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- PDB-3ohx: Molecular Basis for Complement Recognition and Inhibition Determi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ohx
タイトルMolecular Basis for Complement Recognition and Inhibition Determined by Crystallographic Studies of the Staphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) Bound to C3c and C3b
要素
  • (Complement C3) x 3
  • Staphylococcal complement inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement Component C3 / Complement alternate pathway / Complement Pathway / Convertase / Immune evasion / Innate Immunity / Secreted Virulence Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / blood microparticle / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Staphylococcal complement inhibitor SCIN / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 ...Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Staphylococcal complement inhibitor SCIN / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Other non-globular / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C3 / Staphylococcal complement inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.503 Å
データ登録者Geisbrecht, B.V. / Garcia, B.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for Complement Recognition and Inhibition Determined by Crystallographic Studies of the Staphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) Bound to C3c and C3b.
著者: Garcia, B.L. / Ramyar, K.X. / Tzekou, A. / Ricklin, D. / McWhorter, W.J. / Lambris, J.D. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2010年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年9月1日ID: 3NSA
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年4月24日Group: Refinement description
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3
B: Complement C3
C: Complement C3
E: Complement C3
M: Staphylococcal complement inhibitor
P: Staphylococcal complement inhibitor
F: Complement C3
D: Complement C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,67510
ポリマ－289,2338
非ポリマー4422
水00
1
A: Complement C3
B: Complement C3
C: Complement C3
M: Staphylococcal complement inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8385
ポリマ－144,6164
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Complement C3
P: Staphylococcal complement inhibitor
F: Complement C3
D: Complement C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8385
ポリマ－144,6164
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)231.159, 231.497, 68.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Complement C3


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 2 / 断片: Complement C3 beta chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3


分子量: 23621.244 Da / 分子数: 2 / 断片: Complement C3 alpha' chain fragment 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#3: タンパク質 Complement C3


分子量: 39537.418 Da / 分子数: 2 / 断片: Complement C3 alpha' chain fragment 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#4: タンパク質 Staphylococcal complement inhibitor / SCIN


分子量: 10064.370 Da / 分子数: 2 / 断片: Staphylococcal Complement Inhibitor-A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1942, scn / プラスミド: PT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q931M7
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5mg/ml protein, 0.1M HEPES, 10% PEG6000, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 10.55 / 数: 329081 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.01 / D res high: 3.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44393 / % possible obs: 93.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.535099.910.0551.08912.9
5.987.5399.610.1170.98311.7
5.235.9896.910.1460.9749.6
4.755.2395.310.1411.0758.1
4.414.7594.410.1521.0646.8
4.154.4194.310.1851.0695.7
3.944.1591.710.2530.9335
3.773.9489.110.3240.8884.5
3.633.7786.910.3860.8424
3.53.6385.110.4660.8693.7
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 44393 / Num. obs: 44393 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2.4 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.5-3.633.70.46639990.869185.1
3.63-3.7740.38640430.842186.9
3.77-3.944.50.32441610.888189.1
3.94-4.1550.25342990.933191.7
4.15-4.415.70.18544311.069194.3
4.41-4.756.80.15244291.064194.4
4.75-5.238.10.14145361.075195.3
5.23-5.989.60.14646250.974196.9
5.98-7.5311.70.11748180.983199.6
