PDB-5ur6: PYR1 bound to the rationally designed agonist cyanabactin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ur6

タイトル

PYR1 bound to the rationally designed agonist cyanabactin

要素

Abscisic acid receptor PYR1

キーワード

HORMONE RECEPTOR / PYR/PYL/RCAR / PYR1 / cyanabactin

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.631 Å

データ登録者

Peterson, F.C. / Vaidya, A. / Jensen, D.R. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A Rationally Designed Agonist Defines Subfamily IIIA Abscisic Acid Receptors As Critical Targets for Manipulating Transpiration.
著者: Vaidya, A.S. / Peterson, F.C. / Yarmolinsky, D. / Merilo, E. / Verstraeten, I. / Park, S.Y. / Elzinga, D. / Kaundal, A. / Helander, J. / Lozano-Juste, J. / Otani, M. / Wu, K. / Jensen, D.R. / ...

履歴

登録	2017年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ur6.cif.gz	91.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ur6.ent.gz	68.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ur6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5ur6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5ur6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ur5C 5ur4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ur5-1 5je0-d 2clt-2 5jdz-d 2nze-d 2icu-d 5je1-d 1r9g-d 1gka-d 1dfv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

A: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.436, 88.222, 112.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- SO4
2	1	A-370- HOH

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYR1 / ABI1-binding protein 6 / Protein PYRABACTIN RESISTANCE 1 / Regulatory components of ABA receptor 11 分子量: 20727.404 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-181 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PYR1, ABIP6, RCAR11, At4g17870, T6K21.50 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[pREP4] / 参照: UniProt: O49686
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-8KM / N-(4-cyano-3-cyclopropylphenyl)-1-(4-methylphenyl)methanesulfonamide 分子量: 326.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₂O₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化	温度: 302 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-tris propane, 2 M ammonium sulphate. Cryoprotected in perfluoropolyether cryo-oil

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年11月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 25599 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.475 / Net I/σ(I): 63

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.63-1.66	6.6	0.117	0.987	0.049	0.127	1.77	100
1.66-1.69	6.8	0.112	0.991	0.046	0.121	1.792	100
1.69-1.72	6.9	0.105	0.991	0.043	0.114	1.83	100
1.72-1.76	6.9	0.098	0.993	0.04	0.106	1.752	100
1.76-1.79	6.9	0.093	0.993	0.038	0.101	1.781	100
1.79-1.84	6.9	0.087	0.993	0.036	0.095	1.719	100
1.84-1.88	7	0.08	0.995	0.032	0.087	1.476	99.8
1.88-1.93	5.2	0.082	0.993	0.038	0.091	1.731	99.5
1.93-1.99	6.9	0.066	0.997	0.026	0.071	1.491	100
1.99-2.05	7	0.058	0.997	0.024	0.063	1.276	99.9
2.05-2.13	7	0.058	0.997	0.023	0.062	1.508	99.8
2.13-2.21	7	0.054	0.998	0.022	0.059	1.362	99.8
2.21-2.31	5	0.053	0.996	0.024	0.058	1.392	93.8
2.31-2.43	7.2	0.052	0.997	0.021	0.056	1.243	99.9
2.43-2.59	7.3	0.049	0.998	0.02	0.053	1.167	99.7
2.59-2.79	7.2	0.051	0.996	0.021	0.055	1.194	99.6
2.79-3.07	7.2	0.057	0.996	0.023	0.062	1.17	99.7
3.07-3.51	7.1	0.059	0.997	0.024	0.064	1.32	98
3.51-4.42	5.6	0.049	0.997	0.022	0.054	1.3	94
4.42-50	7	0.043	0.998	0.018	0.046	1.338	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.63 Å	34.66 Å
Translation	1.63 Å	34.66 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000	708c	データ収集
HKL-2000	708c	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL		データ削減
HKL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PYR1 (PDB ID 5UR4)

5ur4

解像度: 1.631→34.66 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2188	2006	7.87 %	Random
R_work	0.1869	23493	-	-
obs	0.1894	25499	98.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.4 Å² / B_iso mean: 27.9941 Å² / B_iso min: 12.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.631→34.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1394	0	58	150	1602
B_iso mean	-	-	40.07	32.97	-
残基数	-	-	-	-	173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.813	2017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	226
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.586	892

