PDB-3l42: PWWP domain of human bromodomain and PHD finger containing protein 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l42

タイトル

PWWP domain of human bromodomain and PHD finger containing protein 1

要素

Peregrin

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription regulation / histone h3 acetylation / chromatin modification / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Activator / Bromodomain / Chromatin regulator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyltransferase activator activity / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Tempel, W. / Zeng, H. / Ni, S. / Amaya, M.F. / Dong, A. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and Histone Binding Ability Characterizations of Human PWWP Domains.
著者: Wu, H. / Zeng, H. / Lam, R. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Xu, C. / Dombrovski, L. / Qiu, W. / Wang, Y. / Min, J.

履歴

登録	2009年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l42.cif.gz	43.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l42.ent.gz	28.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l42_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l42_full_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示
XML形式データ	3l42_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	3l42_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eaeC 3llrC 3lyiC 3mo8C 3pfsC 3pmiC 3qbyC 3qj6C 3qkjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rvj-d 2wdo-d 2x4y-5 3kks-1 1s5r-d 2x4y-2 2x4y-6 2x4x-4 2x4x-1 1dro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (4)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peregrin

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.352, 44.352, 122.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Peregrin / Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 / BR140 protein 分子量: 15076.455 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1079-1207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRPF1, BR140 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P55201
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2	39.3	THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法	8.5	3.5M sodium formate, 0.1M TRIS-hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K
291	2	蒸気拡散法	7.5	25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID		1	0.97711
回転陽極			RIGAKU FR-E	2	1.5418

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97711	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.3→40 Å / Num. obs: 31403 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 1.614 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.3-1.32	13.8	0.465	1544	1.468	1,2	100
1.32-1.35	14.2	0.387	1535	1.465	1,2	100
1.35-1.37	14.3	0.346	1522	1.473	1,2	100
1.37-1.4	14.3	0.294	1544	1.375	1,2	100
1.4-1.43	14.3	0.253	1548	1.353	1,2	100
1.43-1.46	14.4	0.218	1521	1.302	1,2	100
1.46-1.5	14.3	0.169	1544	1.272	1,2	100
1.5-1.54	14.4	0.143	1549	1.285	1,2	100
1.54-1.59	14.4	0.124	1544	1.217	1,2	100
1.59-1.64	14.6	0.103	1542	1.18	1,2	100
1.64-1.7	14.5	0.092	1562	1.2	1,2	100
1.7-1.76	14.6	0.079	1548	1.199	1,2	100
1.76-1.84	14.7	0.068	1580	1.252	1,2	100
1.84-1.94	14.9	0.058	1545	1.365	1,2	100
1.94-2.06	15	0.057	1569	1.651	1,2	100
2.06-2.22	15	0.059	1600	2.209	1,2	100
2.22-2.45	15	0.061	1583	2.633	1,2	100
2.45-2.8	14.8	0.052	1614	2.424	1,2	100
2.8-3.53	14.3	0.042	1649	2.33	1,2	99.9
3.53-40	13.4	0.039	1760	2.384	1,2	98.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.211 / SU B: 0.726 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY The structure was solved using the selenomethionene derivative crystallized in space group I222 and a copper ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	1565	5.034 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.21	31089	99.926 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.096 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.007 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.007 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	983	0	3	108	1094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.977	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	3	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.307	5	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.245	23.636	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.53	15	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.874	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.096	1.5	680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.308	1.5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.855	2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.443	3	419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.455	4.5	390

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.248	119	0.255	2131	2250	100
1.334-1.37	0.269	107	0.232	2071	2178	100
1.37-1.41	0.238	101	0.231	2024	2125	100
1.41-1.453	0.218	112	0.214	1964	2076	100
1.453-1.501	0.245	117	0.201	1918	2035	100
1.501-1.553	0.216	87	0.179	1850	1937	100
1.553-1.612	0.229	78	0.195	1823	1901	100
1.612-1.677	0.193	93	0.18	1716	1809	100
1.677-1.752	0.239	87	0.191	1664	1751	100
1.752-1.837	0.231	85	0.192	1616	1701	100
1.837-1.936	0.214	86	0.195	1506	1592	100
1.936-2.053	0.197	82	0.197	1435	1517	100
2.053-2.194	0.195	69	0.197	1374	1443	100
2.194-2.368	0.19	72	0.206	1270	1342	100
2.368-2.593	0.22	54	0.195	1204	1258	100
2.593-2.896	0.243	62	0.217	1065	1127	100
2.896-3.339	0.19	52	0.217	974	1026	100
3.339-4.077	0.264	55	0.203	837	893	99.888
4.077-5.713	0.287	23	0.21	680	704	99.858
5.713-30	0.429	24	0.344	402	447	95.302

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)