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万見
- PDB-3l3o: Staphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) in complex with Human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l3o
タイトルStaphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) in complex with Human Complement Component C3c
要素
  • (Complement C3) x 3
  • Staphylococcal complement inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement alternate pathway / Complement pathway / Converstase / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Secreted / Virulence / Immune evasion
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of C3 and C5 / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement-dependent cytotoxicity / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / B cell activation / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / receptor ligand activity / inflammatory response / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Staphylococcal complement inhibitor SCIN / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 ...Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Staphylococcal complement inhibitor SCIN / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Other non-globular / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C3 / Staphylococcal complement inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.405 Å
データ登録者Geisbrecht, B.V. / Garcia, B.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for Complement Recognition and Inhibition Determined by Crystallographic Studies of the Staphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) Bound to C3c and C3b.
著者: Garcia, B.L. / Ramyar, K.X. / Tzekou, A. / Ricklin, D. / McWhorter, W.J. / Lambris, J.D. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2009年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3
B: Complement C3
M: Staphylococcal complement inhibitor
P: Staphylococcal complement inhibitor
F: Complement C3
D: Complement C3
C: Complement C3
E: Complement C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,67510
ポリマ－289,2338
非ポリマー4422
水00
1
A: Complement C3
B: Complement C3
M: Staphylococcal complement inhibitor
C: Complement C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8385
ポリマ－144,6164
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
P: Staphylococcal complement inhibitor
F: Complement C3
D: Complement C3
E: Complement C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8385
ポリマ－144,6164
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.110, 217.028, 115.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Complement C3


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-667 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3


分子量: 23621.244 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 749-954 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#3: タンパク質 Staphylococcal complement inhibitor / SCIN


分子量: 10064.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1942, scn / プラスミド: pt7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q931M7
#4: タンパク質 Complement C3


分子量: 39537.418 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1321-1663 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 5mg/ml, 0.1M HEPES, 10% PEG 6000, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 6.5 / 数: 152670 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 1.11 / D res high: 3.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 45397 / % possible obs: 97.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.325098.810.0680.4073.5
5.817.3299.610.1181.2193.5
5.085.8199.310.1251.2923.5
4.615.0898.910.1251.3793.5
4.284.6197.810.1491.2453.4
4.034.2897.610.1991.1293.4
3.834.0397.810.2741.123.4
3.663.8396.610.3361.0913.3
3.523.6695.910.411.1443.2
3.43.5293.110.4971.0472.8
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 48213 / Num. obs: 45397 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2.38 / Observed criterion σ(I): 2.38 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / % possible all: 93.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.99 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.4 Å49.97 Å
Translation3.4 Å49.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A74,2QFF

2a74

2qff


解像度: 3.405→34.522 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 2.38 / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 27.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 1857 4.39 %
Rwork0.223 --
obs0.2251 42338 91.04 %
all-42376 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.458 Å2 / ksol: 0.256 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 108.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.254 Å2-0 Å2-1.004 Å2
2---45.076 Å20 Å2
3----39.562 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.405→34.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19062 0 28 0 19090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00919478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19526366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5057252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0713008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.405-3.49690.38781200.31532643X-RAY DIFFRACTION78
3.4969-3.59970.411360.2962877X-RAY DIFFRACTION84
3.5997-3.71570.28681340.27592856X-RAY DIFFRACTION85
3.7157-3.84840.28081380.2733057X-RAY DIFFRACTION88
3.8484-4.00220.2911450.24993013X-RAY DIFFRACTION90
4.0022-4.18410.29821410.2373102X-RAY DIFFRACTION91
4.1841-4.40430.27041400.20743208X-RAY DIFFRACTION93
4.4043-4.67960.23731460.18173212X-RAY DIFFRACTION95
4.6796-5.03990.1841560.16623263X-RAY DIFFRACTION95
5.0399-5.54520.2551500.16513297X-RAY DIFFRACTION96
5.5452-6.34330.2291500.19493273X-RAY DIFFRACTION95
6.3433-7.97560.25371510.18883322X-RAY DIFFRACTION97
7.9756-34.52410.23071500.19893358X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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