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6313-1.6721	0.2791	145	0.2125	1619	1764	97
1.6721-1.7173	0.2243	144	0.1945	1668	1812	100
1.7173-1.7678	0.1906	140	0.1843	1676	1816	99
1.7678-1.8249	0.2223	142	0.1781	1688	1830	100
1.8249-1.8901	0.2188	142	0.1903	1667	1809	99
1.8901-1.9658	0.2186	143	0.193	1664	1807	98
1.9658-2.0552	0.2082	135	0.1839	1692	1827	100
2.0552-2.1636	0.1869	140	0.18	1702	1842	100
2.1636-2.2991	0.2231	141	0.1772	1595	1736	95
2.2991-2.4766	0.209	151	0.1832	1692	1843	100
2.4766-2.7257	0.1978	140	0.1903	1695	1835	100
2.7257-3.1199	0.2479	150	0.2064	1713	1863	100
3.1199-3.9299	0.2341	143	0.1926	1658	1801	96
3.9299-34.6682	0.2097	150	0.1743	1764	1914	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1421	0.1344	1.256	3.7854	5.7569	8.8203	0.3086	0.0666	-0.5641	0.4069	0.0615	-0.5731	0.768	0.0724	-0.3332	0.197	-0.0063	-0.0535	0.2066	0.0304	0.2221	106.3482	8.3851	11.8421
2	2.9885	-0.0192	-0.5461	2.1146	-1.224	4.5277	-0.041	-0.9283	0.187	0.7228	-0.0049	0.0504	-0.4322	-0.1299	0.0675	0.3148	0.0679	-0.0291	0.4144	-0.0063	0.1671	98.1289	11.5124	21.5102
3	1.748	-0.0906	-1.0739	1.4664	1.0314	1.9361	0.1066	0.0585	0.1385	-0.0173	-0.0718	0.1055	-0.142	-0.1167	-0.0528	0.1782	-0.0017	-0.0287	0.1685	0.0032	0.1563	85.1749	14.0913	7.3563
4	4.5371	0.4511	1.9911	2.5752	0.3772	2.9542	-0.313	0.3457	1.7502	-0.3816	0.3467	0.9917	-0.6972	-0.396	0.0537	0.3632	0.0212	-0.0494	0.2576	0.101	0.4472	80.7859	28.9976	11.2394
5	2.95	1.3128	-0.5695	2.6756	0.52	1.7754	0.0099	-0.1839	0.0859	0.1845	-0.122	0.2444	0.0835	-0.0146	0.099	0.1574	0.0058	0.0008	0.1376	0.007	0.1259	85.174	18.5884	16.9218
6	4.4714	-3.3037	3.0683	9.2885	4.0027	8.2499	0.0803	-0.2369	-0.6238	0.6361	0.2566	0.51	0.1994	-0.5976	-0.2567	0.2497	-0.0116	0.0395	0.2289	0.0442	0.1679	83.0237	14.049	27.9351
7	5.0276	-4.0259	-5.8053	5.4678	6.1306	6.9262	-0.0275	0.2235	0.0295	-0.18	0.0786	-0.2858	0.0367	0.0112	-0.2359	0.1724	-0.0289	-0.0033	0.2158	-0.0019	0.1852	101.0619	11.5934	5.1197
8	1.0788	-0.1437	0.0741	2.334	0.5432	1.6745	-0.1073	-0.1358	-0.0019	0.2562	0.1001	0.0101	0.8012	-0.0541	0.2017	0.1541	0.0018	-0.0008	0.1759	0.0085	0.1419	95.9022	9.1894	14.8918
9	1.8525	0.176	-0.4607	3.3796	-0.7151	6.326	0.0438	-0.1504	-0.1754	0.303	-0.077	0.0658	0.2814	0.0879	0.023	0.0999	-0.0252	-0.0178	0.1089	0.0223	0.1939	88.6354	4.8243	10.4006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 20 )	A	2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 38 )	A	21 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 66 )	A	39 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 77 )	A	67 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 112 )	A	78 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 120 )	A	113 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 133 )	A	121 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 134 through 155 )	A	134 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 156 through 181 )	A	156 - 181

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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