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万見
- PDB-4hyk: Dbh Ternary Complex (substrates partially disordered) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hyk
タイトルDbh Ternary Complex (substrates partially disordered)
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / Y-family DNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Pata, J.D. / Wilson, R.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Y-family polymerase conformation is a major determinant of fidelity and translesion specificity.
著者: Wilson, R.C. / Jackson, M.A. / Pata, J.D.
履歴
登録2012年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
P: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2323
ポリマ－48,2323
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.642, 122.642, 69.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 40045.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: dbh, Saci_0554 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q4JB80, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3135.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5051.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG-3350, 100 mM HEPES pH 7.55, 100mM Ca(OAc)2, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月29日 / 詳細: OSMICS confocal optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 13622 / Num. obs: 12423 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 378 / % possible all: 57.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASERin PHENIX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.802→29.745 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 34.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3134 1241 10 %Random
Rwork0.234 ---
obs0.2419 12411 91.31 %-
all-13622 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.753 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.3924 Å20 Å2-0 Å2
2--11.3924 Å20 Å2
3----22.7848 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→29.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 325 0 0 2998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2134205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5321215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.802-2.91390.40221010.32906X-RAY DIFFRACTION68
2.9139-3.04640.35291270.30011141X-RAY DIFFRACTION86
3.0464-3.20690.34311310.27131188X-RAY DIFFRACTION89
3.2069-3.40750.30671380.25111235X-RAY DIFFRACTION93
3.4075-3.67020.35731410.23451278X-RAY DIFFRACTION95
3.6702-4.03870.33931460.23531313X-RAY DIFFRACTION98
4.0387-4.62130.30531470.18821329X-RAY DIFFRACTION98
4.6213-5.81520.28411520.21891366X-RAY DIFFRACTION98
5.8152-29.74670.28421580.23591414X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24090.36530.23570.56150.35550.22940.1118-0.16240.4278-0.4739-0.39770.7625-0.2767-0.7856-0.00150.5598-0.0551-0.15870.87110.02120.76228.8398-6.9281-13.6704
21.8463-0.52850.11411.9828-0.43252.8612-0.1073-0.1846-0.13780.48070.19950.33620.0043-0.4616-0.01960.47660.4580.00790.16540.02940.419433.640818.8073-9.7924
31.9954-1.1864-1.51112.17260.48632.1914-0.10830.6174-0.3267-0.56750.1448-0.09051.0049-0.3384-0.00030.7939-0.14180.0560.62410.01680.452644.8384-4.158-28.6938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN P AND RESID 1:8 ) OR ( CHAIN T AND RESID 10:17 )P1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN P AND RESID 1:8 ) OR ( CHAIN T AND RESID 10:17 )T10 - 17
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 1:244 )A1 - 244
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 245:343 )A245 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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