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Yorodumi- PDB-3l7k: Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N + CDPG... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l7k | ||||||
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Title | Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF, H444N + CDPG (15 minute soak) | ||||||
Components | Teichoic acid biosynthesis protein F | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / GT-B fold / monotopic membrane protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus epidermidis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Strynadka, N.C.J. / Lovering, A.L. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Structure of the bacterial teichoic acid polymerase TagF provides insights into membrane association and catalysis. Authors: Lovering, A.L. / Lin, L.Y. / Sewell, E.W. / Spreter, T. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3l7k.cif.gz | 711.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3l7k.ent.gz | 587 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3l7k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3l7k_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3l7k_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 3l7k_validation.xml.gz | 63.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3l7k_validation.cif.gz | 84.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3l7iSC 3l7jC 3l7lC 3l7mC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 87011.102 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: TagF / Mutation: H444N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus epidermidis (bacteria) / Strain: RP62A / Gene: SERP1960, tagF / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5HLM5 |
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-Non-polymers , 6 types, 40 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-C2G / [ | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2009 |
Radiation | Monochromator: synchrotron / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 353235 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.11 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 353235 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 92.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3L7I Resolution: 3.1→19.857 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.631 Å2 / ksol: 0.267 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→19.857 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain D and resid 712:724) |