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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l18 | ||||||
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タイトル | Ton1285, an Intracellular Protease from Thermococcus onnurineus NA1 | ||||||
要素 | Intracellular protease I | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GATase1_PfpI_like / Protease (プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermococcus onnurineus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Jung, H.J. / Cha, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure Based Classification of the DJ-1 Superfamily: The Relationship between Homologous Structures and Various Functions 著者: Jung, H.J. / Cha, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l18.cif.gz | 146.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l18.ent.gz | 116.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/3l18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/3l18 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1g2iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 165 / Label seq-ID: 4 - 167
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18888.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 株: NA1 / 遺伝子: intracellular protease I / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B6YXG0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M Ammonium sulfate, pH 8.0, EVAPORATION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 31234 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→50 Å / 冗長度: 16.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / Num. unique all: 32912 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G2I 解像度: 1.78→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.155 / SU ML: 0.074 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.9 Å2 / Biso mean: 19.725 Å2 / Biso min: 12.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→29.49 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1300 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.784→1.83 Å / Total num. of bins used: 20
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