1.3509	0.269	0.4593	2.0207	1.7556	0.9346	0.2756	-0.5172	-0.0081	-0.5886	-1.6381	-0.2256	-0.0073	0.4183	0.9083	1.0944	0.2185	-0.1754	2.5752	0.6485	1.4061
3		1.8227	0.0734	1.215	2.5221	-0.4552	2.6322	-0.3247	-0.4204	0.1358	0.7641	0.2865	-0.2758	-0.2832	-0.2123	0.0247	0.7148	0.0143	0.0173	0.6341	-0.1063	0.5681
4		0.071	1.2276	-0.6063	2.6796	1.0888	1.603	0.245	0.0737	-1.0412	0.2251	-0.1518	1.8441	-0.0921	0.3103	0.3878	1.0827	0.0171	-0.0673	0.8224	-0.1744	0.7439
5		1.4333	0.4621	-1.5773	3.1943	0.5094	1.2878	-0.1778	-0.1791	-0.2403	-0.3647	0.2196	0.24	-0.0316	0.1567	0.0025	0.7526	0.0824	-0.0639	0.672	0.0241	0.6649
6		0.4862	-0.443	-0.0277	1.4189	-1.1568	0.6401	-0.1401	-0.7794	-0.1181	0.6683	0.3999	0.4179	-0.1034	-0.7688	-0.1218	0.8034	0.15	0.0771	1.056	-0.0763	0.6851
7		2.0928	1.8223	0.3614	1.2892	0.8471	1.3015	-0.1381	-0.1438	-0.1608	0.0586	0.0059	-0.3876	0.2662	0.0777	0.0874	0.5725	0.027	0.0246	0.5623	-0.0537	0.7727
8		0.6035	-1.5518	-2.9937	4.8938	-1.7247	2.7776	0.1503	0.7341	-0.1854	0.469	-1.8587	0.5705	-0.6044	0.9461	0.9815	1.3421	0.0621	-0.2854	2.0115	0.2583	1.2239
9		2.9661	0.5934	-1.1569	1.1527	-0.9697	2.4956	-0.3328	0.2613	-0.0398	-0.1617	0.1872	-0.2718	0.1672	-0.1946	0.1275	0.6398	0.004	-0.0029	0.5827	-0.0965	0.6113
10		4.3877	2.5266	0.7792	5.3155	3.0077	3.0593	-0.1435	-0.3514	0.063	-0.0399	-0.0715	1.6832	0.0741	-0.058	0.6618	2.2985	-0.3298	0.6346	1.3401	-0.1058	1.9551
11		2.7663	0.054	0.8619	2.2182	0.0703	2.0522	-0.3515	0.1057	0.0827	0.3904	0.269	0.0773	-0.1064	-0.0064	0.1055	0.8007	-0.0576	0.0669	0.6658	-0.0408	0.6972
12		1.6069	-0.0959	0.8571	0.892	-0.5114	0.8525	-0.0936	1.0253	-0.0521	-0.4823	0.0612	0.3122	0.0891	-0.7005	0.0634	0.7409	-0.0912	-0.016	0.7914	-0.1202	0.6728
13		1.8638	-1.6841	0.1848	1.1826	-0.5617	1.9427	-0.2685	-0.021	-0.324	0.0375	0.1465	0.5465	0.4278	0.0527	0.1114	0.6974	-0.0041	0.064	0.6454	0.1048	0.8142
14		0.3998	0.5374	-0.1273	1.3191	1.2279	0.7146	0.0579	-0.117	0.0656	0.2109	0.1667	-0.0572	-0.084	0.6073	-0.1867	0.7607	-0.0079	0.0331	0.8642	-0.0323	0.6175
15		3.0266	0.5796	-1.1972	2.0989	0.1733	1.515	-0.436	-0.41	-0.5436	0.2694	0.3469	-0.0471	0.3528	0.0157	0.0358	0.9006	0.1155	0.038	0.7665	0.1958	0.6253
16		-3.6581	2.376	-0.8846	2.755	0.1182	0.7453	0.0567	0.2889	-0.1354	-0.296	-0.009	-1.4097	-0.3636	0.0375	-0.5184	1.4345	-0.1028	0.1668	1.8093	0.0767	1.6739
17		1.8972	-1.1248	0.9977	1.9462	-0.2072	0.264	-0.1775	-0.383	0.2515	-0.294	0.2861	-0.1235	0.0395	-0.1506	-0.0995	0.8161	0.03	0.0732	0.7426	0.0405	0.5356
18		1.4766	-0.6023	0.6448	1.4844	1.1267	-0.6166	-0.0648	-1.0042	0.1681	0.6393	0.3044	-0.373	0.1722	0.7571	-0.1198	0.7371	0.1444	-0.1428	1.1214	0.0321	0.4967
19		2.8744	1.7202	-0.1761	0.6707	-0.8704	0.914	-0.2236	0.0011	0.1727	0.0678	0.0648	0.2191	-0.2801	0.0179	0.166	0.6158	-0.006	-0.0792	0.5985	-0.0023	0.8316
20		-0.155	-1.2283	-0.1685	1.697	-0.6692	1.9052	-1.3529	0.1935	0.4781	0.4362	-1.128	0.6252	-0.8987	-1.8042	1.7438	1.914	-0.2511	-0.0495	2.2191	-0.3699	0.9536
21		2.8247	0.7138	1.4105	1.6777	0.631	1.7434	-0.3033	0.2171	0.249	-0.1314	0.1168	0.2419	-0.0214	0.2534	0.1094	0.6631	-0.0584	-0.0344	0.7003	0.0215	0.7159
22		3.4615	0.9125	-0.6529	2.1982	-0.2399	2.3054	-0.3395	0.2703	-0.1155	0.349	0.3162	-0.0839	0.1588	-0.2012	0.0156	0.7844	-0.0421	-0.1038	0.6231	0.0691	0.6703
23		3.4677	-1.1931	1.9317	-0.8775	-0.0557	-1.0912	-1.2111	2.7857	-1.1908	0.6167	0.2032	1.4068	-0.0267	0.0761	0.7529	1.0619	-0.4279	-0.2808	1.8105	0.0923	1.7767
24		2.5398	1.1248	-0.2469	1.5106	0.1808	-0.3845	-0.4517	1.2919	-0.2614	-0.592	0.4433	-0.2944	-0.1692	0.6285	-0.0164	0.816	-0.1466	0.0849	1.083	0.0046	0.5889

精密化 TLSグループ

Selection details: chain D and resid 652:724)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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