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- PDB-3l0u: The crystal structure of unmodified tRNAPhe from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l0u
タイトルThe crystal structure of unmodified tRNAPhe from Escherichia coli
要素Unmodified tRNAPhe
キーワードRNA / transfer RNA / tRNA / transcript / unmodified
機能・相同性: / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Byrne, R.T. / Konevega, A.L. / Rodnina, M.V. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of unmodified tRNAPhe from Escherichia coli
著者: Byrne, R.T. / Konevega, A.L. / Rodnina, M.V. / Antson, A.A.
履歴
登録2009年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32019年12月25日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / reflns_shell
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unmodified tRNAPhe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5734
ポリマ－24,4861
非ポリマー883
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.450, 99.450, 110.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: RNA鎖 Unmodified tRNAPhe


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 変異: C3G, G70C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro synthesis by T7 RNA polymerase / 由来: (合成) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 参照: GenBank: CP001637.1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.3M KCL, 0.1M Hepes pH 7.5, 35% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9704 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日
詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair for horizontal and vertical focussing.
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111). / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9704 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.45 Å / Num. obs: 6886 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.7 % / Biso Wilson estimate: 70.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 16.4 % / Rmerge(I) obs: 1.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 971 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EHZ

1ehz


解像度: 3→40.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 35.836 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.678 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B VALUES ARE TOTAL B VALUES (THE SUM OF THE RESIDUAL AND TLS CONTRIBUTIONS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 312 4.5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.228 6865 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.84 Å2 / Biso mean: 88.217 Å2 / Biso min: 27.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1561 3 9 1573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0211749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.76132729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69631566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.25931749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4474.52729
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 15 -
Rwork0.312 475 -
all-490 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.0525 Å / Origin y: -26.7749 Å / Origin z: 3.7635 Å
111213212223313233
T0.1125 Å2-0.0128 Å2-0.0029 Å2-0.0891 Å2-0.0749 Å2--0.211 Å2
L3.9977 °22.619 °2-0.9371 °2-2.6517 °2-0.6019 °2--1.7031 °2
S-0.288 Å °0.0895 Å °-0.7238 Å °-0.4218 Å °0.1432 Å °-0.3761 Å °0.1063 Å °-0.0835 Å °0.1448 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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