PDB-5txw: Structure of Pfp1 protease from Thermococcus thioreducens: large ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5txw

タイトル

Structure of Pfp1 protease from Thermococcus thioreducens: large cell H3 crystal form

要素

Peptidase

キーワード

HYDROLASE / protease / hexamer / thermophile / noncrystallographic symmetry

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermococcus thioreducens (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Larson, S.B. / McPherson, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: The structure of the Pfp1 protease from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus thioreducens in two crystal forms.
著者: Larson, S.B. / McPherson, A.

履歴

登録	2016年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5txw.cif.gz	278.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5txw.ent.gz	230.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5txw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5txw_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5txw_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	5txw_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	5txw_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tw0C 1g2iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3l18-d 1ww7-2 6gaq-d 5y5c-d 3s2u-d 4ig9-2 3twk-1 1ww7-1 3whk-2 1ww6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidase

B: Peptidase

C: Peptidase

D: Peptidase

73.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidase

B: Peptidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Peptidase

D: Peptidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.850, 152.850, 82.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Peptidase / intracellular protease 分子量: 18461.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌) 遺伝子: AMR53_10535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q2XKL6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.528 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 % / 解説: large hexagonal prisms
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4 M Sodium Citrate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: Room temperature
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月10日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→38.22 Å / Num. obs: 52126 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.88 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.86→1.9 Å / 冗長度: 1 % / R_merge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / CC_1/2: 0.485 / % possible all: 33.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM	7.1.3	データ削減
Aimless	0.5.8	データスケーリング
CNS	1.2	位相決定
REFMAC	5.8.0107	精密化
Coot	0.8.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1G2I

1g2i

解像度: 1.86→38.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.597 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.1203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1734	2499	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1274	-	-	-
obs	0.12962	49624	86.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: Babinet bulk solvent modeling

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.86→38.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5196	0	0	639	5835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	5537
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.23	1.976	7513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.628	3	12828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.896	5.067	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.176	24.157	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.169	15	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.643	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.021	6111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.718	1.427	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.707	1.425	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.675	2.118	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.675	2.12	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.693	2.074	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.691	2.076	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.535	2.837	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.307	14.098	6537
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.17	13.073	6292
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.908 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	59	3.75 %
R_work	0.307	1514	-
obs	-	-	35.1 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)