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- PDB-3ky7: 2.35 Angstrom resolution crystal structure of a putative tRNA (gu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ky7
タイトル2.35 Angstrom resolution crystal structure of a putative tRNA (guanine-7-)-methyltransferase (trmD) from Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Putative tRNA (Guanine-7-)-Methyltransferase / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine / tRNA processing / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Shuvalova, L. / See, R. / Zoraghi, R. / Reiner, N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.35 Angstrom resolution crystal structure of a putative tRNA (guanine-7-)-methyltransferase (trmD) from Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Shuvalova, L. / See, R. / Zoraghi, R. / Reiner, N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8541
ポリマ－30,8541
非ポリマー00
水1,49583
1
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7082
ポリマ－61,7082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_554-x+3/4,z+1/4,y-1/41
Buried area6370 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.176, 125.176, 125.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase / putative tRNA (guanine-7-)-methyltransferase


分子量: 30853.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: SAR1216, trmD / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus / 参照: UniProt: Q6GHJ5, EC: 2.1.1.31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 7.6 mg/mL protein mixed at 1:1 v/v with 1.4 M Na Malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 14553 / Num. obs: 14553 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 35.78
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 709 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→27.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.764 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25535 732 5 %RANDOM
Rwork0.20855 ---
obs0.21079 13785 99.83 %-
all-13785 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→27.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 0 83 1932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.9662571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92833174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.4695228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.85624.47996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35115338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9091512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7721.51145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2051.5462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38521855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3913755
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9344.5716
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 57 -
Rwork0.263 998 -
obs-998 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.57320.2026-2.08217.6367-4.58566.56880.7399-0.48810.84811.6845-0.48970.0474-0.80330.385-0.25021.3581-0.3426-0.0770.3934-0.02160.21255.153598.570960.1111
26.3961.8164-1.941612.6356-6.47183.8736-0.0746-1.10860.0351.08460.11890.7468-0.54170.1338-0.04421.5481-0.2944-0.10570.8771-0.15060.394658.664798.405163.0614
37.0376-0.14494.15925.6076-3.719816.97950.6375-0.81020.37881.5505-0.506-0.0747-0.8766-0.1343-0.13160.8176-0.23350.11860.1459-0.06260.19657.6905106.862143.8027
41.67631.0939-1.04616.1642-1.20455.8346-0.001-0.2208-0.09830.9436-0.2393-0.3826-0.2520.71920.24020.7394-0.1689-0.09780.4150.11870.270359.316888.796250.5055
51.58611.7248-1.51915.481-3.9592.95890.1097-0.376-0.10770.9447-0.1459-0.0419-0.53720.20890.03620.7781-0.1206-0.0460.29420.04070.146254.842490.205950.3214
61.02130.1297-1.91331.0571-0.55857.48520.23520.01020.04830.145-0.11540.0821-0.6053-0.0723-0.11980.09650.00080.02680.06960.02360.026338.669960.112164.6461
717.3121-7.6484-7.583417.95165.979913.67650.30441.0806-1.8929-0.1466-0.572.20510.3407-1.1780.26560.09150.015-0.06320.3172-0.04880.405232.637850.177955.6193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3A47 - 76
4X-RAY DIFFRACTION4A77 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5A114 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6A172 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7A232 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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