7.53-5012.90.05550521.089199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.64 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å46.96 Å
Translation3.5 Å46.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.503→46.275 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.76 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2938 2014 4.55 %Random
Rwork0.2738 ---
obs0.2747 44269 93.09 %-
all-44338 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.826 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 246.51 Å2 / Biso mean: 69.1916 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9083 Å2-0 Å20 Å2
2---13.7816 Å20 Å2
3---22.3679 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.503→46.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19091 0 28 0 19119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31826407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0783011
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3637260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.503-3.62860.35641790.33423730390984
3.6286-3.77380.32591920.32953869406187
3.7738-3.94540.29451880.31443967415589
3.9454-4.15330.33181910.30764115430691
4.1533-4.41340.30552010.27114242444394
4.4134-4.75380.27462110.24814229444094
4.7538-5.23160.24292010.23314342454395
5.2316-5.98730.31472070.24984405461297
5.9873-7.5380.27562180.25846084826100
7.538-46.2790.2552260.24184748497499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2186-0.4192-0.08460.23670.38930.5250.12890.12150.13880.8610.25-0.3885-0.0936-0.463700.4027-0.1226-0.22870.38530.02710.4952-29.5919-56.370156.4155
20.45890.22730.10990.0222-0.2760.62150.05190.01880.1567-0.08840.0953-0.07370.099-0.028300.28510.0042-0.04320.1918-0.0173-0.0334-29.455-21.72527.8025
30.49720.2493-0.26020.0727-0.30460.3818-0.12280.06240.1795-0.03260.3122-0.47640.2778-0.267300.6525-0.0595-0.09180.4919-0.01420.3104-45.5454-50.571419.474
40.5659-0.00230.08240.37560.05760.56980.0770.0085-0.0308-0.0832-0.09580.30220.0792-0.0167-00.3298-0.0214-0.04820.2941-0.0540.4791-47.5963-56.107142.1339
5-0.27450.28470.32610.3576-0.6197-1.74670.2683-0.38730.28220.02760.18180.0812-0.33050.377500.20170.1003-0.12840.21640.11730.0097-39.0263-28.167242.5059
60.02590.02810.04370.0221-0.0516-0.00330.16910.0233-0.0873-0.2251-0.30980.0799-0.7885-0.2078-00.6882-0.09790.10210.39750.0630.469-25.1557-53.272838.0294
70.4899-0.10320.15410.25530.2055-0.04640.0016-0.30190.4570.05590.12350.33560.01210.0333-00.3577-0.02160.07150.1478-0.04260.0934-40.8368-5.093145.6067
80.09060.08680.01340.0344-0.2160.2661-0.24190.1386-0.2725-0.0580.2624-0.0079-0.0327-0.077300.2557-0.00520.05550.2054-0.04590.4359-32.856711.972729.2754
90.02810.2245-0.02330.1894-0.39470.0912-0.0388-0.04150.29030.0070.05440.0136-0.0317-0.01200.31890.04510.04570.2551-0.08360.4494-29.669216.436134.1339
100.98030.3724-0.09480.70650.06070.7742-0.03270.29320.4328-0.10780.1129-0.0745-0.15460.120400.3229-0.04320.10570.28210.08970.5013-23.677814.025513.671
110.70380.3110.17120.7339-0.17360.18960.0423-0.11470.25610.3634-0.11660.1771-0.06260.095500.5946-0.11880.09330.4386-0.13890.9321-6.94739.918338.3663
12-0.0398-0.10240.0958-0.0266-0.1086-0.015-0.05151.46120.6761-0.6561-0.9114-0.1630.57090.63020-0.1904-0.95810.2063-0.7097-0.38641.6985-10.284356.296741.8388
130.15680.09970.09680.1331-0.15720.4059-0.09630.48150.47070.14940.1156-0.14510.4260.0457-00.8045-0.1593-0.25510.74410.02750.6723-83.7983-57.126410.5457
140.5564-0.29430.84630.22090.19680.2890.11810.07270.06190.07440.08070.21040.0564-0.1588-00.1976-0.10740.02010.33570.18850.2387-92.7755-21.974721.0476
150.7620.3305-0.15190.23330.34280.14440.1084-0.19080.2759-0.120.0929-0.06660.12910.035700.3595-0.0162-0.05960.40470.05360.1872-79.3668-22.823751.6183
160.2881-0.1784-0.1657-0.00930.29910.22750.06720.0591-0.13650.35660.4591-0.3220.49340.551500.83750.0102-0.10520.64310.01530.4712-67.9655-50.873747.4238
170.22380.096-0.06550.3279-0.19530.53660.2178-0.14220.1353-0.21150.0288-0.20720.2472-0.0583-00.2922-0.0774-0.15920.26490.0480.3058-67.6267-42.30924.0362
180.1693-0.15540.0788-0.0992-0.0737-0.25541.78391.09851.20230.96510.44110.8181-2.317-1.61760-1.7068-0.7195-1.79720.1721-0.3155-1.0494-82.2646-49.405927.5219
190.76220.27690.39590.0790.28690.34330.00230.16180.2455-0.14070.07280.14740.06750.035100.2438-0.04590.05030.22120.15710.259-73.9222-5.532721.3039
