PDB-3l7i: Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l7i

タイトル

Structure of the Wall Teichoic Acid Polymerase TagF

要素

Teichoic acid biosynthesis protein F

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / GT-B fold / monotopic membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Strynadka, N.C.J. / Lovering, A.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the bacterial teichoic acid polymerase TagF provides insights into membrane association and catalysis.
著者: Lovering, A.L. / Lin, L.Y. / Sewell, E.W. / Spreter, T. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2009年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Experimental preparation
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3l7i.ent.gz	586.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3l7jC 3l7kC 3l7lC 3l7mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l7l-d 3l7k-d 3l7j-d 3l7m-d 6kdy-d 4uoo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Teichoic acid biosynthesis protein F

B: Teichoic acid biosynthesis protein F

C: Teichoic acid biosynthesis protein F

D: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

350 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Teichoic acid biosynthesis protein F

B: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Teichoic acid biosynthesis protein F

D: Teichoic acid biosynthesis protein F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	223.739, 223.739, 100.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Teichoic acid biosynthesis protein F 分子量: 87035.141 Da / 分子数: 4 / 断片: TagF / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: RP62A / 遺伝子: SERP1960, tagF / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5HLM5, teichoic acid poly(glycerol phosphate) polymerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射	モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→74.84 Å / Num. all: 427210 / Num. obs: 419093 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.584 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→74.84 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2603	3483	5.05 %	uniquefy random
R_work	0.2103	-	-	-
obs	0.2128	68992	97.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.623 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→74.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13858	0	86	18	13962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.277	19271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.859	5254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	1962
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2477

