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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kyb | ||||||
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タイトル | Structure of UDP-galactopyranose mutase bound to flavin mononucleotide | ||||||
![]() | Probable UDP-galactopyranose mutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / flavoenzyme / protein-ligand complex / carbohydrate biosynthesis / FAD / Flavoprotein / Lipopolysaccharide biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / O antigen biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gruber, T.D. / Dimond, M.C. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of UDP-galactopyranose mutase bound to flavin mononucleotide 著者: Gruber, T.D. / Dimond, M.C. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3gf4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45237.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FMN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THESE ARE VERY CONSERVATIVE MUTATIONS FROM THE PUBLISHED SEQUENCE. THEY REFLECT SEQUENCE ...THESE ARE VERY CONSERVATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: DROPS CONTAINING 1.5 MICROLITERS 5 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES PH 7.0 WERE COMBINED WITH 1.5 MICROLITERS WELL SOLUTION (85 MM AMMONIUM ACETATE, 42 MM TRI-SODIUM CITRATE, 12.3% PEG 4000, 7.5% ...詳細: DROPS CONTAINING 1.5 MICROLITERS 5 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES PH 7.0 WERE COMBINED WITH 1.5 MICROLITERS WELL SOLUTION (85 MM AMMONIUM ACETATE, 42 MM TRI-SODIUM CITRATE, 12.3% PEG 4000, 7.5% GLYCEROL, 15 MM L-CYSTEINE, 5 MM UDP-GLC) FOR 1-2 WEEKS. CRYSTAL WAS THEN SOAKED IN A SOLUTION OF 53% QIAGEN CRYOS SUITE CONDITION #87 WITH 15 MM L-CYS AND 23 MM FLAVIN MONONUCLEOTIDE (24HRS). CRYSTAL WAS BRIEFLY SOAKED (20 SECONDS) IN A SOLUTION OF 53% QIAGEN CRYOS SUITE CONDITION #87 WITH 15 MM L-CYS, 30% METHANOL, 10 MM FLAVIN MONONUCLEOTIDE PRIOR TO VITRIFICATION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日 / 詳細: beryllium lens |
放射 | モノクロメーター: C(111) diamond laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 49496 / Num. obs: 49472 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 4912 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3GF4 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.245 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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