200.0375-0.1081-0.15750.00830.33030.4240.46780.1618-0.03470.0726-0.1054-0.12210.1652-0.0557-00.1515-0.04120.11420.32730.20280.7361-85.80988.824237.736
210.1113-0.2750.15350.1063-0.06220.2385-0.15310.21270.15850.15160.25960.0218-0.1231-0.141300.22870.0330.06360.40680.15770.6233-84.152715.995933.311
220.5492-0.41290.440.449-0.04861.30810.1683-0.2915-0.1070.07310.05670.1763-0.58960.527600.4775-0.13470.26850.4727-0.0450.5961-90.518612.749254.9496
23-0.08740.0766-0.0628-0.01320.0441-0.01830.16180.0869-0.52650.19390.16520.2353-0.4431-0.0532-00.72070.02520.18870.63910.24590.8897-103.911624.84731.9399
240.7742-0.12210.35930.71470.10450.4450.3559-0.1296-0.0838-0.5026-0.21560.4398-0.05350.009600.0076-0.03540.07430.1864-0.06860.6397-108.990838.802428.5049
250.08630.04460.0601-0.0680.0963-0.03980.1239-0.22850.19160.057-0.4640.25280.12150.0327-00.1709-0.0858-0.06440.46520.19230.8434-105.768654.314221.8708
260.0011-0.01240.0214-0.0475-0.0591-0.03970.0956-0.00540.01390.2795-0.12960.16220.13660.1459-00.5817-0.11720.23170.4726-0.17030.8983-65.223626.047450.3181
270.1348-0.05170.07440.10570.1117-0.07510.0767-0.04930.59160.1846-0.3019-0.03310.05890.220200.4901-0.01440.19460.452-0.09490.6378-51.085516.760148.4337
280.00350.0067-0.00530.00310.01140.0070.0540.0599-0.13790.1036-0.12640.13630.1199-0.2801-00.7032-0.0752-0.03920.853-0.12130.8454-47.95413.819162.3835
290.03020.01850.0880.0389-0.11-0.07480.08330.18620.5087-0.165-0.0620.2947-0.4785-0.0344-00.4999-0.00660.16380.45230.1570.7903-50.360526.202716.5562
300.0998-0.0703-0.01150.123-0.1230.18690.01650.04510.5123-0.1020.15180.25930.0942-0.0328-00.3934-0.01640.05520.52710.19550.4532-64.251516.55518.4657
31-0.0005-0.0074-0.01520.00450.00090.01350.04210.0012-0.1946-0.07280.1342-0.13930.10470.300700.9789-0.05160.05110.95830.16530.5022-67.05173.51124.5391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:105)A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 106:362)A106 - 362
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 363:433)A363 - 433
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 434:533)A434 - 533
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 534:629)A534 - 629
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 630:645)A630 - 645
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 729:812)B729 - 812
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 813:843)B813 - 843
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 844:912)B844 - 912
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 1336:1493)C1336 - 1493
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 1494:1609)C1494 - 1609
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 1610:1641)C1610 - 1641
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN D AND RESID 1:105)D1 - 105
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN D AND RESID 106:208)D106 - 208
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN D AND RESID 209:362)D209 - 362
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 363:433)D363 - 433
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 434:586)D434 - 586
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 587:645)D587 - 645
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN E AND RESID 729:812)E729 - 812
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN E AND RESID 813:835)E813 - 835
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN E AND RESID 836:912)E836 - 912
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN F AND RESID 1336:1481)F1336 - 1481
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN F AND RESID 1482:1498)F1482 - 1498
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN F AND RESID 1503:1609)F1503 - 1609
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN F AND RESID 1610:1641)F1610 - 1641
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN M AND RESID 2:27)M2 - 27
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN M AND RESID 28:77)M28 - 77
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN M AND RESID 78:85)M78 - 85
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN P AND RESID 2:27)P2 - 27
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN P AND RESID 28:77)P28 - 77
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN P AND RESID 78:85)P78 - 85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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