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万見
- PDB-3l19: Crystal structure of calcium binding domain of CpCDPK3, cgd5_820 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l19
タイトルCrystal structure of calcium binding domain of CpCDPK3, cgd5_820
要素Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
キーワードTRANSFERASE / calcium dependent protein kinase / EF hand / calmodulin / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Qiu, W. / Hutchinson, A. / Wernimont, A. / Walker, J.R. / Sullivan, H. / Lin, Y.-H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. ...Qiu, W. / Hutchinson, A. / Wernimont, A. / Walker, J.R. / Sullivan, H. / Lin, Y.-H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of calcium binding domain of CpCDPK3, cgd5_820
著者: Qiu, W. / Hutchinson, A. / Wernimont, A. / Walker, J.R. / Sullivan, H. / Lin, Y.-H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C. ...著者: Qiu, W. / Hutchinson, A. / Wernimont, A. / Walker, J.R. / Sullivan, H. / Lin, Y.-H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Amani, M.
履歴
登録2009年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
B: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,35315
ポリマ－48,4262
非ポリマー92713
水2,432135
1
A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子

A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,93012
ポリマ－48,4262
非ポリマー50510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
2
B: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子

B: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,77518
ポリマ－48,4262
非ポリマー1,35016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4010 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
3
A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4656
ポリマ－24,2131
非ポリマー2525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8889
ポリマ－24,2131
非ポリマー6758
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.570, 64.187, 72.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands


分子量: 24212.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd5_820 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5CS01, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG550MME, 0.05M Magnesium Chloride, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月18日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geomet ry
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 23334 / Num. obs: 22779 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.39 % / Biso Wilson estimate: 39.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0692 / Rsym value: 0.0351 / Net I/σ(I): 17.88
反射 シェル解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 6.58 % / Rmerge(I) obs: 0.5951 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique all: 946 / Rsym value: 0.5065 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Locallymodified Blu-Ice GUI interface to EPICS controlデータ収集
BALBES位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2aao

2aao


解像度: 2.14→19.35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 1168 5.13 %RANDOM
Rwork0.2155 ---
obs-22750 --
原子変位パラメータBiso mean: 52.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0212 Å20 Å2-0.6766 Å2
2---11.7768 Å20 Å2
3---5.7556 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.309 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→19.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2867 0 45 135 3047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.09
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.19 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 154 5.59 %
Rwork0.23 2602 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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