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- PDB-3l7k: Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N + CDPG... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l7k | ||||||
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Title | Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N + CDPG (15 minute soak) | ||||||
![]() | Teichoic acid biosynthesis protein F | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / GT-B fold / monotopic membrane protein | ||||||
Function / homology | ![]() teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strynadka, N.C.J. / Lovering, A.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the bacterial teichoic acid polymerase TagF provides insights into membrane association and catalysis. Authors: Lovering, A.L. / Lin, L.Y. / Sewell, E.W. / Spreter, T. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 711.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 587 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 84.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3l7iSC ![]() 3l7jC ![]() 3l7lC ![]() 3l7mC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 87011.102 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: TagF / Mutation: H444N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 40 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDT.gif)
![](data/chem/img/C2G.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDT.gif)
![](data/chem/img/C2G.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-C2G / [ | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2009 |
Radiation | Monochromator: synchrotron / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 353235 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.11 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 353235 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 92.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3L7I Resolution: 3.1→19.857 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.631 Å2 / ksol: 0.267 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→19.857 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain D and resid 712:724) |