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万見
- PDB-3l3f: Crystal structure of a PFU-PUL domain pair of Saccharomyces cerev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l3f
タイトルCrystal structure of a PFU-PUL domain pair of Saccharomyces cerevisiae Doa1/Ufd3
要素Protein DOA1
キーワードPROTEIN BINDING / Armadillo-like repeat structure / Nucleus / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / ubiquitin-modified protein reader activity / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / G1 to G0 transition / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / ubiquitin-modified protein reader activity / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / G1 to G0 transition / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein-containing complex binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PFU (PLAA family ubiquitin binding), C-terminal domain / PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant ...PFU (PLAA family ubiquitin binding), C-terminal domain / PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Ubiquitin-like (UB roll) / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Komori, H. / Nishimasu, R. / Kuno, T. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: KOBE J.MED.SCI. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of a PFU-PUL Domain Pair of Saccharomyces Cerevisiae Doa1/Ufd3
著者: Nishimasu, R. / Komori, H. / Higuchi, Y. / Nishimasu, H. / Hiroaki, H.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Protein DOA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8141
ポリマ－40,8141
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.115, 103.115, 72.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein DOA1 / Doa1/Ufd3


分子量: 40814.117 Da / 分子数: 1 / 断片: PFU-PUL domain, residues 354-715 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P36037
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 28% PEG 3350, 0.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9789, 0.9792, 0.9640
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.97921
30.9641
反射解像度: 1.9→33.75 Å / Num. obs: 34591 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→33.426 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.784 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21877 1726 5 %RANDOM
Rwork0.19472 ---
obs0.19594 32712 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0.23 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 0 214 2757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0961.9663525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77835451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3865314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54525.68125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7315455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.646159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.22304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21452
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0781.51991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1511.5633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28522572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98631166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9024.5953
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 121 -
Rwork0.215 2422 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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