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.737	0.3851	126	0.3419	2422	X-RAY DIFFRACTION	92
2.737-2.7761	0.3625	144	0.3207	2414	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7761-2.8175	0.3578	136	0.2946	2476	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8175-2.8616	0.3323	114	0.297	2497	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8616-2.9085	0.3127	126	0.2915	2511	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9085-2.9586	0.3284	143	0.2911	2537	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9586-3.0124	0.3311	141	0.2703	2529	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0124-3.0704	0.302	148	0.2641	2558	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0704-3.1331	0.3155	150	0.2666	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1331-3.2012	0.3406	120	0.2556	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2012-3.2757	0.3112	154	0.251	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2757-3.3576	0.3373	118	0.2522	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3576-3.4484	0.2856	131	0.2308	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4484-3.5498	0.2606	149	0.2221	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5498-3.6644	0.2477	145	0.2037	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6644-3.7954	0.224	122	0.2	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7954-3.9473	0.2152	148	0.188	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9473-4.127	0.201	152	0.1715	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.127-4.3445	0.2259	143	0.1711	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3445-4.6167	0.2094	155	0.1606	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6167-4.9731	0.2571	127	0.161	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9731-5.4734	0.2175	138	0.1662	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4734-6.2651	0.2219	152	0.1709	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2651-7.8919	0.2627	148	0.1782	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8919-74.869	0.2062	153	0.1679	2778	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	2.5371	-1.2731	-0.1986	1.4523	-0.23	1.0258	-0.1431	0.0637	0.1759	0.1961	-0.0278	-0.3722	-0.2804	0.0881	0.1395	0.7005	-0.0379	-0.0678	0.6478	-0.0744	0.7122	-65.7563	83.3034	-3.1333
2		3.0965	-0.1635	0.8122	2.9608	-1.1996	1.3939	0.0412	-0.3977	-0.3467	0.39	0.0111	-0.0967	0.1966	-0.3762	-0.01	0.8435	-0.007	-0.0388	0.7376	-0.0028	0.6206
3		2.7625	-0.7182	1.8341	0.2762	-1.4178	4.028	-0.6465	-0.1281	0.4128	0.4391	0.5557	-0.3063	-0.8516	0.1944	0.2339	0.9464	0.0255	0.0038	0.6908	0.0206	0.8965
4		9.3452	-2.2351	0.2275	4.6992	-1.1599	2.2645	0.0526	1.907	-0.559	0.1736	-0.6975	0.5351	-0.4392	0.0731	0.9371	0.877	-0.068	-0.1377	0.9925	-0.1838	0.9204
5		2.7394	-0.0156	-0.1312	3.2186	-0.3973	3.4152	-0.1076	-0.1397	-0.2096	-0.4967	0.1484	0.2086	-0.0562	0.0169	-0.007	0.7523	0.0812	-0.01	0.677	0.018	0.6828
6		1.8149	-0.5968	0.3758	1.8053	-0.4091	0.6507	-0.086	-1.008	0.2085	0.6628	0.1761	0.6182	0.02	-0.9039	-0.0801	0.8594	0.0755	0.113	1.1072	0.0247	0.7476
7		2.4905	1.8614	0.3076	2.8322	0.6364	0.9849	-0.1631	-0.0564	-0.2826	-0.0902	0.0559	-0.4691	0.2495	0.0813	0.1238	0.6824	0.0165	0.0638	0.6547	-0.0395	0.8723
8		3.6286	0.1724	-0.4224	3.0039	-1.2712	1.3559	-0.1896	0.267	0.524	0.0092	0.1171	-0.2193	-0.2653	-0.2715	0.0895	0.7632	-0.002	-0.0393	0.7608	0.0025	0.7952
9		3.0368	0.403	-0.7906	-0.4692	-0.6641	3.937	-0.5935	0.0332	-0.5842	-0.2286	0.4484	-0.1672	0.8471	0.2016	0.2786	0.9547	-0.0711	0.1117	0.6755	-0.1109	0.9511
10		4.464	2.1853	-1.8683	3.9464	-0.061	0.4732	0.3591	-0.5434	1.0748	0.6192	0.0296	1.011	-0.3066	-0.0608	-0.4082	0.7654	-0.0586	0.3284	0.986	-0.1521	1.0301
11		3.0241	-0.0284	-0.3765	3.1338	-0.2498	3.4468	-0.3527	0.0863	0.2324	0.3518	0.2281	0.0079	0.0191	-0.0367	0.1288	0.7258	-0.0496	0.0131	0.6585	-0.0256	0.7739
12		1.877	0.1513	-0.5753	1.5739	-0.3187	1.0059	-0.1996	1.266	-0.1699	-0.3609	0.0685	0.3596	0.1767	-0.8601	0.0932	0.8019	-0.1057	-0.0604	0.9663	-0.0782	0.7144
13		2.4417	-2.307	0.1417	2.0333	-0.4306	1.8516	-0.364	-0.0061	-0.3697	0.1814	0.1189	0.5888	0.4395	0.0345	0.1625	0.7029	0.0127	0.0893	0.6445	0.0844	0.8228
14		1.8056	-0.109	0.3007	2.8654	1.5646	1.3667	0.0421	-0.3044	0.2025	0.2273	0.1326	-0.1977	-0.6174	0.6332	-0.2051	0.8065	0.0102	0.0336	0.9231	-0.0716	0.7156
15		3.5272	-0.3371	-0.8575	1.5782	-1.2522	1.9838	-0.4603	-0.7055	-0.7797	0.2659	0.2228	0.1774	0.2937	0.0801	0.1744	0.8499	0.1312	0.0711	0.8275	0.2174	0.7527
16		8.2668	-2.5449	0.3388	5.4314	-1.9443	0.6965	0.2787	1.4351	1.1826	-0.7391	-0.0726	-0.3125	-0.2731	-0.0858	-0.0975	1.1711	-0.0888	0.0921	1.1966	0.0639	1.0168
17		3.4272	-1.5457	-0.7759	3.0979	0.4385	3.2499	-0.1973	-0.2496	0.2435	-0.3702	0.2536	-0.1628	-0.1842	0.1101	-0.0331	0.8255	0.0506	0.0255	0.765	0.0434	0.6677
18		1.1848	-1.2982	0.4648	1.7761	1.0307	0.8823	-0.3755	-1.1236	0.1245	0.7187	0.4406	-0.4573	0.2604	1.0139	-0.1126	0.8939	0.1525	-0.1546	1.2628	-0.017	0.7326
19		2.1167	1.4894	0.1429	1.5658	-0.5034	1.2322	-0.233	0.0596	0.2954	-0.0609	0.1194	0.3007	-0.3513	-0.0249	0.1229	0.6911	-0.0061	-0.0928	0.6256	0.0087	0.8748
20		5.2426	0.2388	6.3746	5.1034	0.9937	6.1424	-1.1341	-1.9591	-0.065	1.4139	-0.011	-0.8538	0.2769	-1.1364	1.1585	1.1921	0.0999	-0.135	1.3521	-0.0511	0.8076
21		2.83	1.5107	0.8184	2.1725	-0.2637	1.492	-0.4052	0.6082	0.4431	-0.3692	0.2069	0.2475	-0.2497	0.3368	0.1696	0.724	-0.1038	-0.074	0.8109	0.0682	0.8385
22		9.7901	3.9599	-1.6047	6.9945	-5.6626	-2.008	-0.3816	-1.2511	-1.9241	-0.4859	0.2109	-0.237	0.5135	-0.3347	0.5821	0.8458	0.097	0.1094	0.8724	0.2359	0.901
23		4.6754	0.8629	0.8048	2.563	1.9663	2.7879	-0.3186	0.34	-0.2216	0.3751	0.2742	0.0661	0.1338	-0.016	0.0507	0.8356	-0.0788	-0.0477	0.7206	0.0803	0.783
24		2.6725	0.7683	0.5143	1.389	0.0279	0.4275	-0.4952	1.4531	-0.0863	-0.564	0.4429	-0.3066	-0.2696	0.7459	-0.022	0.9046	-0.1905	0.0776	1.1386	0.0006	0.7418

精密化 TLSグループ

Selection details: chain D and resid 653:724)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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