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万見
- PDB-3l4c: Structural basis of membrane-targeting by Dock180 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4c
タイトルStructural basis of membrane-targeting by Dock180
要素Dedicator of cytokinesis protein 1
キーワードCELL ADHESION / CELL INVASION / APOPTOSIS / Dock180 / Dock1 / phosphoinositide specificity / Guanine Exchange Factor / Rho GTPase / cytoskeleton / cell migration / cell polarity / Cytoplasm / Guanine-nucleotide releasing factor / Membrane / Phagocytosis / Phosphoprotein / SH3 domain / SH3-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / myoblast fusion / DCC mediated attractive signaling / phagocytosis, engulfment / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of epithelial cell migration / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / myoblast fusion / DCC mediated attractive signaling / phagocytosis, engulfment / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of epithelial cell migration / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / integrin-mediated signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / small GTPase binding / SH3 domain binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell migration / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / postsynapse / apoptotic process / glutamatergic synapse / signal transduction / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / : / DOCK N-terminus / Dedicator of cytokinesis (DOCK) TPR region / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain / DOCKER domain ...: / : / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / : / DOCK N-terminus / Dedicator of cytokinesis (DOCK) TPR region / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain / DOCKER domain / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe A / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe C / DOCKER, Lobe A / DOCKER, Lobe B / DOCKER, Lobe C / DHR-2, Lobe A / C2 domain in Dock180 and Zizimin proteins / DHR-2, Lobe C / DHR-2, Lobe B / C2 DOCK-type domain profile. / DOCKER domain profile. / C2 domain / C2 domain superfamily / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Dedicator of cytokinesis protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Premkumar, L. / Bobkov, A.A. / Patel, M. / Jaroszewski, L. / Bankston, L.A. / Stec, B. / Vuori, K. / Cote, J.-F. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of membrane targeting by the Dock180 family of Rho family guanine exchange factors (Rho-GEFs).
著者: Premkumar, L. / Bobkov, A.A. / Patel, M. / Jaroszewski, L. / Bankston, L.A. / Stec, B. / Vuori, K. / Cote, J.F. / Liddington, R.C.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dedicator of cytokinesis protein 1
B: Dedicator of cytokinesis protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5004
ポリマ－49,3442
非ポリマー1562
水1,26170
1
A: Dedicator of cytokinesis protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7502
ポリマ－24,6721
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dedicator of cytokinesis protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7502
ポリマ－24,6721
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.995, 63.529, 63.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dedicator of cytokinesis protein 1 / 180 kDa protein downstream of CRK / DOCK180


分子量: 24671.770 Da / 分子数: 2 / 断片: Dock Homology Region-1, DHR-1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOCK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14185
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch method under oil / pH: 8.8
詳細: 30% (w/v) polyethylene glycol 10K, 0.2 M Na-acetate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.8, microbatch method under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9116 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. all: 14465 / Num. obs: 14369 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 42.9 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 1405 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 97.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC& CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2bwq

2bwq


解像度: 2.37→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 679 4.7 %random
Rwork0.216 ---
obs-13960 96.6 %-
溶媒の処理Bsol: 38.723 Å2
原子変位パラメータBiso max: 100.1 Å2 / Biso mean: 42.902 Å2 / Biso min: 14.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.494 Å20 Å2-7.069 Å2
2--15.897 Å20 Å2
3---3.597 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 2 70 2924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1482
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2632.5
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.45 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3491 52 -
Rwork0.2571 --
obs-1289 89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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